Stage de Mastère – Extraire et analyser les Exopolysaccharides des sols rhizosphériques (OS105)

Description du projet : Les exopolysaccharides (EPS) produits par les racines et les microorganismes présents dans la rhizosphère (zone de sol influencée par les racines des plantes) ont probablement un rôle sur les propriétés physiques du sol (sa rétention en eau et son agrégation), et interagiraient avec le fonctionnement des plantes. C’est un axe de recherche que nous souhaitons investiguer pour contribuer à répondre aux questions agronomiques d’adaptation du système sol-plante-fruit en contexte de limitation en eau (stress hydrique). Un verrou actuel concerne l’extraction, la quantification et la caractérisation de la nature de ces EPS présents dans les sols. Le stage vise à : 1-Adapter au sol une méthode d’extraction des EPS optimale en prenant en compte (i) le rendement, (ii) l’intégrité des cellules microbiennes, (iii) l’adaptation de la méthode à de nombreux échantillons et (iv) facilitant les analyses chimiques ultérieures variées. Il s’agira de comparer (par mesure des sucres totaux) sur des sols contrastés, trois techniques d’extraction (deux « douces » avec une résine échangeuse d’ion – CER et EDTA, une « drastique »), choisir et mettre au point la ou les techniques offrant le meilleur compromis. Un travail de mise au point d’un indicateur de la contamination par des produits intracellulaires (en cas de lyse cellulaire) adapté aux sols sera développé à partir de mesures d’intégrité des cellules microbiennes (mesure de l’activité de l’enzyme intracellulaire G6P-DH). 2- Caractériser les EPS extraits des sols avec la méthode optimisée. Ces caractérisations ont pour objectif de discriminer quantitativement et qualitativement les échantillons d’EPS extraits des sols et dans certains contextes expérimentaux. 2.1- Développer et calibrer une technique indirecte basée sur la spectroscopie moyen infra-rouge (MIRS) comme méthode alternative, simple, rapide et applicable à de nombreux échantillons pour caractériser les EPS extraits des sols et leur diversité après caractérisation globale par la méthode de Dubois. Ces mesures seront faites sur une série de sols contrastés. 2.2- Appliquer des analyses chimiques fines (tailles des molécules, composition en oses et acides uroniques) sur une sélection d’extraits d’EPS représentatifs de la variabilité après screening à l’aide des analyses MIR, 2.3- Débuter à partir de ces mesures de MIRS, une base de données sur les EPS extraits des sols 3- Appliquer la méthode d’extraction optimale mise au point en partie-1 sur une série de 40 échantillons de sol conservés provenant d’une expérimentation en champ de tomates déjà réalisée. Compétences recherchées : Le(la) candidat(e) se présentant sur ce stage aura des connaissances de base en chimie avec des notions en microbiologie et une sensibilisation à l’agronomie. Il(elle) saura s’intégrer, communiquer, collaborer avec un collectif de travail varié : Le (la) stagiaire travaillera avec deux responsables de stage et d’autres scientifiques et techniciens chimistes et microbiologistes dans deux unités de recherche sur le site de l’Inra d’Avignon. Rigueur, organisation, autonomie et motivation sont recherchées pour les manipulations nombreuses et parfois répétitives en laboratoire. Encadrement du stage :

• UMR EMMAH : Annette Bérard (écologie microbienne). En collaboration avec Line Capowiez (biochimiste) et Claude Doussan (physique du sol).
• UMR SQPOV : Carine Le Bourvellec (chimie des polysaccharides). En collaboration avec Sylvie Bureau (caractérisation par méthodes rapides, MIR), Agnès Rolland-Sabaté (polysaccharides), Line Touloumet (polysaccharides), Thierry Clavel (indicateur d’intégrité cellulaire des microorganismes)

Conditions pratiques : Le domaine de l’INRA est situé à 8 km du centre-ville d’Avignon (ligne de bus, possibilité de location de vélos). Un restaurant d’entreprise est accessible. Le Comité d’entreprise de l’INRA Avignon (ADAS) propose une palette d’activités culturelles et sportives. La gratification du stage est fixée à 3.75€ de l’heure pour 22 jours travaillés mensuellement. Le montant mensuel de la gratification sera calculé selon le temps de présence effective. Contacts : Annette Bérard (annette.berard@inra.fr) Carine Le Bourvellec (carine.le-bourvellec@inra.fr)
Lieu : INRA Avignon domaine St Paul (UMR 1114 EMMAH – UMR 408 SQPOV)
Le descriptif de l'offre est téléchargeable ici.