Stage de M2 : Rôle des microRNAs dans l’interaction plante-microbiome de la rhizosphère en condition de stress abiotique. (OS107)

Informations sur l'équipe d'accueil Statut et identité de l'Unité de rattachement/ de l’Entreprise : ECOBIO CNRS-UMR 6553 Directeur de l’Unité/ de l’Entreprise : Joan Van baaren Intitulé de l'équipe d'accueil : Evolution Génome et Adaptation Informations sur les encadrants Abdelhak El Amrani (abdelhak.elamrani@univ-rennes1.fr), Cecile Monard (cecile.monard@univ-rennes1.fr) - Université de Rennes1 et Etienne Yergeau - Université du Québec Adresse : CNRS-UMR 6553, campus de Beaulieu Bât. 14 A, 35042 Rennes Cedex Téléphone : 02 23 23 51 24 Informations sur le Stage Contexte scientifique et enjeux Il est admis que la dégradation des molécules complexes, dans les écosystèmes naturels, se fait plus rapidement par le consortium plantes-microbiote. Par ailleurs, la connaissance des mécanismes permettant aux plantes de contrôler le microbiote du sol reste encore très fragmentaire. A l’heure actuelle, on dispose d’une bibliographie abondante témoignant de l’échange des microARNs (miARNs) dans les processus de l’interaction hôte-symbionte ou parasite. Chez les plantes les miARNs sont secrétés pour contrôler des processus de virulence. Le processus de sécrétion / échange de miARNs a été démontré également dans le cas d’interaction entre plantes et champignons pathogènes. Ces données récentes montrent clairement que les miARNs sont largement échangés entre organismes appartenant à différents domaines du vivant et il est très concevable que le microbiote dans la rhizosphère soit programmé de la même manière via des miARN secrétés par les plantes. Objectifs et actions de recherche Le projet se situ dans le cadre d’une collaboration internationale Franco-Canadienne. L’équipe française a déjà initié chez les spartines (plantes colonisant les marais salés côtiers) une étude préliminaire à l’échelle du génome entier, et a montré la présence de miARNs induits après traitement aux hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAPs). Cette étude nous a permis d’identifier des miARNs présentant un profil d’expression original, susceptibles d’être secrétés dans la rhizosphère et donc de reprogrammer le microbiote du sol en condition d’environnements pollués. Afin de simplifier le système expérimental, l’équipe française a également extrait les miARNs de la rhizosphère de deux plantes modèles, Arabidopsis thaliana et Brachypodium distachyon, et a clairement montré que la rhizosphère de ces deux plantes est fortement enrichie en miARNs comparée à un sol contrôle sans plante. Ces miARNs sont actuellement en cours de séquençage (Illumina) afin tout d’abord d’identifier leurs gènes de synthèse chez les plantes puis, dans un second temps, leurs cibles au sein de la rhizosphère. En effet, notre hypothèse de travail est que les miARNs qui sont présents dans la rhizosphère contrôlent la sélection et le recrutement du microbiote associé aux racines, et cela notamment en conditions de stress. Notre objectif principal est donc de relier leur présence et abondance à la structure et la composition des communautés microbiennes associées aux racines. La fiche descriptive de l'offre est disponible ici.