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Offre de thèse - Systèmes verger-maraîcher : recherche appliquée dans le continuum sol-plante-atmosphère - OT90

Contexte : Cette  thèse a pour intention d’étudier un système agroforestier particulier, le verger-maraîcher qui associe des productions  maraichères  pour  répondre  à  la  demande  sociétale  croissante  de  fruits  et  légumes  de  qualité, produits localement et de manière durable avec de bas niveaux intrants. D’une manière générale, les systèmes agroforestiers  ont  démontré  leurs  intérêts  agronomiques  et  socio-économiques  pour  atteindre  ces  objectifs notamment au travers de l’indicateur ‘Land Equivalent Ratio’ (Dupraz et Liagre 2008). Cependant, les modèles existants ne sont pas directement transposables,  car le verger-maraîcher se distingue des systèmes agroforestiers classiques par la diversité et la succession rapide des rotations légumières, ainsi que par les nombreuses interventions réalisées sur la partie aérienne des arbres fruitiers qui modifient à la fois la croissance racinaire et donc les interactions sol-racines et les interactions aériennes arbres-légumes via les effets d’ombrage. Ces caractéristiques impliquent une variabilité importante du fonctionnement de ce système dans le temps, et rendent plus complexe la recherche de l’équilibre optimal entre les différents apports et les demandes en eau et en nutriments des différentes cultures. Objectifs de la thèse : Sur le plan scientifique, cette thèse ambitionne d’intégrer et de quantifier les principaux mécanismes impliqués dans les relations sol-plante-atmosphère, dont ceux qui régissent les cycles du carbone, de l’azote et de l’eau à l’échelle de la parcelle, pour optimiser l’efficience du système de production. Concernant  le  cycle  du  carbone,  l’évolution  des  différentes  formes  de  matières  organiques  résultant  des caractéristiques du sol et des multiples modalités d’activités biologiques présentes sera particulièrement étudié. Ce focus ajoute une dimension scientifique encore peu explorée dans l'étude de ces systèmes.  Deux champs de connaissance en développement ces dernières années et en partie liés, seront plus particulièrement investigués. Le premier concerne les phénomènes de rhizodéposition et de turn-over racinaires chez les arbres fruitiers ; le second est lié au remplacement nécessaire de la fertilisation minérale par des alternatives. L’intégration  de  ces  processus  se  traduira  par  le  paramétrage  de  modèles  existants  dans  les  conditions particulières  des  vergers  maraichers  pour  prendre  en  compte  les  traits  fonctionnels  du  système  sol-planteatmosphère du verger maraîcher, et la validation des résultats obtenus sur la dynamique temporelle et spatiale des cycles du carbone, de l'azote et de l'eau, à l'échelle du verger maraîcher. Ce choix de méthode mobilisera les compétences complémentaires de cinq disciplines: la science du sol et la bioclimatologie d'une part (Unité de recherche  EPHor, Agrocampus Ouest, Angers) et l'agronomie, la nutrition végétale  et  l'écophysiologie  d'autre  part  (Unité  IRHS,  équipe  QualiPom,  Angers),  renforcées  par  l’expérience reconnue en modélisation (conceptuelle, mathématique, et infographique) de divers participants au consortium scientifique. Néanmoins, cet exercice de modélisation soulève le besoin de développer un processus de conceptualisation et une  instrumentation  adaptée  qui  permettront  de  générer  des  données  et  des  paramètres  nécessaires  au paramétrage et au fonctionnement des modèles conceptuels et mathématiques. Grâce  aux  interactions  entre  les  mesures  expérimentales  sur  les  parcelles  (en  condition  de  production)  et  la conception et adaptation de modèles spécifiques, cette thèse  établira les bases de développement d’outils de suivi,  afin de  hiérarchiser les principaux processus impliqués  et d’établir un guide de gestion pour ce type de système de production  en contexte professionnel. Ces outils permettront également de concevoir un modèle mathématique des traits fonctionnels du système  sol-plante-atmosphère du  verger  maraîcher, qui sera alors utilisé pour tester des scénarios de culture (prototypes). Déroulement de la thèse et organisation : Afin de fournir des réponses satisfaisantes à cet ensemble de problèmes, l'approche générale doit consister à construire un modèle simple représentant et calculant les principaux flux (C, N et eau). Ce modèle sera largement modulaire  et  basé  sur  des  modèles  partiels  déjà  utilisés  dans  un  contexte  de  production  (modèle  de photosynthèse simplifié (couplé à un modèle d'interception de la lumière ou non), modèle de minéralisation Hénin-Dupuis ...). L'étude comporte six étapes :
  1. identification des  processus  principaux  et  leur  formalisation  ultérieure  dans  un  modèle  conceptuel décrivant le fonctionnement du continuum sol-plante-atmosphère;
  2. implémentation algorithmique d'un modèle mathématique à partir du modèle conceptuel avec le concours de l’équipe d’encadrement;
  3. l'identification / création d'outils de mesure simples et de méthodes de quantification de la dynamique des stocks de C, N et d'eau dans les plantes et le sol. Ces outils et méthodes seront utilisés sur deux parcelles expérimentales dédiées réservées à l'acquisition de données élémentaires ;
  4. utilisation de ces données dans le modèle implémenté pour le paramétrage et la spécification des règles;
  5. vérification, test et validation finale du modèle par analyse de cohérence des résultats de la simulation et comparaison avec un ensemble de données indépendantes.
Comme les étapes 2 et 4 sont susceptibles d'être très complexes et de prendre beaucoup de temps, les membres du consortium qualifiés anticiperont ce travail pour le (la) doctorant(e). Modalités de réalisation de la thèse et profil de candidature : Le (la)  candidat(e) recherché(e) dpit avoir un profil ingénieur(e) ou Master 2 en science du sol et/ou agronomie. Même si l’écriture proprement dite des modèles mathématiques  ne sera pas de son ressort, une appétence pour la modélisation est nécessaire, et des compétences en modélisation seront un plus. Le (la)  candidat(e)  doit avoir du gout pour la recherche, être capable de travailler en équipe, sur le terrain et  en laboratoire. Il ou elle doit également faire preuve de maitrise de l’anglais. Un dossier de candidature est demandé. Il se compose d’un CV, d’une lettre de motivation, d’un relevé de notes de M1 et de M2. La candidature officielle se fait exclusivement sur le site internet de l’école doctorale EGAAL : https://ed-egaal.u-bretagneloire.fr/fr/5_recruter-des-doctorants-dans-led-egaal Une fois sur la page internet, cliquer sur l’onglet « AVANT »,  puis sélectionner « candidater à une thèse de l’ED EGAAL ». Le sujet de thèse se trouve  au lien  « Thèses en Bretagne Loire »,  dans l’onglet « Agronomie », puis sur le lien « Environnement Physique de la Plante Horticole ». Le mode de recrutement est le mode « ENTRETIEN ». La date limite de candidature est le 12 juin 2018 Après acceptation du dossier par la procédure de l’école doctorale EGAAL (« Ecologie, Géosciences, Agronomie, Alimentation »), le•a doctorant•e sera inscrit.e et basé•e à Agrocampus Ouest- centre d’Angers. Date de début de thèse envisagé : Octobre ou novembre 2018 Le.la  doctorant.e  sera  co-encadré.e  par  l’unité  de  recherche  Environnement  Physique  de  la  plante  Horticole (EPHor Agrocampus Ouest) et l’UMR Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), à Angers. Encadrement : Le descriptif de l’offre est disponible ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 05/06/2018

Offre de thèse - Diagnostic 4D d’un Anthroposol minier : Impact de la pédogenèse sur la réactivité et le transfert des contaminants métalliques et métalloïdes - OT89

Contexte et problématique scientifique Ce projet de thèse s’inscrit dans la thématique de la gestion des résidus miniers et dans une démarche  d’anticipation  de  possibles  effets  néfastes  de  ce  système  parfois  contaminé  sur l’environnement.  Pour  mettre  ces  sites  en  sécurité,  il  est  particulièrement  important  de comprendre  et  d’évaluer  les  flux  de  contaminants.  Ceci  nécessite  de  prendre  en  compte l’hétérogénéité  spatiale  des  sites  ainsi  que  leur  évolution  temporelle.  Ces  connaissances pourront être utilisées pour réaliser un diagnostic 4D (3 dimensions spatiales + la dimension temporelle)  qui permettra d’optimiser les choix  de gestion des sites. Parmi  les  méthodes de gestion,  les  techniques  de  phytostabilisation  consistant  à  végétaliser  les  Anthroposols  se formant sur les résidus miniers sont largement employées en raison de leur facilité de mise en œuvre  et de leur coût économique modéré. Les techniques de phytostabilisation utilisent des amendements  organiques  et/ou  minéraux  pour  favoriser  la  formation  d’un  sol  structuré pédogenèse)  permettant  un  développement  optimal  des  espèces  végétales.  Toutefois,  les conséquences de  ces pratiques  sur  la  libération ou la fixation  des contaminants métalliques et métalloïdes (CMM) restent encore très mal comprises.  En effet, les mécanismes mis en jeu sont complexes et parfois antagonistes. Ainsi, la re-végétalisation  peut augmenter la mobilité des CMM  notamment  en  modifiant  le  pH  alors  que  la  modification  concomitante  du  potentiel d’oxydoréduction peut favoriser la formation de phases solides sur lesquelles les CMM peuvent venir se sorber.  Comprendre les mécanismes régulant la mobilité des CMM dans ces sols et être en  mesure  d’identifier  les  leviers  de  forçages  permettant  de  les  optimiser  pour  limiter  la libération  de  CMM  dans  un  contexte  donné  constituent  des  verrous  majeurs  à  lever  pour permettre une gestion raisonnée des anciens sites miniers. Objectifs et démarche L’originalité du sujet de thèse proposé réside dans la détermination et la hiérarchisation des mécanismes  régulant  la  réactivité  et  le  transfert  des  CMM  au  sein  d’un  Anthroposol minier dans un contexte de re-végétalisation. Les mécanismes régulant le devenir des CMM étant  multifactoriel,  leur  étude  impliquera  l’emploi  d’une  démarche  combinant expérimentation multi-échelle et modèle numérique mécaniste.  En raison de leur rôle clé dans  la  régulation  du  devenir  des  CMM,  une  attention  particulière  sera  apportée  à  la compréhension des mécanismes interfaciaux (adsorption, co-précipitation, complexation, …) contrôlant l’interaction entre les CMM et les solides minéraux ou organiques présents dans le sol.  La  dynamique  de  ces  mécanismes  interfaciaux  en  réponse  à  l’évolution  des  conditions microbiologiques et physico-chimiques au cours de la pédogenèse sera également suivi. Programme de travail Au cours de la thèse, 4 actions de recherches complémentaires seront réalisées. Action 1: Caractérisation d’une chronoséquence d’Anthroposols miniers sur site Des  profils de sols seront observés et échantillonnés pour comprendre leur état biologique et physico-chimique actuel  sur un site géré par le Département  Prévention et  Sécurité Minière (DPSM) du BRGM. Cet état sera comparé à celui des matériaux parentaux de ces sols que constituent  les  déchets  miniers  afin  d’identifier  les  mécanismes  majeurs  influençant  leur évolution (pédogenèse). Action 2: Identification des amendements utilisables pour la modification de l’Anthroposol Des expériences en microcosmes permettront d’étudier l’influence de  l’apport  d’amendements, organiques et inorganiques, seuls  et en combinaison,  dans les résidus miniers afin d’étudier l’impact de cette pratique  sur la mobilité des  CMM  dans l’Anthroposol. La modification des propriétés  de  surface  des  solides  initialement  présents  dans  le  sol  suite  à  l’apport  des amendements sera analysée. Les apports permettant de maximiser la rétention des CMM seront identifiés. Action 3: Mobilité des CMM au sein du profil de sol Des expériences basées sur l’utilisation de cellules humides seront mises en place pour étudier le transfert vertical des  CMM le long d’une colonne d’Anthroposol,  permettant d’évaluer la lixiviation des CMM et donc d’évaluer les flux susceptibles de rejoindre les eaux souterraines. Durant ces expériences, le degré de saturation en eau  de l’échantillon  sera modifié  selon des pas de temps définis  pour comprendre  l’impact de la modification de l’état d’oxydoréduction sur la mobilité des CMM.  En complément, des expérimentations à  l’échelle du mésocosme métrique seront menées sur la plateforme PRIME du BRGM. Lors de ces expérimentations, un monitoring biogéochimique complet des différents compartiments (eau, gaz, solide) sera réalisé afin  de quantifier les  transferts  verticaux  des éléments majeurs et du carbone organique ainsi que  des CMM en fonction du type de couvert végétal, de la nature des  amendements  et des conditions de saturation en eau. Action  4:  Modélisation  et  prédiction  du  comportement  des  CMM  au  sein  du  profil  d’un Anthroposol L’ensemble  des  résultats  acquis  aux  différentes  échelles  dans  des  conditions  contrôlées  et choisies fournira un important jeu de données, notamment au niveau de la géochimie des eaux et de la minéralogie  des solides  dans  un Anthroposol re-végétalisé. Ces données seront utilisées pour construire un modèle géochimique de la dynamique des CMM dans le système étudié. Ce modèle  permettra  de  quantifier  finement  comment  les  processus  interfaciaux  régulent  la mobilité des CMM. Le modèle permettra également d’étudier comment ces processus peuvent évoluer  en  réponse  à  une  modification  des  propriétés  physico-chimiques  et/ou microbiologiques du sol. L’évolution des propriétés du sol sera simulée de manière explicite, ce qui nécessitera l’inclusion des différents processus biogéochimiques régulant ces propriétés du sol au sein du modèle. Le modèle géochimique sera ensuite couplé à un modèle de transport pour construire un modèle de transport-réactif pour simuler la mobilité des CMM au sein d’un Anthroposol re-végétalisé ainsi que son évolution au cours de la pédogenèse de ce sol. Laboratoire d’accueil La  thèse  sera  réalisée  dans  les  laboratoires  de  l’ISTO  (Institut  des  Sciences  de  la  Terre d’Orléans,  https://www.isto-orleans.fr/)  et du BRGM  (Bureau de Recherches Géologiques et Minières,  http://www.brgm.fr/),  associés  au  sein  de  l’UMR  ISTO  7327  (sous  triple  tutelle : Université d’Orléans, CNRS, BRGM). Encadrement : La thèse sera dirigée par  Lydie LE FORESTIER (ISTO,  lydie.leforestier@univ-orleans.fr) et co-encadrée  par  Nicolas  DEVAU  (BRGM,  n.devau@brgm.fr)  et  Philippe  BATAILLARD (BRGM, p.bataillard@brgm.fr) Financement Bourse de thèse BRGM - Région Centre Val de Loire. Contrat de 3 ans à partir d’octobre 2018 Profil du candidat Master 2 en Géosciences  avec une formation en  géochimie environnementale. Des compétences en expérimentations et/ou en modélisation numérique seraient un plus. Date limite de dépôt des candidatures : Le lundi 11 juin 2018 – envoi par mail aux encadrants mentionnés ci-dessus. Le descriptif de l’offre est disponible ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 05/06/2018

Proposition d’un sujet de thèse 2018/2021 - Laboratoire GéoHydrosystèmes Continentaux (EA 6293) de l’Université de Tours - Unité Risques gravitaires – BRGM Orléans - Quantification de la contribution du réseau de drainage agricole aux processus de transferts hydrosédimentaires - OT88

Mot-clefs : érosion des sols, drainage agricole, dynamique hydrosédimentaire, géochimie, modélisation Description du sujet : Les évolutions récentes du paysage ont entrainé un déséquilibre du fonctionnement de la zone critique avec notamment de profondes modifications au niveau des transferts d’eau, de sédiments et de polluants associés. En effet, afin de répondre à des  enjeux de sécurité alimentaire,  des territoires de plaines, historiquement dédiés à des zones d’herbage, ont été retournés et mis en culture au cours de la seconde moitié du XXème siècle. Ces modifications de l’utilisation des terres, accompagnées de la mise en place de systèmes de drainage, de  la  rectification et  de  la canalisation des cours d’eau  ont entrainé une augmentation de  la connectivité hydrosédimentaire des paysages.  Celle-ci a  induit une évolution des transferts hydrosédimentaires au sein des bassins versants de plaine (Heathcote et al., 2013) à l’origine de l’altération des milieux naturels et notamment de l’envasement des masses d’eau,ce qui nuit fortement au bon état écologique imposé par la Directive Cadre sur l’Eau. Dans  ce  contexte,  des  suivis  sédimentaires  ont  été  initiés  pour  déterminer  les  modalités (sources, voies et flux) du transfert de matière solide au sein des bassins versants de plaine.  L’origine des  sédiments  a  pu  être  en  partie  déterminée  par  l’analyse  de  traceurs  géochimiques  (137Cs, 7Be, 210Pbxs) adsorbés sur la phase particulaire. Il a en particulier été possible de discriminer l’érosion des berges de celle issue des parcelles agricoles (Foucher et al., 2015 ; Le Gall et al., 2016 ; Vandromme et al.,  2017 ;  Foucher  et  al.,  2017).  Néanmoins,  la  part  relative  du  transfert  de  sédiments  liée  au ruissellement  de surface  ou au drainage agricole reste encore à définir. Des études ont été menées afin de discriminer ces deux sources, mais dans des contextes climatiques très spécifiques  (Turtola et al., 2007).  Or, cette quantification est indispensable pour permettre de mettre en œuvre des stratégies efficaces permettant de limiter les transferts de sédiments au sein des bassins versants. Pour répondre à  cette  problématique,  il  est  nécessaire  de  lever  deux  verrous  scientifiques  (i)  estimer  la  part  du drainage agricole dans les processus de transfert de matière solide  et (ii) l’incorporer cette part  dans les modèles  de  transfert  de  la  matière  solide  au  sein  des  bassins versants.  Afin  de  répondre  à  ces objectifs, les travaux de thèse seront menés au sein de l’observatoire du bassin versant du Louroux  (25 km²,  Indre-et-Loire),  caractéristique  des  contextes  de  plaine  agricole  intensivement  cultivée. L’observatoire, porté par l’Université de Tours en  partenariat  avec le BRGM et le LSCE  est labellisé comme site de la Zone Atelier Loire (CNRS/INEE) et de l’International Long Term Ecological  Research Network (I-LTER). Les travaux seront menés à plusieurs échelles :
  • à l’échelle  d’une  parcelle  agricole  instrumentée  en  sortie  de  drain  et  de  rigole  d’érosion. L’instrumentation mise en place permettra  de mesurer  des flux de sédiments et d’eau en sortie de drain (écoulement de subsurface) et de rigole (écoulement de surface) à haute fréquence temporelle. Les signatures géochimiques et isotopiques de l’eau (isotopes stables de l’eau, ions  majeurs,  δ13 CCID  et  δ13 CCOD)  ainsi  que  les  propriétés  physico-chimiques  des  sédiments (granulométrie, réflectance VIS-NIR, 137Cs, 7Be, 210Pbxs) issus des drains et des rigoles seront mesurées. Leur comparaison permettra d’identifier des traceurs pertinents des modalités de transfert (écoulement de surface ou de subsurface) de l’eau (Gillon et al., 2009 ; Delbart et al., 2013 ; Delbart et al., 2014) et des sédiments (Foucher et al., 2015).
  • l’application de ces traceurs à l’échelle plus large des 5 sous-bassins versants de l’observatoire aura pour objectif de déterminer pour l'eau (vecteur) et les sédiments (objet d'intérêt) la part provenant des écoulements de surface (processus de ruissellement) de celle des écoulements de subsurface  (drainage  agricole).  Une  attention  particulière  sera  portée  sur  la  variabilité saisonnière  de  ces  transferts,  en  fonction  de  l’évolution  des  paramètres  biologiques  et édaphiques.
La connaissance acquise sur les processus hydrosédimentaires dans ce type de contexte permettra d’améliorer la modélisation de l’érosion à l’échelle des bassins versants. Il s’agira ici d’implémenter un module  d’export  de  la  matière  solide  par  les  réseaux  de  drainage  agricole  au  sein  d’un  modèle d’érosion  (Watersed,  Landemaine,  2016)  dans  le  but  de  reproduire  la  dynamique  de  transfert hydrosédimentaire observée sur le bassin versant du Louroux. Profil attendu du candidat : Master  2  ou  ingénieur  spécialisé  en  sciences  de  l’environnement  (au  moins  l’une  des  spécialités hydrologie/sciences du sol/géochimie des eaux). Nous recherchons un ou une doctorant(e) ayant des capacités à travailler avec rigueur sur le terrain et en laboratoire avec une grande aptitude à travailler en équipe. Des compétences en statistiques et programmation sont indispensables. Des capacités de communication et de rédaction en anglais sont  également recherchées. Le permis de conduire est indispensable pour les nombreux déplacements à prévoir sur le site d’étude. Encadrants, contacts : Candidature : Merci d’envoyer un CV détaillé, une lettre de motivation, un relevé de notes des 2 dernières années du diplôme préparé (Master ou Ingénieur) avant le 13 juin 2018 à salvador@univ-tours.fr Une audition est à prévoir avant début juillet 2018 pour les candidats retenus. Le descriptif de l’offre est disponible ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 14/04/2018

Offre de Thèse – CHampignons et spEciation des Métaux dans les SOLS Pollués : intérêt en mycoremédiation CHEMSOL – OT87

Mots clés : métaux, mycoremédiation, spéciation, biodisponibilité, sol Présentation du sujet : La  gestion  des  sols  pollués  est  un  défi  majeur  environnemental  et  sanitaire.  Il  passe  en particulier par une meilleure compréhension des modes de transferts des polluants entre les différents  compartiments  environnementaux,  ainsi  que  par  l’amélioration  de  techniques  de dépollution existantes ou le développement de techniques alternatives durables. L’utilisation  d’organismes  vivants  (microorganismes,  végétaux)  pour  dépolluer  les  sols contaminés  existe  depuis  de  nombreuses  années  et  leur  utilisation  contre  les  pollutions métalliques  se  développe.  Parmi  les  espèces  explorées,  les  champignons  constituent  des candidats intéressants. En effet, du fait de leur mode de vie (absorbotrophe) et de leur vaste réseau  mycélien,  ils  sont  capables  d’accumuler  certains  xénobiotiques,  dont  des  métaux. Plusieurs travaux ont démontré leur intérêt potentiel pour la remédiation des sols pollués. Les travaux de thèse envisagés s’inscrivent dans la suite des travaux initiés par Quentin Albert (2015-2018) au sein du laboratoire. Ils ont permis de mettre en évidence des souches fongiques efficaces dans la biosorption de 3 éléments métalliques (Cd, Cu, Pb) et d’évaluer leur potentiel en microcosmes de sols. Les objectifs poursuivis seront de :
  • Améliorer les essais en microcosme de sol, afin de mieux isoler le mycélium du sol permettant des analyses plus fines des milieux concernés, pour une meilleure compréhension des modes de transferts impliqués.
  • Affiner l’étude de l’impact des champignons sélectionnés :
    • sur la spéciation minéralogique et la labilité des métaux dans les sols, par l’utilisation de techniques d’extractions chimiques simples et séquentielles.
    • sur la biodisponibilité des éléments métalliques en particulier, grâce à des tests de croissance de végétaux préalablement sélectionnés.
Ces essais devraient également permettre de déterminer la méthode d’extraction chimique la mieux adaptée pour prédire la biodisponibilité des éléments métalliques.
  • Dresser des profils de composés sécrétés (acides, enzymes, …) par les champignons selon le degré d’exposition aux polluants, afin de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans les processus de biosorption et de déterminer des indicateurs de contamination du milieu.
Type de Contrat : Contrat doctoral. Salaire annuel <25keuros Lieu : laboratoire ABTE (http://abte.eu/) – Université de Caen Normandie Ecole doctorale : Ecole Doctorale Normande de Chimie Profil candidat : Le candidat devra être titulaire, avant octobre 2018, d’un niveau bac+5 (Master, Ingénieur ou diplôme équivalent). Il devra être capable rapidement de faire preuve d’autonomie dans son travail. Le sujet, pluridisciplinaire, nécessite un goût prononcé pour le travail expérimental et une  bonne  capacité  d’adaptation.  Des  connaissances  et  compétences  en  chimie analytique/environnementale sont souhaitées. Des compétences dans le domaine de la culture de microorganismes fongiques et/ou de la culture de végétaux constitueront également un atout. Contacts : La description de l’offre est téléchargeable ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 14/04/2018

Proposition d’un sujet de thèse - Effets d’amendements organiques sur la fonctionnalité des sols de potagers urbains contaminés et sur la réduction des dangers environnementaux et sanitaires – OT86

Descriptif du sujet L’engouement pour le « manger sain » et le contexte socio-économique contribuent au développement du jardinage en milieu (péri)-urbains. Les collectivités sont régulièrement sollicitées pour la création de jardins collectifs. Or, de par leurs contextes environnementaux et historiques, les sols de potagers sont des milieux complexes, encore peu étudiés ; leurs fonctionnements peuvent être fortement perturbés par les dégradations physiques, chimiques et biologiques. Leur contamination peut même présenter un danger sanitaire notamment, en lien avec l’ingestion de particules de terre ou de légumes. Parmi les techniques pouvant améliorer leur fonctionnement et influer sur le comportement des polluants, l’ajout de matières organiques est connu comme pouvant réduire la mobilité et la biodisponibilité des éléments. La question est toutefois complexe compte tenu de la forte réactivité des matières organiques, laquelle est à l’origine de nombreux processus au sein des sols. Cette réactivité est conditionnée par la nature de ces matières organiques et l’ensemble des facteurs biotiques et abiotiques de l’écosystème sol. Par ailleurs, la gestion des déchets organiques autoproduits pose question, ceux-ci pouvant contenir des contaminants à des teneurs parfois élevées. Le sujet de la thèse vise à étudier l’intérêt de composts, autoproduits ou élaborés au sein de plateformes de compostage, pour gérer des sols de potagers (péri)-urbains présentant des contaminations anthropiques. Il s’agit d’évaluer le potentiel de ce type d’amendements pour réduire la phytodisponibilité des polluants métalliques et l’exposition des populations. Ceci implique d’analyser les pratiques des jardiniers, leurs savoirs en termes de composts, les effets des modes de gestion étudiés sur la fonctionnalité des sols et d’une façon plus globale, sur les services écosystémiques de ceux-ci. La démarche privilégie des expérimentations in situ avec pour finalité d’enrichir les connaissances sur les sols de potagers, d’éclairer sur les mécanismes qui conditionnent le devenir des polluants et de proposer des recommandations pour mieux gérer ces espaces et limiter les dangers. Le sujet de la thèse s’inscrit dans une problématique transfrontalière, dans la continuité de travaux menés en Hauts-de-France et en Wallonie sur des jardins situés dans différents contextes. Il est prévu une co-tutelle entre le LGCgE-ISA Lille (Yncréa Hauts-de-France) et Gembloux Agro-Bio Tech (Université de Liège). Profil du candidat Fortes compétences en agronomie, chimie et connaissances souhaitées sur le comportement des polluants métalliques dans les sols, analyse de données. Curieux, esprit critique, goût prononcé pour l’expérimentation, le traitement statistique de données. Des capacités relationnelles sont indispensables pour intégrer les deux équipes de recherche et renforcer les liens avec les partenaires des laboratoires. Lieu de la thèse Thèse en co-tutelle au sein du LGCgE-ISA Lille (Yncréa Hauts-de-France) et Gembloux Agro-Bio Tech (Université de Liège) Candidature Les candidats adresseront leur dossier à Aurélie Pelfrêne (aurelie.pelfrene@yncrea.fr). Le dossier comprendra une lettre de motivation, un CV ainsi que les coordonnées d’une ou de deux personnes référentes. Date limite de candidature : 15 mai 2018 La description de l’offre est téléchargeable ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 14/04/2018

Role of peatlands on trace metal cycles in mountains watersheds: fluxes and speciation / Rôle des tourbières dans les cycles des éléments trace métalliques dans les bassins versants de montagne. Flux, spéciation. – OT85

French Summary: Dans les montagnes européennes, les minerais métalliques ont été exploités depuis l’Age du bronze, induisant leur dispersion dans l'atmosphère. Dans certaines régions, la dispersion d’Eléments Traces Métalliques (ETM) au cours des activités minières médiévales a dépassé celle mesurée après la révolution industrielle. Dans les Pyrénées, il a été démontré que 85% de l'accumulation de Pb dans les tourbières s’est produite avant l'an 1800, soulignant l'importance de l’héritage minier dans les stocks des ETM (Hansson et al., 2017). Les bassins versants de montagne sont par ailleurs particulièrement touchés par la pollution tmosphérique à longue distance du fait de dépôt accrus en altitude par des mécanismes orographiques. Par ailleurs, les tourbières, écosystèmes fréquents dans les environnements montagneux et réservoirs de matière organique, ont la capacité de retenir les métaux traces et les radionucléides. Dans les bassins versants de montagne, les tourbières sont donc des «points chauds» d'accumulation de carbone et d’ETM. La zone critique de montagne est très sensible aux changements environnementaux actuels, du fait du changement climatique et des activités humaines locales (exploitation minière et forestière, écobuage…). Dans ce contexte, la stabilité de ces stocks de carbone et d’ETM est remise en cause, notamment du fait que les bassins versants des montagnes sont caractérisés par des phénomènes hydrologiques extrêmes, qui contrôlent fortement les cycles biogéochimiques. Dans le cas du transfert de carbone organique dans les eaux de surface, il a été démontré qu'environ la moitié des flux de carbone organique dissous se produisent pendant moins de 10% du temps, lors des crues (Rosset et al., 2017). Des études préliminaires montrent que les pics de carbone organique dissous lors des crues sont associés à des pics de métaux traces. Cela a conduit à l'hypothèse d'exportations fortement dynamiques des ETM des tourbières, caractérisées par des «moments chauds» de libération des ETM, associés au carbone. Les exportations de métaux-traces et leur impact potentiel sur les milieux aquatiques dépendent de leur spéciation dans l'eau, principalement contrôlée par le pH, le statut redox, ainsi que l'interaction avec la matière organique dissoute et les hydroxydes d'aluminium et de fer. Dans les bassins versants de montagne, ces paramètres présentent une dynamique très rapide en lien avec les conditions hydrologiques et la présence des tourbières. Dans ce contexte, ce projet doctoral vise à répondre aux questions suivantes:
  • Les tourbières sont-elles actuellement des sources ou des puits d’ETM dans les bassins versants de montagne?
  • Les ETM exportés des tourbières proviennent-ils d'un ancien héritage minier ou de dépôts atmosphériques contemporains?
  • Quelle est l'influence des tourbières sur la spéciation des ETM après leur exportation vers le réseau fluvial?
Keywords Trace metals, atmospheric deposition, Organic matter, Pb isotopes, colloids, C isotopes Main scientific fields Contaminant Fate in the Mountain Critical Zone Isotope Biogeochemistry, Organic matter geochemistry Profile and skills required Master degree in biogeochemistry, geochemistry, hydrology, Environmental Sciences. Project The mountain critical zone is highly sensitive to current environmental changes, in relation to human activities (e.g. mining, peat stubble burning, forest cutting) and climate change. This rapidly evolving context questions the fate of these carbon and Trace Metal stocks. In relation to their sharp topography and harsh climate, mountain watersheds are characterized by extreme hydrological events, which strongly control biogeochemical cycles. In the case of organic carbon transfer to surface waters, it has been shown that about half of the dissolved organic carbon fluxes occur during less than 10 % of the time, during storm events (Rosset et al., 2017). Preliminary studies show that peaks of dissolved organic carbon during storm events to the fluvial networks are paired with trace metal peaks. This lead to the hypothesis of strongly dynamic exports of TM from peatland, characterized by ‘hot moments’ of TM release to the fluvia l network. Trace metal exports, and their potential impact on biota depend on their speciation in water, which is mainly controlled by pH, redox status, as well as interaction with dissolved organic matter (DOM) and aluminum and iron hydroxides. In mountain watersheds, these parameters are strongly influenced by peatlands and sharply evolve during storm events. The complex dynamic of TM in mountain watersheds is poorly constrained. Objectives This doctoral project aims at answering the following questions:
  • Are peatlands currently sources or sinks of Trace Metals in mountain watersheds?
  • Do trace metal exported from peatlands originate from ancient mining legacy or from recent pollutions?
  • What is the influence of peatlands on trace metal speciation after their export to the fluvial network?
In European mountains, valuable metallic ores have been mined since the Bronze Age, inducing metallic dispersion in the atmosphere. In some areas, the intensity of the dispersion of trace metal (TM) during medieval mining activities even exceed the one measured after the industrial revolution. In addition to local inputs from mining activities, mountain watersheds are specifically impacted by long  range transboundary air pollution. Atmospheric deposition of TM can be increased compared to neighboring valleys. Higher precipitation occurs on hills and mountains due to several orographic effects like the feeder -seeder effect or canopy interception of low altitude clouds and fogs. Peatlands are common ecosystems in mountainous environments and act as reservoirs of organic matter. Peat has the ability to retain trace metals and radionuclides and peatlands are considered to have accumulated contaminants s ince the beginning of metallurgy. Indeed in the Pyrenees, it has been shown that 85% of Pb accumulation in peatlands occurred before AD 1800, highlighting the importance of the ancient mining activity legacy in TM stocks (Hansson et al., 2017). In mountain watersheds, peatlands are then ‘hotspots’ of both carbon and TM accumulation. Methods In order to establish TM budgets, data gathered on instrumented sites will be compiled. Trace metal fluxes will be modeled using in situ high temporal resolution of discharge and DOC concentrations. The amount of dry deposition as well as the contribution of occult deposition will be assessed using specific collecting devices deployed during the PhD project (fog collector, wet and dry collector). Current TM fluxes and budgets will be compared to established historical fluxes. A coupled isotopic approach (210Pb, stable Pb isotopes, 14C -DOM) will be developed to estimate the origin (recent vs historical deposition) of exported TM. The speciation of TM will be assessed in relation with hydrological conditions combining physical fractionation (dissolved, colloidal and particulate), chemical analysis (focusing on TM interaction with DOM and hydroxides) and geochemical modelling approaches. Expected Results This doctoral project will contribute to significant improvements in the understanding of the role of peatlands in the critical zone biogeochemical cycles. Trace Metal budgets in remote ecosystems, and speciation studies in the context of low contamination are extremely rare. It will use and develop innovative geochemical tools to further investigate TM speciation and the complex link between organic and trace metal cycles. Framework The project will be conducted in the Pyrenees. The main study sites (peatlands) are located within the OHM (Observatoire Homme Milieu) Haut Vicdessos-Vallée des Gaves. The sites present contrasted mining history and are influenced by representative practices, including peat stubble burning. The Bernadouze peatland has been instrumented since 2012 (meteorological, hydrological and geochemical in situ sensing). Trace Metal deposition have been recorded since 2012. Additional sites in the Pyrenees, as well as international sites close to active mines (Andes) will be investigated in order to consider a wide range of physicochemical conditions and contamination ranges. The doctoral project is part of the ANR TRAM (Trace Metal Legacy in Mountain Environment). It will benefit from the analytical environment of the EcoLab Laboratory and OMP (ETV, ICP OES, ICP MS, HR-ICPMS...). It will benefit from regional collaboration within the Observatoire Midi Pyrenees, and from the international collaboration within the REPLIM network (a Pyrenean network of research labs working on lakes and peatlands in the Pyrenes). Contact: Dr. Laure Gandois (laure.gandois@ensat.fr) & Gaël Le Roux (gael.leroux@ensat.fr) http://summits.cnrs.fr/ More information are available on the description’s position. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 12/04/2018

Offre de Thèse en Allemagne | Détermination de profils d'extraction racinaire par mesures isotopiques – OT84

Nous sommes actuellement à la recherche de candidats pour une thèse de doctorat s’inscrivant dans le cadre du projet de recherche financé par la DFG allemande et intitulé : “Assessing dynamics in eco-hydrological processes during drought stress across scales in a grassland community by stable isotopes”. Description : L’étudiant effectuera l’essentiel de son travail en conditions contrôlées (micro-serres expérimentales) au laboratoire. Il devra, à l’aide de mesures non-destructrices des signatures isotopiques de l’eau du sol et de la transpiration, déterminer les profils d’extraction racinaires d’un ensemble de plantes herbacées annuelles et vivaces adaptées aux périodes de sécheresse prolongées. Il confrontera aux mesures expérimentales collectées les simulations de modèles de transport d’eau de complexités différentes et ainsi étudier les phénomènes de compensation et de plasticité racinaires. La thèse sera menée dans le premier centre de recherche publique allemand basé à Jülich, en Rhénanie-du-Nord-Westphalie et en étroite collaboration avec l’Université de Freiburg (Maren Dubbert), l’Université Catholique de Louvain (Mathieu Javaux) et l’IRSTEA Lyon (Isabelle Braud). Le poste sera pourvu pour une durée de 3 ans (avec possibilité d’extension de 6 mois) incluant un séjour de recherche à l’étranger de 3 mois. Profil recherché : Nous cherchons un agronome/universitaire avec de solides bases en transport de l’eau dans les sols et idéalement possédant une connaissance des méthodes d’analyses isotopiques. Merci de faire passer l’annonce aux candidats intéressés ! Project description : “Hydrological extreme events as extended drought periods predicted by climate change scenarios impact terrestrial plant ecology, community structure and resistance, particularly in shallow rooted communities such as grasslands. However, the interplay between structural changes in plant communities and the underlying mechanistic ecohydrological responses (i.e., water-use, carbon uptake) of grassland communities to drought spells remain largely unclear and are hard to observe. At distinct scales (from single plants to the plant community) a multitude of processes are involved and strong feedbacks exist between the dynamics of ecohydrological processes. I.e. plant transpiration is controlled by the availability of soil water, transpirational water loss through stomates during photosynthesis driven by the atmospheric demand (leaf-to-air water vapour deficit). Also the capacity to utilize various soil water pools and sensitivity of stomatal control of water loss is species-specific. In this regard, stable isotope compositions of H2O and CO2 are insightful indicators of processes occurring in the soil-vegetation-atmosphere continuum, specifically since new technical developments now enable near continuous observations. The aim of this project is the detailed mechanistic analysis of the vegetation eco-hydrological response to extended drought periods using H2O and CO2 flux and isotopic measurements. This will be linked to community responses regarding structure and biomass production. We will study these aspects from the plant to community level in three interacting work packages (WP). WP1 focuses on root-water uptake (RWU) response to extended drought of single plants as well as observing shifts in the plant-plant interaction balance under controlled laboratory conditions. WP2 will link responses in RWU profiles and net ecosystem fluxes of H2O and CO2 (partitioned into transpiration and evaporation and gross carbon uptake and respiration) to community structural responses. A two years precipitation manipulation experiment will be conducted under field conditions integrated in an international drought manipulation network. In WP3, data acquired in the laboratory will be used to calibrate the detailed three-dimensional soil-root model R-SWMS. This will provide up-scaled root-growth, RWU and transpiration modules for the one-dimensional soil-vegetation-atmosphere transfer model SiSPAT-Isotope. Simulations with SiSPAT-Isotope will then be confronted to data acquired in the field for estimation of the hydrological response to drought periods. This project will deliver a process-based understanding of the eco-hydrological soil-vegetation-atmosphere feedbacks in response to extended drought periods, which will help in the development of sustainability predictions of the climate change impacts on grassland communities.” Contact : Youri Rothfuss (y.rothfuss@fz-juelich.de) IBG-3 Agrosphere - Forschungszentrum Jülich GmbH 52425 Jülich, Germany (Tel: +49 246 161 9692-5) TERRA - ULiège Gembloux Agro-Bio Tech 5030 Gembloux, Belgium (Tel: +32 622335) :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 12/04/2018

Proposition de sujet de thèse - Modélisation de la production et de la dégradation des turricules : conséquence sur la dynamique de la matière organique – OT83

Directeurs de thèse : Contexte et objectifs L’étude des processus écologiques associés à la séquestration du C dans les sols, et en particulier dans les sols tropicaux, est devenue un enjeu majeur dans le cadre des objectifs de développement durable (mesures relatives à la luttes contre le changement climatique, faim zéro) et du programme international 4p1000. Les vers de terre sont reconnus pour jouer un rôle clé sur l’agrégation et la dynamique du C dans les sols et pourtant leurs activités ne sont toujours pas prises en compte dans des modèles estimant l’évolution du C dans les sols, tels RothC et Century. Un des verrous majeur est notre faible connaissance de la dynamique des biostructures (production vs. dégradation) et de la matière organique (MO) associée. Les vers de terre ingèrent une grande quantité de sol qu’ils mixent avec la MO dans leur tube digestif et qu’ils excrètent sous forme d’agrégats organo-minéraux, appelés turricules. Au cours de la digestion, la microstructure du sol est détruite, la MO fraiche partiellement dégradée et des micro-agrégats impliquant une interaction entre MO et minéraux se forment à partir de la MO labile. Ces micro-agrégats, contenant la MO a priori stabilisée, jouent un rôle incontestable sur la protection de la MO. Toutefois, on connait mal la nature et le temps de résidence de MO associée à ces turricules. Les caractéristiques de la MO associées aux turricules ainsi que leur devenir et donc la quantité de C stockée dans les turricules dépendent non seulement de la quantité et la qualité de la MO ingérée par les vers de terre mais aussi de la dynamique des turricules. La production de turricules peut être saisonnière en réponse aux conditions pédo-climatiques. En-deçà d’un seuil d’humidité et de température du sol, les vers de terre ont la capacité de migrer en profondeur afin de maintenir leur activité. Comment ce changement de comportement influence-t-il la qualité et la quantité de MO au sein des turricules reste cependant inconnu. Le premier objectif de ce projet de thèse est donc de définir l’influence de l’humidité du sol sur la quantité et la qualité de la MO incorporée au sein des turricules. Une fois le turricule produit, la MO peut suivre différentes dynamiques en fonction des contraintes physiques qui lui sont appliquées. A court terme (quelques jours), le C dans les turricules est facilement minéralisé en raison d’une forte activité microbienne capable de dégrader la MO labile. Puis, la minéralisation du C décroit de façon exponentielle, la MO étant moins labile est associée à la fraction argileuse dans des micro-agrégats nouvellement formés. À moyen terme (plusieurs semaines ou mois), dans le cas où la structure du turricule n’est pas altérée, la minéralisation du C est réduite comparée aux agrégats non biogéniques. Les quelques travaux portant sur la dégradation des turricules et la dynamique du C incorporé ont montré un lien entre le nombre de cycles humectation/dessiccation et le taux de minéralisation dans les turricules. Les turricules, même après fragmentation par la pluie présentent plus de C que les agrégats non biogéniques indiquant que même si la pluie rend disponible la MO stockée dans les turricules, les fragments libérés contribueraient au stockage de C dans les sols. Le doctorant aura donc à charge de répondre aux questions suivantes: Que se passe-t-il lorsque le turricule est déposé à la surface du sol et qu’il est soumis à l’intensité des pluies ? Jusque quand les turricules participent-ils de façon significative au stockage de C ? Quelle est la part de C perdue par minéralisation de celle perdue par lessivage ? Comment se réarrangent les fragments de turricules dans le sol ? Autant de questions, qui à ce jour ne sont pas étudiées. L’ensemble de ces questions entre dans le cadre du projet « VINAWORM » financé par l’INSU, programme EC2C0 (PI : N. Bottinelli) sur la période 2018 -2019, et devrait être au cœur d’un projet qui sera soumis en 2018 au programme ANR.  
  1. Actions proposées et méthodologies
Justification du site d’étude Les travaux sur le terrain seront conduits dans le bassin versant (BV) de Dong Cao au Nord du Vietnam (0,45 km²). Le climat est subtropical humide (pluviométrie = 1500 mm/an avec une saison des pluies marquée de juin à septembre). Le BV fait partie de l’observatoire M-Tropics (fusion entre NSO MSEC et NSO BVET). Le BV est instrumenté de plusieurs stations météorologiques et de capteurs mesurant en continu la température et l’humidité du sol. L’activité biologique de surface est dominée par le ver de terre anécique Amynthas khami qui produit des turricules conséquents, pouvant atteindre 15 cm de haut et une densité de 6 kg/m2. Ces turricules sont enrichis en C organique et sont très stables à l’eau. La pluie fragmente progressivement les turricules en agrégats de différentes tailles conduisant à la formation d’un horizon superficiel « vermique ». Ces propriétés font de ces turricules un modèle idéal pour étudier la dynamique du C. Ce projet sera réalisé sous deux couverts végétaux représentatifs du BV: une plantation d’arbres sempervirent dont le sol est couvert de litières de feuilles toute l’année et une prairie pâturée présentant à la surface du sol une litière racinaire importante. Ce projet vise à tester les hypothèses présentées précédemment en formulant des modèles estimant l’effet du climat (i) sur la quantité et la qualité de la MO présents dans les turricules frais et (ii) sur la dynamique de dégradation des turricules et la MO associée. Production des turricules en fonction du climat Le doctorant testera l’hypothèse que les variations saisonnières du climat agissent sur la qualité de la MOS et de la litière ingérée, dont les conséquences seront une modification de la quantité et la qualité de la MO dans les turricules frais. Cela nécessitera d’estimer l’effet du climat : (i) sur la production de turricules et (ii) sur la MO incorporée dans les turricules. Combinant des mesures de terrain (échantillonnage) et des techniques de modélisation globale, adaptée aux séries temporelles, le doctorant aura pour tâche de simuler la dynamique de production des turricules en fonction des variables climatiques potentiellement importantes (la pluviométrie, la teneur en eau du sol, le potentiel matriciel du sol, la température du sol et de l’air). Propriétés chimiques des turricules Le doctorant étudiera les propriétés chimiques des turricules fraichement émis (< 7 jours) : teneurs en C, N, δ13C et δ15N et des sucres non-cellulosiques, qui renseignent sur l’origine microbienne ou végétale des MOS. Un fractionnement physique des agrégats sera réalisé afin de séparer les MO particulières (POM) des matières organiques en interaction avec la phase minérale contribuant aux pools stabilisés des MOS. En complément des mesures par spectroscopie dans le moyen infrarouge (MIRS) seront réalisées afin de prédire les propriétés de la MO et donc de limiter le coût des analyses dans la suite du projet. Origine des MOS Le doctorant posera également la question de l’origine de la MO dans les turricules (litière de feuilles et de racines vs. sol) au travers de l’étude des teneurs en δ13C et δ15N du sol, de la litière des feuilles et des racines. Il pourra également s’appuyer sur les terres rares (TR) associées aux particules fines du sol comme indicatrices de la profondeur à laquelle les vers ingèrent le sol. Ce travail sera complété par la formulation de modèles permettant de relier le climat avec l’origine de la MO ingérée et la quantité et la qualité chimique de la MO dans les turricules frais (un modèle basé sur les agents et (ii) un modèle basé sur les équations [1-3]. Les modèles seront comparés et validés par les données disponibles ainsi que par la simulation de nouvelles données. Dégradation et dynamique du C au sein des turricules Le doctorant posera la question de la dynamique du C au sein des turricules. Il pourra pour cela s’appuyer sur des expériences au laboratoire et in situ où des turricules seront incubés et placés sous pluies naturelles ou simulées. La dynamique de la minéralisation de la MO pourra être mesurée par respiration (quantité de gCO2 émis g-1 C sol) et au travers de l’analyse des propriétés chimiques des MO (C, N, sucres et POM seront mesurés comme dans la tâche 1, signature MIRS, teneur en C organique dissous…) et de la porosité (lames minces et analyse d’images 3D issues de µ-tomographie). Pour plus de détails, la description de l’offre est téléchargeable ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 12/04/2018

Sujet de thèse soumis à Ecole Doctoral - Effet des changements globaux sur la dynamique des molécules xénobiotiques en moyenne montagne – OT82

RESUME Ce projet de recherche vise à caractériser les effets des changements globaux (climatiques, écologiques, anthropiques) sur  la  dynamique  de  polluants organiques  dans  les écosystèmes  de moyenne montagne. Les  xénobiotiques,  émis  par l’Homme en quantité croissante depuis le début de l’ère industrielle, impactent fortement l’environnement. En milieu montagneux  particulièrement,  les  conditions  météorologiques  (basses  températures,  pluviométrie  élevée, etc.) induisent  des  dépôts  atmosphériques  localement  importants.  Ces  apports  de  polluants  se  font  via  des  échanges complexes entre l’atmosphère, la végétation et les  sols. Ces derniers jouent alors un rôle de réservoir en stockant les polluants  pour  des  périodes  variant  de  quelques  jours  à  plusieurs  centaines  d’années.  Les  polluants  peuvent  y  être dégradés  ou  réémis  vers  les  eaux  de  surface  et  les  eaux  souterraines  via  l’érosion  ou  le  lessivage.  Cette  dynamique complexe des polluants est fortement liée aux capacités de rétention des sols dont les propriétés sont vouées à varier avec  les  changements  globaux  actuels.  Entre  autre,  l’évolution  des  couverts  végétaux  en  moyenne  montagne  alpine, qu’elle  soit  due  à  l’élévation  de  la  température,  à l’apparition  d’espèces  invasives  ou  aux  changements  de  pratiques anthropiques,  génère  une  altération  des  sols  et  de  leurs  capacités  de  piégeage  des  polluants.  Dans  ce  contexte,  il apparait nécessaire de comprendre l’impact des changements globaux sur la dynamique des xénobiotiques  et de leur possible  remise  en  circulation  dans  l’environnement.  Pour  cela,  l’étude  portera  sur  deux  familles  de  composés  (les hydrocarbures aromatiques polycycliques et les phtalates) couvrant une large gamme de propriétés physico-chimiques et  ayant  par  conséquent  des  dynamiques  environnementales  différentes.  Les  flux  et  les  stocks  de  polluants  seront étudiés dans les différents compartiments de deux sites différant par leur couvert végétal. En combinant ces résultats à des  scenarii  d’évolution  de  la  végétation  alpine,  l’étude  permettra  d’anticiper  de  potentiels  changements  du piégeage/relargage des polluants par les sols du massif alpin. LABORATOIRE Laboratoire Chimie Moléculaire et Environnement DIRECTION DE THÈSE Directeur de thèse (HDR) : NAFFRECHOUX E Codirecteur éventuel : GATEUILLE D CANDIDAT RECHERCHE: Le candidat est titulaire d’un master en sciences de l’environnement et classé dans le premier quart de sa promotion de master 2. Il possède de solides connaissances en chimie de l’environnement et en analyse de traces de micropolluants. Il a déjà réalisé au moins un stage dans une structure publique ou privée de recherche en sciences de l’environnement. Il a un goût prononcé pour l’expérimentation scientifique en laboratoire et en terrain extérieur, maîtrise les outils statistiques pour l’exploitation des données d’analyses multiples et présente des bonnes capacités rédactionnelles.  FINANCEMENT  DE  LA  THESE :  Le  contrat  doctoral  fixe  une  rémunération  principale,  indexée  sur  l’évolution  des rémunérations de la fonction publique : depuis le 1er février 2017, elle s’élève à 1768,55 euros  bruts mensuels pour une activité de recherche seule. Des heures d’enseignements peuvent être effectuées dans la limite de 64 heures équivalent TD par année universitaire  après autorisation du président de l’université et rémunérées au taux fixé pour les travaux dirigés en vigueur. D’autres activités complémentaires au contrat doctoral sont prévues par l’article 5 du décret n° 2009-464  du  23  avril  2009  modifié.  La  durée  totale  des  activités  complémentaires  aux  activités  de  recherche  confiées  au doctorant dans le cadre du contrat doctoral ne peut excéder un sixième du temps de travail annuel. CONTACT : Plus de détail dans la description de l’offre téléchargeable ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 12/04/2018

Offre de Doctorat (début : octobre 2018) - Compréhension  des  mécanismes  impliqués  dans  la  réponse  évolutive  de  populations (Caenorhabditis elegans) exposées à des rayonnements ionisants - OT81

Les  changements  environnementaux,  tels  qu’une  radiocontamination  d’un  écosystème  suite par  exemple  à  un  accident  nucléaire  majeur,  s’accompagnent  de  nouvelles  pressions  de sélection  sur  les  populations  naturelles.  Ces  pressions  peuvent  se  traduire  par  un  déclin démographique brutal, qui, s’il n’est pas accompagné d’une  réponse adaptative efficace des populations, conduit à leur extinction. Au fil des générations, le tri par la sélection naturelle modifie les caractéristiques phénotypiques, génétiques et épigénétiques de ces populations ; ce qui peut conduire à une augmentation de la tolérance au contaminant. Dans ce cas seulement, la population a des chances de se rétablir démographiquement et de persister ; un phénomène appelé  rescousse  évolutive.  Dans  une  démarche  d’évaluation  des  risques  écologiques,  il  ne suffit  donc  plus  d’étudier  les  effets  immédiats  de  divers  contaminants/stresseurs  sur  les organismes  vivants.  Il  est  également  nécessaire  de  développer  nos  connaissances  sur  le potentiel  d’évolution  des  populations  en  milieu  contaminé,  et  les  conséquences  de  ces changements évolutifs rapides sur le maintien à long terme des populations. Dans ce contexte, l’objectif général de ce projet est d’étudier en condition expérimentale les réponses  évolutives  de  populations  de  Caenorhabditis elegans  exposée  de manière chronique à des débits de doses (rayonnement  gamma) ayant un réalisme environnemental  et pendant plusieurs générations.  Plus précisément, l’objectif premier est de pouvoir établir le lien entre les changements phénotypiques sur les traits d’histoire de vie qui seront mesurés au fil des générations et les changements au niveau des gènes et de leurs expressions. Une  approche  d’évolution  expérimentale  sera  mise  en  œuvre  à  l’aide  d’un  modèle  animal particulièrement adapté pour ce type d’expérience, le nématode  C. elegans  (cycle de vie de 3 jours,  génome  séquencé…)  et  l’irradiateur  gamma  Micado  de  l’IRSN.  Plusieurs  traits d’histoire de vie seront mesurés au fil des générations (taille des individus, comportement…). Des  méthodes  et  des  outils  de  biologie  moléculaire  (séquençage  à  haut  débit,  changements génétiques  de  type  SNPs  et  indels,  QTL,  mRNAseq)  et  de  génétiques  quantitatives (translocation  réciproque,  jardin  commun,  analyses  statistiques)  seront  également  appliqués pour atteindre les objectifs. L’intégration des résultats de transcriptomique et de génomique via une stratégie de biologie des systèmes, et l’aspect dynamique de ce projet, permettront de suivre  la  ségrégation  des  mutations  au  fil  de  plusieurs  générations  ainsi  que  leurs  effets phénotypiques potentiels, afin d’évaluer leur importance dans les mécanismes d’adaptation. Il sera  possible  de  lier  certains  gènes  à  leur  fonction  cellulaire  (e.g.  métabolisme,  endocrine, neurotransmetteurs),  puis  de  mesurer  les  traits  phénotypiques  (traits  d’histoire  de  vie, comportements, morphologie) en lien avec les variants génétiques observés. Il sera également possible  d’intégrer  des  données  d’épigénétiques  afin  de  faire  la  relation  entre  les  traits héritables,  les  niveaux  d’expression  des  gènes  et  leur  régulation  transcriptionnelle (méthylation de l’ADN). Au  final,  en  intégrant  l’ensemble  de  ces  approches,  il  sera  possible  d’estimer  le  potentiel évolutif d’une population, telle que  C. elegans, soumise à des rayonnements ionisants et de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents impliqués dans cette réponse. Conditions :  ce  doctorat  d’une  durée  de  3  ans  sera  essentiellement  réalisé  au  Laboratoire d'écotoxicologie  des  radionucléides   (LECO)  de  l’Institut  de  Radioprotection  et  de  Sûreté Nucléaire (IRSN), situé à Cadarache (dans le sud de la France : à 30 min d’Aix-en-Provence, Manosque ; 1 h de Marseille). Le montant du contrat doctoral alloué par l'IRSN est de l’ordre de 2040 € bruts mensuels pendant les deux premières années et de 2090 € bruts mensuels la troisième année. L’étudiant-e au doctorat sera co-dirigé par 4 chercheurs qui apporteront leurs compétences dans les différents domaines  abordés dans ce projet de doctorat. En particulier, (i)  en  génétique  évolutive  expérimentale,  évolution  théorique,  génétique  des  populations (marqueurs moléculaires), modèle  C. elegans : Pr. Henrique Teotónio (Institut de Biologie de l´École  Normale  Supérieure) ;  (ii)  en  écologie  évolutive,  génétique  quantitative, comportement  :  Pr.  Denis  Réale  (Département  des  Sciences  Biologiques,  Université  du Québec à Montréal, Canada), (iii) en écotoxicologie,  radioécologie, biologie  évolutive : Dr. Jean-Marc  Bonzom  (IRSN/PSE-ENV/SRTE,  Laboratoire  d'Ecotoxicologie  des Radionucléides),  (iv)  en  biologie  moléculaire,  omics,  bio-informatique,  radioécologie :  Dr. Olivier Armant, (IRSN/PSE-ENV/SRTE, Laboratoire d'Ecotoxicologie des Radionucléides). Profil  du  candidat : Master  2  (ou  équivalent)  en  biologie.  Un  bon  dossier  académique  est demandé.  L’étudiant-e  aura  au  moins  des  compétences  dans  un  ou  plusieurs  des  domaines suivants : biologie évolutive expérimentale, génétique des populations, biologie moléculaire, génétique  quantitative,  expérimentation  sur  Caenorhabditis  elegans.  Une  forte  motivation pour la recherche et de bonnes aptitudes au travail de laboratoire sont indispensables. Esprit d’initiative, créativité, curiosité, rigueur et  persévérance.  Excellentes capacités de rédaction, maîtrise écrite et orale de l’anglais. Pour  candidater  ou  pour  toutes  questions :  contacter  par  email,  avant  la  fin  avril  2018, Jean-Marc Bonzom : jean-marc.bonzom@irsn.fr Faire parvenir une courte lettre de motivation (1 page maximum) et un CV. Pour plus d’informations, la description de cette offre est téléchargeable ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 12/04/2018

PhD Position - Combined modeling and Magnetic Resonance Imaging (MRI): a novel approach for characterizing the fate of solutes in complex porous media – OT80

Applications are invited for a three-year PhD position at the interface between transport in porous media and magnetic resonance imaging (MRI) at the Navier Laboratory (Paris, France) and EMMAH laboratory (Avignon, France). Context. In both civil engineering and environmental sciences, the transport of solutes through complex porous media is a matter of concern. Chloride ions may penetrate into the pores of the concrete, and corrode its steel reinforcements. This may affect the durability of the structures, and lead to their collapse. Similarly, harmful chemicals may infiltrate through the soil, reach the aquifers and impair the quality of groundwater. Current methods for measuring the permeability of concretes to chloride ions cannot readily be transposed to concretes made of geopolymers, a promising environmental friendly alternative to traditional cement. Similarly, the transport properties from the soil surface to the groundwater of newly marketed perfluorinated surfactants - a class of persistent organic pollutants - have not been assessed yet. Job description. An innovative approach that combines numerical modeling and magnetic resonance to study solute fate in complex porous media was developed recently at Navier and EMMAH. (1) This approach is able to open the black box constituted by the porous media and provides time-resolved quantitative data on the amount of solute inside the porous media, in different environments (e.g. adsorbed, in solution) during batch experiments. The PhD student will:
  • Extend this approach so that it can provide spatially resolved data (for example as a function of sample depth) during column scale transport experiments.
  • Test the extended MRI approach to record the dynamics of solute transport (and retention if applicable) in porous media of increasing complexity (ranging from quartz sand to unsaturated and undisturbed soil cores or geopolymer concrete) and identify the environment of the solute.
  • Compare the MRI data to the outputs of a solute transport model that will be adapted from the models currently available within the VSoil modeling platform (2) developed at EMMAH.
  • Use this extended MRI approach to tackle a selection of scientific questions related to the fate of chlorine in geopolymer cements and perfluorinated surfactants in soils.
Requirements. We seek candidates who demonstrate willingness and ability to study solute transport in complex porous media both on an experimental and modeling point of view. Previous experience with NMR or MRI would be highly appreciated but not mandatory. A successful candidate with no previous NMR or MRI experience will be trained in these techniques and become a knowledgeable user. Similarly, previous experience with modeling would be highly appreciated but not mandatory. The VSoil platform is a userfriendly tool to take its first steps as a modeler. The candidates should hold a master degree in physics, physical chemistry, environmental sciences, computational sciences, or applied mathematics with excellent grades. Good oral and written command of English or French is required. About Navier and EMMAH labs. The successful candidate will share its time between Navier and EMMAH laboratories. Navier (3) is located in Champs sur Marne, twenty minutes train ride east of Paris, and offers a high level scientific working environment. It is equipped with an MRI system adequate to study porous samples (4) and has extensive experience on studying solute transport by MRI. EMMAH (5) offers a friendly and effective working environment settled in Provence (city of Avignon) at a one-hour drive north of the Mediterranean sea. It has a substantial expertise in the study and modeling of water, solutes and colloids transfer in soils and hosts the scientific head and development team of the VSoil modeling platform. How to apply: Applications should include a resume and a copy of master degree grades, as well as contact information for one or two references and should be sent by April, 3rd 2018 to: Denis Courtier-Murias (denis.courtier-murias@ifsttar.fr) and Eric Michel (eric.michel@inra.fr) The description of this position is available here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 12/04/2018

Projet de thèse CIFRE - Contributions de la biodiversité des ANTHROPOSOLS RECONSTITUÉS ou CONSTRUITS aux services écosystémiques de régulation des eaux pluviales et d’approvisionnement en espaces paysagers – OT79

ECOLE DOCTORALE : Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (EGAAL) Unité de Recherche : Ecosystèmes, Biodiversité, Evolution (Ecobio), UMR 6553 Equipe : Réseaux d'Interactions Biotiques et Transferts de Matières Ecosystèmes (RITME) Directeur de thèse : Daniel Cluzeau  (daniel.cluzeau@univ-rennes1.fr / Tél. : 02 99 61 81 86) - Ecobio, UMR 6553 - Université Rennes 1, HDR. Nb de thèses en cours : 1. Co-directeur de thèse : Xavier Marié (xavier.marie@solpaysage.fr /  Tél. : 01 60 10 77 01) -  Entreprise Sol Paysage (https://www.solpaysage.com/). Nb de thèses en cours dans l’entreprise : 1 CIFRE en 3ème année. Mots clés : sols urbains, biodiversité, lombriciens, nématodes, biomasse microbienne, bioindicateurs, services écosystémiques, gestion, ingénierie éco-pédologique, aménagement, gradient temporel, résilience des communautés ou groupes fonctionnels, restauration des processus biopédologiques/biophysiques, outil d’aide à la gestion/décision DESCRIPTIF Contexte socioéconomique et scientifique Les sols urbains ont longtemps été négligés par la science du sol et ne suscitent l’intérêt que depuis quelques années face aux besoins grandissants des zones urbaines et périurbaines, notamment en matière de verdissement des villes. Parmi les ANTHROPOSOLS, deux types sont issus d’opérations  de « génie pédologique » à savoir les  ANTHROPOSOLS RECONSTITUÉS  (issus de matériaux pédologiques)  et les ANTHROPOSOLS CONSTRUITS (issus de matériaux technologiques). Ces sols fournissent un large éventail de services écosystémiques dont ceux de régulation des eaux pluviales et d’approvisionnement en espaces paysagers. En milieu agricole et forestier, les invertébrés du sol sont connus comme étant des acteurs prépondérants dans la fourniture de services écosystémiques grâce aux fonctions qu’ils remplissent (maintien de la porosité, activation de l’activité microbienne, séquestration de la matière organique…). Cependant les recherches spécifiques à l’activité biologique dans les sols urbains sont pour l’heure très peu nombreuses si bien que leur conception et leur réalisation ne permettent pas toujours l’installation d’une biodiversité édaphique. Par conséquent le rendement de services écosystémiques potentiellement associés à cette biodiversité n’est pas optimisé. Le projet fournira donc des réponses opérationnelles aux questions techniques et économiques, favorables à la biodiversité au sein des  ANTHROPOSOLS RECONSTITUÉS et CONSTRUITS et donc favorables à un haut rendement de services écosystémiques associés à cette biodiversité. Les hypothèses et questions posées
  • Quel est l’état de la biologie du sol dans les ANTHROPOSOLS RECONSTITUES ou CONSTRUITS? Quelles sont les influences des différentes modalités de conception ?
  • Dans les aménagements urbains, de quelle façon et dans quelles mesures les invertébrés du sol participent à la fourniture des services de régulation des eaux pluviales et d’approvisionnement en espaces paysagers ?
  • Quelles sont les bonnes pratiques de conception et de réalisation à mettre en œuvre lors de la création de sols urbains pour favoriser l’activité biologique et donc les services écosystémiques associés ?
Les grandes étapes de la thèse et démarche Le projet de thèse se propose (1) de contribuer à un référentiel de données biologiques et physico-chimiques d’ANTHROPOSOLS RECONSTITUÉS et d’ANTHROPOSOLS CONSTRUITS afin de comprendre les caractéristiques de ces objets suivant différentes modalités ; (2) de chercher à comprendre les contributions de la biodiversité à la fourniture de services écosystémiques ciblés (les services de régulation des eaux pluviales et d’approvisionnement en ressources ornementales) via la mise en place d’un outil de conversion de valeurs de fonctionnalités vers des valeurs de services ; (3) de mettre en place, à la lumière des connaissances acquises, un process complet d’ingénierie pédologique, du diagnostic du sol basé sur un modèle prédictif, aux préconisations techniques à appliquer (bonnes pratiques d’ingénierie et de gestion). Approches méthodologiques et techniques envisagées S’agissant d’une thématique peu renseignée, le projet s’appuiera sur la réalisation d’une base de données. D’une part, (1) un ensemble de métadonnées bibliographiques et de terrain (paramètres d’usage, de réalisation, données physico-chimiques, morphologiques…) seront récoltées pour renseigner les diverses modalités de sol existantes ; d’autre part des données biologiques de terrain seront associées à chacune des modalités identifiées (vers de terre, nématodes, biomasse microbienne). L’analyse statistique et l’interprétation de cette base de données serviront à mettre en avant (2) les relations entre les modalités de sols et l’activité biologique puis entre les modalités de sols et les services écosystémiques fournis en partie par les invertébrés du sol, via la conception d’un outil de conversion de valeurs de fonctionnalité en valeurs de service. Enfin (3) la construction d’un modèle prédictif permettra d’envisager l’évolution à court, moyen et long terme d’une modalité de sol en fonction des pratiques d’ingénierie choisie pour le concevoir, le réaliser ou le gérer. Co-direction avec l’entreprise : Xavier Marié, dirigeant du bureau d'études Sol Paysage, sera également co-encadrant du projet. L’entreprise propose des prestations de service spécialisées auprès des collectivités locales et des aménageurs pour caractériser, concevoir et réaliser des sols fertiles et des plantations adaptées en milieu urbain. Il propose un savoir-faire agronomique et écologique appliqué aux métiers du paysage, de l’architecture et de l’urbanisme, permettant de prendre en compte les sols dans les aménagements. Pour rendre compte de l’anthropisation croissante des sols et face à la prise de considération de la question des sols « vivants », des éléments de connaissances théoriques et méthodologiques restent à produire. Ce contexte est favorable à la recherche et au développement de prestations. Un nouveau marché de prestations de services est ainsi amené à être développé via des outils testés sur une grande variété de sols et une expertise pionnière dans le domaine. L’entreprise se prépare dans le même temps à d’éventuelles législations et donc de nouveaux marchés qui pourraient voir le jour sur la biodiversité des sols urbains, dans la continuité des politiques de développement durable et des évolutions des réglementations environnementales (engagements du Grenelle de l’environnement sur la restauration et la valorisation de la nature en ville ou encore mise en place de trames vertes et bleues sur le territoire national). Attractivité: Daniel Cluzeau a été directeur de la Station Biologique de Paimpont pendant 8 ans sans cesser son travail de chercheur. Il a continué de porter ou de collaborer dans de nombreux projets nationaux et internationaux (voir https://ecobiosoil.univrennes1.fr pour plus de détails). La création de l’OPVT (Observatoire Participatif des Vers de Terre) et les projets réalisés à travers l’OPVT ont contribué à la visibilité nationale et internationale de la recherche de l’Université Rennes 1 (p.ex. « La Nuit de l’Agroécologie » au Ministère en Juin 2016). Cette thèse, qui s’inscrit dans la continuité de programmes de recherche tels que le RMQS BioDiv, AgrInnov ou BioIndicateurs, contribuera à l’apport de connaissances dans un domaine encore très peu étudié et ainsi tester des méthodes de bioindication en milieu urbain, avérées pertinentes en milieu agricole. Pluridisciplinarité : Deux disciplines principales se croisent dans ce projet à savoir l’écologie et la pédologie. L’approche se base en effet sur une évaluation de l’activité biologique au sein de sols typiquement urbains, dont les caractéristiques physico-chimiques et morphologiques seront essentielles à mettre en parallèle pour comprendre les conditions les plus favorables à l’installation de la biodiversité dans les sols reconstitués ou construits par l’Homme. Collaboration avec le CEREMA Ile de France, spécialisé sur la ville durable, dans les domaines de l’aménagement, de l’urbanisme, de la nature en ville et du cycle de l'eau. La description de cette offre est téléchargeable ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 12/04/2018

1 PhD student in the research education subject: Soil Science - Department of Soil and Environment in Uppsala – OT78

Diversified Salix plantations and soil carbon cycling The aim of this project is to evaluate the link between above-ground Salix plant trait diversity and below-ground carbon cycling in soils. The PhD project will combine controlled experiments at different spatial scales combining thermodynamic, biochemical and metabolomics methods. The project will employ established field sites with cultivar blends of willow energy crops along a 1500 km latitudinal gradient from Sweden to Germany. The successful candidate will join a collaborative group of graduate students, postdocs and senior scientists conducting unique research evaluating diversified Salix plantations and their potential for mitigation of climate change. Data will be used in soil organic matter models which will be applied to quantify the carbon sequestration potential of various Salix-agroecosystems. Qualifications The applicant should have a Master’s degree (or equivalent) in environmental science, earth sciences, soil science, ecology, agronomy or similar. We are seeking a highly motivated candidate with a strong interest in integrative work at the chemical and biophysical interface in soils. Knowledge in soil biogeochemistry and soil biology with experience working in the laboratory are desirable. Understanding of soil organic matter models, experiences in planning and executing experiments and scientific writing skills will count as merits. The applicant should have the ability to work both independently and in a team. A proven good ability to communicate in written and spoken English is required. Evaluation will be based on the motivation letter, Master thesis and other publications. A selection of candidates will be interviewed, and if needed a written assay may follow. Forms for funding or employment Employment as PhD student SLU is an Equal Opportunity Employer. A person has basic eligibility for third cycle education if he or she has taken a second cycle qualification or has completed course requirements of at least 240 higher education credits, including at least 60 higher education credits at second cycle education. Upper secondary school grades equivalent to English B/English 6 are a basic requirement. Selection among applicants meeting the requirements is made with reference to written application including curriculum vitae, copies of degrees and transcripts of academic records, one copy of the dissertation for masters or undergraduate degree, a list of at least two references familiar with the applicant's qualifications, certified knowledge of the English language and an interview. Read about the PhD education at SLU at www.slu.se/en/education/programmes-courses/postgraduate-studies/ Use this APPLICATION FORM Further information: Docent Anke Herrmann, anke.herrmann@slu.se, Academic union representatives
  • SACO Saco-S föreningen SLU +46 (0)18 67 10 85
  • SEKO Linda Thörnström +46 (0)18 67 10 57
  • ST Lotta Olsson +46 (0)18 67 15 36
Applications, marked with ref no SLU ua 2018.2.5.1-736, must have arrived at the Registrar of SLU, P.O. Box 7070, SE-750 07 Uppsala or registrator@slu.se no later than 2018-05-07. The description of this position is available here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 12/04/2018

Proposition de sujet de thèse au CEA - Étude des mécanismes de transfert sol/plante du césium en vue d'optimiser les procédés de phyto-remédiation et de sécurité alimentaire OT-77

Le radiocésium est l’un des radionucléides artificiels le plus important produit par la fission nucléaire introduit  dans  l'environnement,  notamment  en  raison d'accidents  nucléaires.  Depuis  2013,  les laboratoires du Développement des Plantes (LBDP) et de Mesures et de Modélisation de la Migration des Radionucléides (L3MR) sont impliqués dans le projet DEMETERRES (PIA RSNR) qui promeut le développement  de  technologies  innovantes  de  remédiation  des  sols  contaminés  au  Cs,  incluant notamment la phyto-remédiation. Le Cs est connu pour être un analogue chimique du K qui est absorbé par les systèmes de transport du K chez les végétaux et aussi échangé à la surface des minéraux réactifs du sol. Par conséquent, ces deux éléments rentrent en compétitions lors de leur absorption par les racines des plantes ou sont plus ou moins mobilisés par échange cationique sur les minéraux argileux. Leur libération via la solution du sol résulte de la compétition entre l’action de la plante et la réactivité les minéraux constitutifs du sol à travers des échanges dans la solution interstitielle. L’étude du transfert sol/plante est donc déterminée par les interactions entre les trois acteurs majeurs (sol, plante et solution du sol) qui affectent la composition chimique aux interfaces et en conséquence la biodisponibilité du Cs. A ce jour aucune étude n’a permis de révéler les interactions coordonnées entre ces trois interfaces. Dans ce contexte, l’objectif de ce projet est d’évaluer l’impact des composés chimiques sécrétés par les racines des plantes sur les propriétés physicochimiques d’échange du Cs et du K par le sol. Des plantes ayant  des  architectures  racinaires  variables,  ou  des  propriétés  d’excrétion  d’éléments  chimiques spécifiques  (H+,  acides  organiques…)  seront  ensuite testées  pour  modifier  les  propriétés  physicochimiques du sol afin de hiérarchiser les paramètres essentiels de la mobilisation du Cs vis à vis du K. In  fine,  cette  caractérisation  détaillée  des  propriétés  de  transfert  sol/plante  du  Cs  contribuera  à l’amélioration  des  procédés  de  phyto-remédiation  et de  sécurité  alimentaire,  des  enjeux  sociétaux majeurs pour l’avenir. Ce travail de thèse se partagera entre le laboratoire du Développement des Plantes (LBDP) dans le centre CEA de Cadarache et le Laboratoire de Mesure et de Modélisation de la Migration des Radioélément (L3MR) dans le centre CEA de Saclay. Encadrantes CEA : Christelle Latrille (christelle.latrille@cea.fr, 01 69 08 34 24) Directrice de Thèse : Nathalie Léonhardt (nathalie.leonhardt@cea.fr, 0442253048) Ecole doctorale : Aix-Marseille Université – ED062-Sciences de la Vie et de la Santé Financement : CFR assuré pour 36 mois. Profil recherché : Ce travail de thèse fait appel à une approche pluridisciplinaire. Une formation en géosciences,  physico-chimie,  chimie-biologie  est  souhaitable.  Un  intérêt  particulier  pour l’expérimentation sera demandé. Période : octobre 2018 à octobre 2021, avec audition en mai 2018. La description de cette offre est téléchargeable ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 22/03/2018

Inter-disciplinary soil PhD opportunity, please circulate - The rhizosphere and soil health: from bench to field and back again – OT76

Project Description The Grantham Centre for Sustainable Futures focuses on advancing sustainability research and connecting it with the policy debate around how humans can live in a more sustainable way. grantham.sheffield.ac.uk We are recruiting Scholars who will combine outstanding intellect with a strong commitment to public engagement, leadership and action. These ambitious individuals will complete interdisciplinary PhD research projects to help solve the challenges of sustainability. They will be supported by the Centre through a unique training programme, designed to equip them with the skills to become policy advocates and leaders in sustainability matters. http://grantham.sheffield.ac.uk/wp-content/uploads/2017/12/Grantham-Scholars-training-brochure.pdf Your application for this studentship should be accompanied by a CV and a 200 word supporting statement. Your statement should outline your aspirations and motivation for studying in the Grantham Centre for Sustainable Futures. You should also outline any relevant experience and interests that you have in sustainability issues. Please select ’Standard PhD’ and the ’Department of Animal and Plant Sciences’ which is where the lead supervisor is based. Fill in the title of your desired project and the name(s) of the supervisors. The starting date of the PhD will be the start of the next academic year - 1 Oct 2018. The ’Funding stage’ on the form will be ’project studentship’. For academic enquiries, please contact either Stephen Rolfe (s.rolfe@sheffield.ac.uk), Anna Krzywoszynska (a.krzywoszynska@sheffield.ac.uk) or Jurriaan Ton (j.ton@sheffield.ac.uk). Soil health lies at the heart of global food security: healthy soils are productive and make crops resilient to biotic and abiotic stresses. However, our scientific understanding of soil health is limited. This is unsurprising given the complexity and dynamic nature of the rhizosphere – the region of the soil that is influenced by root exudates and associated complex microbial communities (the rhizobiome). Achieving soil health both a scientific and a social challenge. Research findings about soil health have to be meaningful to land managers if they are to act on improving the health of their soils. This project aims to advance our understanding of soil health by studying the rhizobiome and linking these scientific findings with farmers’ assessments of soil quality. The project will suit a graduate from biology with interests in soil microbiology and chemistry and in stakeholder engagement/public participation in science. Farmers use their experience to classify soils as being ‘good’ or ‘bad’ but we do not know what indicators farmers use when making these designations nor how this relates to scientific understanding of soil health. The student will survey farmers to investigate indicators used in assessing soil health, examine the relationship between farmers’ and scientific assessments of soil health and actively engage farmers in scientific research. The student will characterize the rhizobiome, using metabolomic and genomic techniques. Plant roots exude a complex mixture of metabolites that shape the composition of the rhizobiome. The rhizobiome also produces rhizosphere metabolites that, in turn, influence plant growth and health. This interplay between plants and soil microbes is central to the concept of healthy soils, with the rhizo-metabolome as the interface. The student will grow crops in soils identified by farmers as ‘good’ or ‘poor’ to relate their performance to the microbial and biochemical composition of the rhizosphere, using state-of-the art next-generation DNA sequencing and mass spectrometry techniques. These analyses will allow for selection of biomarkers of healthy soil, which will be tested in the field with key results disseminated to farmers and consultancy agencies. The student will receive training in plant and soil characterisation, DNA sequencing of complex communities, analysis of metabolites and bioinformatics. The student will use the P3/Wolfson Centre for Disease Phenomics providing start-of-the art facilities for measuring plant performance to environmental stresses. The student will gain experience with land managers and how to engage with them, providing a unique opportunity to build bridges between cutting-edge biological research and farmers with ‘in-the-field’ hands-on experience.  Funding Notes This four-year studentship will be fully funded at Home/EU or international rates. Support for travel and consumables (RTSG) will also be made available at standard rate of £2,627 per annum, with an additional one-off allowance of £1,000 for a computer in the first year. Students will receive an annual stipend of £17,336. Applications should be received and complete by Monday 26th March 2018. More information and application on https://www.findaphd.com/search/ProjectDetails.aspx?PJID=95725 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 22/03/2018

Proposition de thèse Cirad 2018 - UPR « Recyclage et risque » et « AÏDA » -  Modélisation de l’efficience azotée des agro-écosystèmes canniers. Application à la gestion intégrée des produits résiduaires organiques sur un territoire de la Réunion. – OT75

Eléments de Contexte : Les pratiques agricoles agissent sur les cycles du carbone, de l’azote et du phosphore qui sont à la base des productions végétales. Une ouverture excessive de ces cycles entraîne des pertes et des gaspillages de nutriments, de matière organique des sols et d’énergie, ainsi que des problèmes de pollution de l’eau, de l’air et d’émissions de gaz à effet de serre (Soussana & Côte, 2016). Les transitions agro-écologiques visent à favoriser le bouclage des grands cycles, en combinant une série de processus : fixation biologique d’azote, stockage de carbone et de nutriments dans la matière organique des sols, et de pratiques : recyclage et valorisation agricole des engrais de ferme, intégration des systèmes de culture et d’élevage, rotations et itinéraires techniques favorisant une synchronisation de la disponibilité vis-à-vis de la demande des plantes. Le potentiel représenté par ces transitions nécessite des recherches portant notamment sur la biologie et l’écologie du sol, les interactions sol-plante ou les cycles biogéochimiques. Dans ce contexte, les approches de modélisation basées sur l’intégration de connaissances sont attendues, dans leurs dimensions descriptives, prédictives et exploratoires, afin de tester les effets de pratiques agro-écologiques. Les modèles de culture peuvent tout à la fois accompagner les agriculteurs dans une gestion agro-écologique de leur exploitation, permettre aux scientifiques d’appréhender le fonctionnement d’agro-écosystèmes innovants ou aider les décideurs à choisir l’option la plus prometteuse sur la base d’indicateurs agro-environnementaux (Di Paoli et al., 2015). Le travail proposé devrait à ce titre profiter des connaissances et des modèles déjà existants, utilisées par les unités encadrantes, sur les thématiques de transformation des PRO dans les sols, de croissance de la canne à sucre, de flux d’azote vers l’environnement et de modèles systémiques de flux de matière à l’échelle du territoire. L’approche de modélisation envisagée dans le cadre de cette thèse pourrait également trouver des applications dans les projets GABIR et PROTERR* qui débutent et qui impliquent tous deux des approches systémiques portées par les modélisateurs de l’unité recyclage et risque. * Optimisation de l’insertion des Produits Résiduaires Organiques dans les systèmes de culture comme levier des services écosystémiques rendus par les sols à l’échelle TERRitoriale (PROTERR, ADEME GRAINE, Une bioéconomie au service de la transition écologique et énergique) RESUME DU TRAVAIL PROPOSE Questions et hypothèses de recherche La thèse proposée aborde essentiellement une question d’ordre méthodologique : une approche de modélisation à plusieurs échelles du cycle de l’azote permet-elle d’évaluer les impacts agro-environnementaux que produirait un scénario territorial visant la valorisation agronomique de résidus organiques sur les surfaces cannières ? La question opérationnelle que l’emploi de cette méthode dans une situation concrète permet d’aborder revêt un grand intérêt pour la Réunion et les unités de recherche impliquées : le bilan agro-environnemental des scénarios de recyclage étudiés, est-il aussi positif qu’attendu ? En intégrant des modules biophysiques dans un outil unique prenant la forme d’un modèle de culture et en couplant ce nouvel outil à un cadre d’évaluation systémique revêtant la forme d’un modèle logistique/systémique, nous pensons qu’il sera possible de transposer, à l’échelle du territoire, des indicateurs agronomiques et environnementaux pertinents au niveau parcelle. L’exercice académique, proposé dans cette thèse, se limitera aux surfaces cannières, et leur lien avec la gestion des PRO à l’échelle du territoire de l’Ouest de la Réunion. Objectifs L’objectif général de la thèse est de développer un outil de modélisation à plusieurs échelles du cycle de l’azote permettant d’évaluer les impacts agro-environnementaux des surfaces de cannes sucre dans le cadre de stratégies territoriales de gestion des PRO à la Réunion. Le premier sous-objectif de la thèse sera de prédire les dynamiques du C et de N apportés avec les PRO dans les sols agricoles. Le deuxième sous-objectif consistera à estimer les effets d’apport de PRO sur les rendements en cannes à sucre et les pollutions azotées dans les agro-écosystèmes canniers. Le troisième sous-objectif sera d’évaluer les effets agronomiques et environnementaux de différents scénarios de gestion intégrée des PRO à l’échelle du territoire. Méthodologie 1/ État des lieux, sélection des modèles biophysiques d’intérêt et stratégie d’intégration L’approche de modélisation proposée dans cette thèse devra réaliser un couplage de trois grands processus biophysiques à l’échelle de la parcelle : la transformation des PRO dans les sols réunionnais, la simulation des flux azotés dans le sol et vers l’atmosphère, ainsi que la mobilisation des nutriments azotés par la canne à sucre en fonction de leur disponibilité. Dans la suite de cette section, des modèles candidats sont proposés, mais le choix reste volontairement ouvert. Une première étape de cette thèse sera justement la comparaison par le doctorant des différents modèles candidats, en cohérence avec les stratégies de modélisation des équipes d’accueil. Le choix des modèles devra tenir compte de leur capacité à modéliser les processus étudiés (incluant la possibilité d’éventuelles modifications), de l’accès aux fichiers sources et du langage proposé, ainsi que des partenariats à construire pour ce projet de recherche. Entre autres, un des points clés sera de disposer d’un modèle de croissance de la canne à sucre qui réponde non seulement aux variables climatiques, mais également à la disponibilité en nutriments. 2/ Modéliser les transformations des PRO et les flux d’N associés dans les sols de la Réunion Une bonne prise en compte des pratiques de fertilisation organique dans les modèles de culture repose sur le paramétrage d’un module ad hoc tenant compte de la diversité biochimique des gisements locaux de PRO. Le modèle TAO, candidat potentiel, pourra être paramétré à partir de cinétiques de minéralisation de C et N mesurées en conditions contrôlées de laboratoire. Les dynamiques de minéralisation de C et N des PRO disponibles sur le territoire ainsi que leur caractérisation biochimique ont été déterminées au cours de travaux précédents au sein de l’UR 78. Le sous-modèle TAO pourra être intégré dans un modèle SOL (CANTIS, MOMOS…) afin de simuler correctement les évolutions des stocks de carbone dans les sols, l’évolution des stocks de N minéral et les transferts de N dans les sols. Une validation au champ pourrait être envisagée sur le traitement sol nu de l’essai SOERE-PRO. 3/ Modéliser les flux d’azote dans le sol et la croissance de la canne à sucre à l’échelle parcelle La communauté scientifique a développé plus de 70 modèles de cultures avec différents niveaux de complexité (Paola et al., 2015). Parmi eux, quatre candidats de modèles de culture à l’échelle de la parcelle simulant la croissance de la canne à sucre ressortent : APSIM-Sugarcane (Keating et al., 2003), DSSAT-Canegro (Jones et al., 2003, Inman-Bamber, 1991), Mosicas (développé par l’UR 115 AIDA) et une tentative récente d’application de STICS à la canne à sucre (Valade et al., 2014). APSIM (Australie), DSSAT (Afrique du Sud, USA) et STICS (France) sont trois plates-formes de modélisation développées par différentes équipes de chercheurs dans le monde, chacune présentant des points forts et des faiblesses dans le cadre de ce projet. L’utilisation du modèle MOSICAS, autre candidat potentiel développé par l’UR AIDA et particulièrement bien adapté aux conditions agro-climatiques de la Réunion (démontré dans le cadre d’une comparaison des modèles MOSICAS, CANEGRO et APSIM-Sugarcane au sein du projet ICSM[1]), bénéficierait de l’expérience accumulée au sein de l’UR AIDA. Néanmoins, une limite de ce modèle est l’absence actuelle de couplage entre la disponibilité de l’N et la croissance de la canne. Le développement d’un module N sera réalisé au cours de l’année 2018 dans le cadre d’autres travaux de l’UR. Le modèle SOL-PLANTE retenu bénéficiera pour sa calibration (et éventuels développements) du projet TERO de eRcane initié en 2014. Au sein de ce projet, quatre essais ont été installés dans différentes conditions pédo-climatiques de l’île pour évaluer l’impact de l’intensité de la fertilisation minérale, ainsi que de plusieurs alternatives de fertilisation organiques, sur les rendements et la croissance de la canne à sucre. Le modèle PRO-SOL-PLANTE pourra alors être paramétré à partir des résultats obtenus sur le cycle et les flux de N dans l’essai SOERE-PRO **. ** Un bilan complet du cycle biogéochimique de l’azote est actuellement dressé dans cet essai pour différents modes de fertilisation organique de la canne à sucre dans le cadre de la thèse de Daniel Poultney (CIFRE Veolia, 2017-2020) Une validation partielle/modulaire du modèle complet doit être proposée. 4/ Articuler le modèle de culture développé avec le modèle territorial UPUTUC Le 3ème sous-objectif est sous-tendu par l’articulation du modèle biophysique développé aux étapes 2 et 3 avec un modèle logistique de gestion des PRO à des échelles supra-parcellaires. Le modèle UPUTUC, développé dans le cadre du projet GIROVAR, permet de simuler les paramètres logistiques de scénarios de recyclage à l’échelle du Territoire de la Côte Ouest de la Réunion. Outre des indicateurs socio-économiques, il propose pour les différents scénarios une répartition (« agronomiquement optimisée ») des différents types de PRO dans les parcelles composant le territoire. Le modèle PRO-SOL-PLANTE développé au cours de la thèse pourrait utiliser les sorties d’UPUTUC et simuler les rendements et impacts environnementaux dans l’ensemble des parcelles du territoire, et ce pour les différents scénarios de gestion, afin d’apporter une dimension agro-environnementale à l’évaluation produite par UPUTUC. Les résultats d’une telle articulation permettent également d’apprécier le gain d’efficience que permettrait d’atteindre le couplage de ces deux outils d’aide à la décision. Relations avec le projet scientifique des unités et les axes stratégiques du Cirad Cette thèse se trouve au cœur du projet scientifique de l’unité Recyclage et risque tant par la thématique abordée que par la démarche proposée. L’unité Recyclage et risque cherche en effet des solutions à impact environnemental contrôlé pour valoriser l’ensemble des déchets organiques et a l’ambition de faire collaborer concrètement sciences biophysiques et sciences de gestion. Pour l’unité AIDA, dont le système de culture est un thème principal, le développement de modèles permettant d’évaluer les performances de systèmes agro-écologiques innovants est une voie privilégiée afin de promouvoir l’intensification écologique et la durabilité des agro-écosystèmes. Les travaux menés dans cette thèse sur la réponse de la canne à sucre aux apports de nutriments sous la forme d’engrais ou de PRO doivent ouvrir la voie à des travaux portant sur la répartition des ressources trophiques dans des systèmes canniers intégrant des plantes de services. Disposer d’outils permettant de gérer les risques et de démontrer les bénéfices environnementaux du recyclage de résidus organiques est un élément essentiel pour la proposition des solutions recherchées, ainsi que pour la promotion de l’intensification écologique qu’elles servent. La recherche proposée contribue de ce fait aux projets des unités et à la réalisation de la stratégie et des engagements du Cirad (axe Valorisation de la biomasse et Agriculture écologiquement intensive). Terrains et partenaires L’allocataire sera positionné à la Réunion au sein des UPR 78 et 115 (station de la Bretagne, Saint-Denis). Les mesures de terrain nécessaires à la calibration et à la validation des composantes du modèle de culture seront réalisées dans l’essai SOERE-PRO de La Mare et les quatre essais agronomiques du réseau TERO piloté par eRcane. Sur le terrain, l’allocataire sera appuyé par les techniciens des UR 78 & 115 et à l’occasion de nos partenaires d’eRcane et du CTICS. L’agglomération intercommunale du Territoire de la Côte Ouest (5 communes) constitue la zone territoriale d’étude concernant la dernière tache de la thèse. Le thésard bénéficiera du soutien d’agro-modélisateurs de l’UR 115, de modélisateurs biogéochimistes et systémiques de l’UR 78. Encadrement et accueil Équipe d’accueil : UPR 78 Recyclage et Risque, Saint-Denis, La Réunion. Encadrants principaux : A. Versini, L. Thuriès et J.C. Soulie UPR 115 AÏDA, Saint-Denis, La Réunion. Encadrant principal : M. Christina Candidat ciblé : sciences de l’environnement avec un intérêt pour l’interdisciplinarité et la modélisation. Candidature Pour toute demande d’information, vous pouvez contacter antoine.versini@cirad.fr (02 62 72 78 61) ou mathias.christina@cirad.fr (02 62 72 78 22). Les candidatures sont à envoyer à antoine.versini@cirad.fr, mathias.christina@cirad.fr, laurent.thuries@cirad.fr et jean-christophe.soulie@cirad.fr Plus d'information dans la fiche descriptive de l’offre disponible ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 22/03/2018

PhD proposal - Fluvial carbon export from a boreal peatland, eastern Québec, Canada- OT74

Scientific context and objectives of the PhD project: Peatlands are hot spots of the carbon cycle in watersheds. Globally, it is estimated that these ecosystems store a third of the global soil organic carbon stocks. In Quebec, peatlands are important ecosystems, covering ~ 8-12 Mha of the land surface and storing approx. 8 Gt of organic carbon. This PhD project part of a collaborative research program aiming at the assessment of the total carbon budget of the Romaine watershed (Côte Nord, Québec; lat 50,52482°, long -63,20652°). Peatlands greatly influence downstream surface water chemistry, since their waters are characterized by high DOC concentration and sursaturation in CO2 and CH4.Stream carbon export is a significant component of peatland carbon budgets, and can represent a large proportion of the net carbon accumulation in boreal peatlands. The proposed PhD project aims at documenting (quantification, characterization, origin) the stream carbon export from one instrumented peatland selected for its representativeness in the watershed. The PhD candidate will deploy in situ instrumentation to acquire a high temporal resolution of optical proxies for DOC and POC as well as dissolved CO2 and CH4 concentrations. These acquisitions will be combined with meteorological and hydrological acquisition to quantify fluvial carbon exports from the peatland, and identify hydrological controls of stream carbon exports. During field campaigns, dissolved organic matter (DOM) from different pools will be characterized using optical, molecular and isotopic tools to determine DOM origin and transformation from the peatland to the main stream (Romaine River). The project will require closed collaboration with other fields of carbon quantification and more specifically with the atmospheric GHG exchanges component in order to quantify the total peatland carbon budget. Keywords: Peatland, Carbon, In situ sensing, biogeochemistry, hydrology. Prerequisites: Candidates with experience in biogeochemistry, carbon cycling and hydrology are welcome to apply. They must demonstrate their abilities to work in collaboration and in remote areas during regular field campaigns. Location: The PhD will take place at UQAM (Université du Québec à Montréal, Québec, Canada), with a joint PhD agreement with INPT (Institut National Polytechnique de Toulouse). Supervision: Michelle Garneau (garneau.michelle@uqam.ca), Laure Gandois (laure.gandois@ensat.fr) and André St-Hilaire (Andre.St-Hilaire@ete.inrs.ca). PhD Grant: The PhD grant is 20 000$ CAN/yr for 3 years. All field expenses and laboratory analyses will be covered. Starting date: The call will remain open until filled. The PhD program starts in May 2018. Application: Applications should be send directly by e-mail and should include a CV and motivation letter along with the name of two references.   Plus d'information dans la fiche descriptive de l’offre disponible ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 22/03/2018

Offre de Thèse dans l’équipe HydrASA de l’Institut de Chimie des Milieux et Matériaux de Poitiers (IC2MP) - OT73

Titre : Diffusion et adsorption de nutriments dans des matrices argileuses   Pour mieux comprendre et prédire le transfert des contaminants organiques et inorganiques dans les environnements de surface, tels que les sols, des modèles de transfert réactif peuvent être utilisés. Ceux-ci permettent de coupler (i) les processus de transport par advection et diffusion aux (ii) processus chimiques tels que ceux d’adsorption/désorption s’opérant sur/dans les constituants réactifs des sols, comme les minéraux argileux. A ce jour, il est difficile avec les modèles actuels de diffusion de clairement quantifier les dynamiques des contaminants associées aux différents compartiments de la porosité de la matrice argileuse du sol (interparticulaire, micro/nanopores). Dans ce cadre, ce projet visera à contribuer à hiérarchiser les propriétés intrinsèques et d’organisation des particules argileuses (taille, morphologie, minéralogie, capacité d’adsorption, porosité du milieu) qui contrôlent la diffusion de l’eau et de solutés au sein de milieux poreux argileux, représentatifs de matrices argileuses des sols. Le travail du/de la candidat(e) consistera dans un premier temps en l’étude de la dynamique de traceur de l’eau et d’éléments nutritifs/contaminants (sulfate, calcium, strontium) au sein de milieux poreux modèles reconstitués au laboratoire et constitués de particules d’argiles de morphologie connue et distribution de porosité interparticulaire/interfoliaire fixée. Ce travail demandera d’avoir un fort attrait pour le travail expérimental au laboratoire et le/la candidat(e) utilisera un dispositif de diffusion déjà validé pour les traceurs de l’eau pour mener à bien ces expériences. Dans un second temps, l’étude du fractionnement isotopique lors de la diffusion de ces nutriments dans ces milieux poreux pourra être abordée. In fine, les résultats acquis sur ces différents systèmes modèles seront confrontés à ceux qui pourront être acquis avec quelques échantillons naturels de sol, et permettront ainsi de valider les propriétés des particules argileuses et d’organisation du milieu qui contrôlent la diffusion macroscopique de l’eau et des éléments nutritifs/contaminants dans les matrices argileuses des sols. Durée du projet : 3 ans à partir du 1er octobre 2018. Financement : allocation doctorale ministère ou région Nouvelle-Aquitaine acquise. ≈ 1400 € net/mois. Profil et compétences du candidat : Le candidat devra être titulaire d'un Master 2 ou d'un diplôme d’ingénieur et avoir des compétences en physico-chimie des matériaux, transport ou science du sol. Des connaissances sur les argiles et/ou minéraux finement divisés seront appréciées. Le candidat devra travailler en équipe et maîtriser l’anglais à l’oral et à l’écrit. Pour postuler (CV) : contacter Emmanuel Tertre (emmanuel.tertre@univ-poitiers.fr). Tel. : 05 49 45 36 57. Date limite de candidature : 2 mai 2018. Plus d'information dans la fiche descriptive de l’offre disponible ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 22/03/2018

OFFRE DE THÈSE - ÉCOLE DOCTORALE « Écologie, Géosciences, Agronomie, Alimentation » - Evaluation environnementale et mécanismes d’émissions par les sols d'aérosols biogéniques microbiens. Enjeux pour la qualité de l’air - OT72

INFORMATIONS GÉNÉRALES Champ Disciplinaire : Ecologie et sciences de l’environnement Mots‐clés : interface sol‐air, flux biologiques, microorganismes, usages des sols Établissement(s) d’inscription : UNIVERSITE de RENNES 1, Ecole doctorale EGAAL Unités/équipes encadrantes :
  • UMR CNRS 6553, ECOBIO, Equipe RITME (Réseaux d'Interactions et Transferts de Matière dans les Écosystèmes)
  • UMR CNRS 6251, IPR, Département de Physique Moléculaire
Directeurs de thèse:
  • BINET Françoise (DR CNRS, ECOBIO)
  • LE GARREC Jean‐Luc (MCF HDR, IPR) ;
Encadrants : Cécile MONARD (CR CNRS, ECOBIO Contact :  DESCRIPTION SCIENTIFIQUE DU PROJET DE THÈSE Contexte socio‐économique et problématique scientifique Le projet aborde une problématique d’actualité puisque la France a été récemment condamnée (2017) par le Conseil d’Etat pour dépassement des seuils réglementaires en matière de pollution par l’ozone et les particules fines dans l’air. Ces aérosols particulaires dans l’air sont très nocifs, leurs effets sur la santé incluent les maladies respiratoires et cardiovasculaires ainsi que le cancer du poumon. (Rapport OMS, Janvier 2013). Les directives européennes de qualité de l’air ont fixé des niveaux maximum de particules admissibles dans l’air ambiant (directive 1999/30/CE PM10 et directive 2008/50/CE PM 2.5). Toutefois, ces niveaux sont bien souvent dépassés, et la question de savoir si les sols sont des sources d’aérosols biologiques importantes jusqu’alors sous‐estimées et non prises en compte dans l’explication des pics de pollution et dans les modèles de prédiction de la qualité de l’air est posée. Jusqu’à très récemment, les couverts végétaux (e.g., canopée des forêts, landes) étaient identifiés comme les sources principales de COVs d’origine biogénique émis vers l’atmosphère. Or ce paradigme a été remis en cause. En effet, les sols per se seraient aussi émetteurs de COVs, libérés lors du processus microbiologique de décomposition des matières organiques qu’ils contiennent ou qu’ils reçoivent (litières naturelles, déchets, effluents résiduaires) (Gray et al., 2010), suggérant une probable surestimation des flux émis par les plantes par rapport aux sols en regard du Carbone qu’ils stockent (Bachy et al., 2016). Nous venons de confirmer que les sols agricoles sont des sources non négligeables de COVs biogéniques (Potard et al., Agr.Ecosys.Env., 2017), qui plus est, que la signature spectrale des flux de COVs émis par ces sols permettait de différencier les pratiques d’amendements auxquelles ils étaient soumis. Or les COVs sont des gaz rares très réactifs, précurseurs de la double formation d’ozone (O3) et d’aérosols organiques secondaires (AOS), qui sont aussi deux polluants atmosphériques responsables de la dégradation de la qualité de l’air et dont les pics d’émission aux cotés des particules fines causent des problèmes de santé publique (irritation, asthme) et impactent la productivité des agrosystèmes (oxydation). S’agissant des aérosols particulaires biologiques, les sols sont désormais aussi suspectés d‘être des sources importantes d’aérosols microbiens vers l’atmosphère. Les études ont de prime à bord porté sur le dénombrement de grains de pollen, de spores de champignons voire d’acariens allergènes, mais encore peu sur l’identification des organismes de taille micro et nanométrique (bactéries, archées, virus) (Supplies et Kerr, 2000). Bien qu’omniprésentes dans l’air avec des concentrations variant entre 104 à 108 cellules par m3 d'air (Fabian et coll., 2005; Albrecht et coll., 2007; Bowers et coll., 2009), les bactéries sont très rarement identifiées. Il est prédit aussi que les microorganismes atmosphériques, du fait même de leur faible taille, pourraient constituer une fraction importante des aérosols de moins de 2,5 μm de diamètre (PM 2,5), qui sont l'objet des efforts de surveillance et d'assainissement de la qualité de l'air (Boreson et coll., 2004; Menetrez et coll., 2007) du fait de leur fort impact délétère sur la santé humaine. Les microorganismes du sol seraient ainsi directement impliqués dans la qualité de l’air car  sujet à l’aérosolisation, au gré des pratiques de gestion et des conditions météorologiques prévalant. Or l’aérosolisation (de pathogènes du sol par exemple) est d’intérêt nouveau mis en exergue par les changements climatiques. Malgré leur présence ubiquiste dans l’air, les inventaires d’aérosols biologiques sont fragmentaires, de surcroit les déterminismes d’aérosolisation de microorganismes sont incompris. La littérature ne fait état d’aucune connaissance quant à une possible coémission microorganismes ‐ COVs par les sols, co‐agissant sur la qualité de l’air en régulant le devenir des COVs et des AOS, ni quant à leur contribution à la fraction des particules fines (PM 2.5) les plus nocives. Or cette compréhension est nécessaire pour identifier des leviers d’action, de prédiction ou de remédiation de la qualité de l’air. Il s’agit là d’un aspect complètement novateur du projet de thèse qui sera appréhendé par une démarche interdisciplinaire à l’interface de la physique, de la microbiologie et de l’écologie des flux. Objectifs et questions scientifiques Le présent projet adresse de fait une problématique environnementale de portée européenne relative à la dégradation de la qualité de l’air en abordant à la fois les aérosols microbiens (particules fines biologiques) et les COVs (gaz rares précurseur d’ozone et d’AOS) émis par les microorganismes du sol. Le projet de recherche s’intéressera à la fois à évaluer in natura les émissions d’aérosols biologiques par les sols et à en comprendre les processus d’émissions à l’interface sol‐atmosphère. Il s’articule autour de deux axes de recherche qui seront mis en oeuvre dans une gamme de situations d’écosystèmes contrastés en termes d’usages et d’occupation (écosystèmes semi‐naturels, agrosystèmes, écosystèmes périurbains et urbains), susceptibles aussi de représenter diverses situations d’exposition pour l’homme. Le premier axe cherchera via l’observation in natura à lever un premier verrou qui est le manque de connaissances et d’inventaires des émissions d’aérosols biogéniques par les sols selon leurs usages et degré d’artificialisation. Ce volet contribuera à standardiser la métrologie des émissions, à améliorer les inventaires d’émissions et débouchera sur le développement de modèles et de références d’émissions représentatifs des contextes d’occupation des sols étudiés en région tempérée atlantique de l’Ouest de la France. Le second axe cherchera, à partir d’approche expérimentales permettant la manipulation soit du sol soit des communautés microbiennes du sol, à comprendre les mécanismes d'émissions. On s’intéressera à identifier les déterminants environnementaux, qu’ils soient physique ou biologiques, impliquées dans l’aérosolisation et la régulation des flux d’aérosols. Dans sa globalité, en contribuant à la surveillance environnementale et en cherchant à expliciter les mécanismes de coémissions, il contribuera à répondre à deux priorités affichées par l’ADEME relatives à la « Ville et les territoires durables » et à l’évaluation des « pollutions extérieures ». Approches méthodologique et technique envisagées Ce projet de thèse s’inscrit fondamentalement dans un cadre interdisciplinaire, mobilisant des compétences de la physique moléculaire, de la microbiologie, de l’écologie des flux et de l’agronomie. Le projet intègrera à la fois du monitoring de gaz sur le terrain, de l’expérimentation par traçage isotopique sur des systèmes sol manipulés et des analyses chimiques et génomiques à l’échelle moléculaire sur des échantillons de sol. Les observations de terrain bénéficieront des dispositifs labellisés Allenvi gérés par l’INRA (SOERE‐PRO EFELE) et le CNRS (Zone‐Atelier Armorique et réseau national des ZA). Le projet bénéficiera de l’accès à l’ensemble des plateformes analytiques de l’OSUR (Pôle gaz, écologie expérimentale, écologie moléculaire, analyses chimiques, services informatiques et traitements des données). La quantification des aérosols microbiens et des COVs émis se fera à partir de techniques d’échantillonnage dédiées (impacteurs) et de techniques analytiques chromatographiques qui seront complétées par de la spectrométrie de masse à transfert de proton ainsi qu'à de la spectroscopie EA‐IR. La biodiversité microbienne des sols impliquée dans ces coémissions sera analysée à l'aide des outils moléculaires de la génomique environnementale et, l’isotopie stable du C (13C) sera utilisée aussi pour tracer les flux émis du sol vers l’air et identifier les acteurs microbiens de ces flux (extraction ARN/ADN, RT‐qPCR, séquençage illumina, Stable Isotope Probing basé sur l’ARN (SIP13ARN). Compétences scientifiques et techniques requises pour le candidat Le/la candidat(e) devra être titulaire d’un master 2 recherche (au 30 Juin 2018) en écologie ou en sciences de l’environnement et agronomiques pour pouvoir s’inscrire à l’école doctorale EGAAL de l’université de Rennes1 et devra être identifiée auprès de l’ADEME (site http://theseademe.net). La personne devra avoir une formation en sciences de l’environnement et d’écologie fonctionnelle (écologie des flux). Elle devra faire preuve de compétences générales en sciences du sol (physico‐chime) et être sensibilisée à l’écologie et la microbiologie du sol. Des connaissances, soit des méthodes d'analyse spectroscopique et chromatographique (GC‐MS, Spectrométrie de masse et spectroscopie infrarouge) en phase gazeuse, soit de génomique environnementale, seront appréciées. Le projet requiert un goût prononcé pour l’observation in natura et la collecte de jeu de données en masse. Aussi, des connaissances en modélisation ou un intérêt pour le traitement de jeu de données massiques serait un atout. Enfin, seront aussi recherchées des qualités comme l’autonomie à développer un projet, des capacités de travail en équipe et des capacités de communication écrites et orales en anglais. La fiche descriptive de l’offre est disponible ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 01/02/2018

PhD on Plant roots interacting with mechanical obstacles - OT71

Description of the PhD project Background: The interaction between plant roots and soils is a broad issue involving many communities from agronomy, soil science, biophysics to civil engineering and geophysics. Under non-stressful biological and chemical conditions, the root growth trajectory highly depends on the mechanical strength of the soil and on the presence of obstacles at the root scale. Then root apices must exert a growth pressure to overcome the resistance to deformation of the surrounding soil or reorient their growth to skirt around obstacles by mechanisms like buckling or active differential growth. The presence of zones of high mechanical resistance is one of the most common physical limitations to soil exploration by roots, which has direct impacts on yield crops in agriculture. In homogeneous soils, increase in soil strength is known to reduce root elongation and alter root diameters as well as the average number of lateral roots that stem from primary axes. However in heterogeneous soils like granular soils, the detailed mechanisms of root growth interacting with an assembly of aggregates and pores are not known and are related to very lively research areas like mechano-sensing and morphogenesis under mechanical stresses. Objective: The main objective of our research is to understand the mechanical feedback between a slender growing object like a plant root and the reorganizations of the grains and pores of the soil matrix. During this PhD, we propose to study the response in growth and morphology of a plant root apex interacting with its mechanical environment: i) with an individual obstacle, ii) with a collection of fixed posts or iii) with an assembly of mobile grains. Research program: The complexity of the root-soil interaction will be first reduced to the elementary event (i) of a root apex encountering a single mechanical obstacle of adjustable stiffness like an elastic membrane. This system will be used to mimic the interaction of the root apex with a deformable aggregate in the soil. It will also provide a way to measure the forces exerted by the growing root and further, to control them by means of a retroaction. In a second approach (ii), posts of different shapes in random or regular networks with various spacings will be used to trigger the reorientation of root growth if not stopped. The rigidities of the posts as well as the geometry of the network will be controlled by techniques of 3D printing and microfluidics. By time-lapse photography and image analysis, the pattern of growth will provide information about the competing mechanisms of root growth reorientation due to the presence of obstacle (like thigmotropism or buckling) or due to gravitropism. In a third approach (iii), the root will grow inside a granular medium with various packing fractions. The root trajectory and changes in the growth process will be coupled to the amplitudes and extent of grain reorganizations for characterizing and modeling the root-soil feedback.

Expected Profile of the candidate

The project is suitable for a candidate with training in physics or related discipline. The candidate should have a strong interest in interdisciplinary research and application of physics to biological systems. The project is particularly well suited to a candidate with experimental skills in soft matter physics. The successful candidate will develop new experimental setups to study the mechanical interactions between plant roots and its environment. Experience with imaging and automation for time-lapse photography, image analysis, programming and computer control of instruments is desirable.

Research unit

Laboratory: UMR7636 - Physics & Mechanics of Heterogeneous Media

Description of the research Unit/subunit:

The theme “Bio-mechanics and plant root growth” is a part of the Research group “Mechanics and Statistical Physics” inside the laboratory PMMH of the ESPCI. The PMMH laboratory is composed of many experimental teams working in close and active connection on subjects such as hydrodynamics, soft matter, biomechanics, biomimetism, granular materials and mechanical physics of beams and plates. The PMMH laboratory frequently interacts with colleagues from the SIMM laboratory of the ESPCI who are specialists of the mechanics of contacts between soft objects. The ESPCI also benefits from the neighborhood of the Institut Pierre Gilles de Gennes (IPGG), where all the facilities exist for developing micro-fluidic devices. Name of the supervisor Evelyne Kolb Application The dead line for the application is 28th February. Application and more information at https://www.jobbnorge.no/en/available-jobs/job/147403/postdoc-position-on-n2o-emissions-from-crop-residues-refno-18-00743 For further enquiries contact marina.bleken@nmbu.no :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 11/01/2018

Sujet de thèse érosion N - OT70

A PhD position is available within the FORSEDCO project « The significance of particulate nitrogen erosion for N availability in tropical forests in the Congo Basin ». This is a collaborative project between the Georges Lemaître Center for Earth & Climate Research (Prof K. Van Oost, UCL ), ISOFYS (Prof P Boeckx, UGent) and partners from the DRC (Universities of Bukavu, Lubumbashi and Kisangani). The PhD project will study the factors controlling PON erosion from tropical forests in the Congo basin, a largely understudied region, and its significance for forest nutrient availability. To this end, first-order catchments in the three main forests types covering the headwaters of the Congo basin will be monitored to investigate the significance of PON as a loss vector in relation to the geomorphic setting, climate, soils and vegetation characteristics. By combing this with insights derived from stable isotope data and models, this project will quantify the significance of geomorphology to influence N availability in eroding tropical forests. We welcome applications from motivated, curious students with experience in ecological research. Ideal candidates will have a Msc in geography, environmental science, or a related field; a strong quantitative and statistical background; the ability to work in remote field settings and interact with local researchers and communities (in French); and interest in geomorphology and forest ecology in tropical regions. The position involves a 4 year PhD program at the UCL and is available from February 2018. The position will remain open until a suitable candidate is found. Applications should include a letter of motivation, a detailed CV and the names and addresses of three referees. Contact for more information :   Kristof Van Oost FNRS Senior Research Associate Georges Lemaître center for Earth & Climate Research, UCL kristof.vanoost@uclouvain.be :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 11/01/2018

PhD student in the research education subject: Soil Science - Combining data from sensors and soil analyses in smart decision support systems for crop production – OT69

Open as PDF Over the coming decades sustainable intensification is a prerequisite for increased food production and food security, it is expected that decision support systems (DSS) based on geodatabases and sensors will play a central role. Recently developed DSS such as CropSAT.se (based on satellite data), Markdata.se (based on a soil database), and Solvi.nu (based on data from drones) are now widely adopted in Swedish crop production. Supply of correct, timely and detailed data to such DSS is imperative, and it requires efficient integration of data from soil surveys, remote sensing and proximal measurements. In this project you will examine possibilities to combine such data to generate reference maps, which subsequently can be used in assessments of crop status and requirements at a high spatial resolution. The project is part of a newly formed research programme: Laboratory for intelligent agricultural decision support systems (LADS) aiming at development of efficient decision support for the future agriculture. Qualifications We are seeking a highly motivated and enthusiastic candidate with a bachelor or master’s degree in soil science, or in a field judged equivalent. The candidate must be interested in crop production both from a practical and scientific perspective. It is important with an interest in data management and new technology. Experience in geographic information systems, remote sensing, statistics, programming, and the R package is an advantage. Proficiency in English is a requirement. High weight is given to personal abilities such as capability of working both independently and in collaboration within groups. Forms for funding or employment Employment as PhD student (2 or 4 years education) More information here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 11/01/2018

PhD student in the research education subject: Soil Science - Crop production recommendations for precision agriculture from smart decision support systems - OT68

Open as PDF Over the coming decades sustainable intensification is a prerequisite for increased food production and food security, it is expected that decision support systems (DSS) based on geodatabases and sensors will play a central role. Recently developed DSS such as CropSAT.se (based on satellite data), Markdata.se (based on a soil database), and Solvi.nu (based on data from drones) are now widely adopted in Swedish crop production. Currently, advice and recommendations to Swedish farmers are based on traditional field trials. In order to take full advantage of new technology for precision agriculture in crop prodution, it is necessary to combine knowledge from trials with spatial data in geodatabases or from remote or proximal sensing, and transform this into spatially explicit management recommendations. In this project we will focus on methods and strategies to derive recommendation maps by integrating available data with known biological relationships, for example to optimize nitrogen rates across agricultural fields, in order to reach qualitative and quantitative production goals. The project is part of a newly formed research programme: Laboratory for intelligent agricultural decision support systems (LADS) aiming at development of efficient decision support for the future agriculture. Qualifications We are seeking a highly motivated and enthusiastic candidate with a bachelor or master’s degree in soil science, or in a field judged equivalent. The candidate must be interested in crop production both from a practical and scientific perspective. It is important with an interest in data management and new technology. Experience in geographic information systems, remote sensing, statistics, programming, and the R package is an advantage. Proficiency in English is a requirement. High weight is given to personal abilities such as capability of working both independently and in collaboration within groups. Forms for funding or employment Employment as PhD student (2 or 4 years education) More information here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 11/01/2018

PhD student in the research education subject: Soil Science, oriented to plant nutrition - Improved fertilisation effect of manure with different treatments - OT67

Open as PDF Improved plant nutrient efficiency in agriculture is a key issue for a sustainable food security. The nutrient utilization is particularly low in manure fed cropping systems and has a large potential for improvement which would result in lower dependency of fertilizers produced from fossil resources, and less leakage of nutrients to the environment. Cattle slurry is typically an example of manure with very low fertilization effect compared to its nutrient content. This can partly be explained by high carbon content, promoting microbial immobilization and partly by often high ammonia emissions. By processing the manure in different ways, there are possibilities to change the composition and properties of the manure so that the risk of its unwanted effects is significantly reduced. This project will study how biological and chemical processes after slurry application are affected by different slurry treatments such as anaerobic digestion, slurry separation and acidification and how combinations of treatments together with improved application technology can improve the nitrogen fertilization effect. The project will combine laboratory experiments with field trials and studies of systems at farms. The effect of different tools and the combination of them on nitrogen efficiency will be studied at farm and field level for different crops. Qualifications We are looking for a very motivated and enthusiastic candidate with a master degree in agronomy, soil science or similar. You should be interested in agriculture both from a practical and scientific standpoint. Drivers licence for car is mandatory. Good knowledge in chemistry and microbiology is meriting and in English mandatory. Personal skills, such as ability to work independently as well as in groups is highly valued. Forms for funding or employment Employment as PhD student (2 or 4 years education) More information here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 24/12/2017

PhD - Utilising Fourier-Transform Infrared (FTIR) Spectroscopy for the Characterisation of Intertidal Sediments - OT66

Project Description Background Intertidal sediments are physically and biologically dynamic, forming complex ecosystems that are historically attractive to human settlement (Boerema, 2017). Estuaries, for example, provide an extensive range of processes and functions known as ecosystem services. These can be regarded as beneficial, or even essential, to humans (Paterson, 2009). Ecosystem services provided by estuaries include flood mitigation, biodiversity provisioning, fisheries, aquaculture, agriculture, primary production, carbon storage, cultural heritage and recreation. Despite their value, historical and modern detrimental practices by humans have exposed these habitats to “multiple and escalating pressures” (Davis, 2012) resulting in estimated habitat loss faster than tropical rainforest decline (Duarte, 2008). The urgency in addressing estuarine ecosystem management has been renewed under global climate change scenarios. This goal can only be supported by the understanding of the ecosystem services delivered by depositional systems and their sediments. This project will develop techniques that can be used in research and industry alike to identify and quantify constituents of intertidal sediments that drive sediment characteristics and behavior that are key to coastal management practices. These include extracellular polymeric substance, mineralogy and organic matter, which can all be characterised using FTIR. Traditional bench-top characterisation of intertidal sediments is labour intensive and costly. The ability to rapidly characterise physical and biological properties of sediments, especially if this can be achieved in-situ, will be a significant contribution to all fields of estuarine and coastal science. The benefit of using spectroscopy for soil monitoring has been widely acknowledged (Nocita, 2015) and it has been used at the JHI to characterise chemical and physical properties and organic matter in soils and suspended sediments (Stutter, 2007; Artz, 2008; Robertson, 2015). Aims/Objectives The primary aim of the project is to develop a novel monitoring tool for intertidal and coastal sediments. New techniques allowing for the rapid and reliable in-situ collection of spectra from sediments using portable FTIR technology will be developed. The ultimate aim of the project will be to develop and employ this new methodology to improve monitoring capabilities for one or more aspects of coastal management. Methods/Approach Previous collaboration between the James Hutton Institute and the Sediment Ecology Research Group has produced a large archive of sediments that have been characterized using traditional benchtop techniques (Wyness, 2017) that can be used for training, calibration and method development. The majority of the work will be undertaken at the Institute, where the benchtop FTIR is situated and the student can integrate with others in the IR section of the analytical group. The infrastructure and support is in place at the University of St Andrews for the sampling of intertidal sediments and performing traditional benchtop analyses. Initially, methods will be optimised on benchtop FTIR equipment, followed by calibration of predictive models for the characterisation and quantification of key sediment constituents using traditional analyses. In-situ techniques using the portable FTIR will be developed and used to explore their use in intertidal and coastal sediments. Project Outline for 1-4 months: A literature search will be conducted to review the status of FTIR characterisation of soils and sediments. Recent developments in FTIR technology have resulted in an influx of research articles, where FTIR spectra have been unintentionally misinterpreted, and provides an opportunity for critical review. 5-12 months: Novel methodologies for the analysis of fresh and in-situ sediments using the Exoscan Portable FTIR (Agilent) will be developed. Initially, the suitability of the two approaches for FTIR analysis (Attenuated Total Reflectance and Diffuse Reflectance) will be compared for the characterisation of intertidal sediments. This will be followed by the optimisation of measurement parameters to overcome challenges of in-situ sediment analysis identified during preliminary work. These challenges include distortion of spectra by variation in particle size and water content of intertidal sediments. 12-18 months: Spectral analysis software will be used to calibrate predictive models for the measurement of key sediment constituents. The archive of intertidal sediments will be used for calibration and testing, in addition to the spiking of sediments with known material. 18+ months: With the development of the new techniques, large- scale, high-resolution sampling campaigns will be possible across one or several estuaries. Student Input: The student will be encouraged to direct their own research in order to explore the utility of rapid sediment characterisation in relation to ecosystem services. For example, the tracking of sediments prone to biological or chemical contaminants, or characterising organic matter and mineralogy with relation to sediment stability. Funding Notes The studentship is funded under the James Hutton Institute/University Joint PhD programme, in this case with the University of St Andrews. Applicants should have a first-class honours degree in a relevant subject or a 2.1 honours degree plus Masters (or equivalent).Shortlisted candidates will be interviewed in Jan/Feb 2018. A more detailed plan of the studentship is available to candidates upon application. Funding is available for European applications, but Worldwide applicants who possess suitable self-funding are also invited to apply References Artz, R. R. E. et al. (2008) FTIR spectroscopy can predict organic matter quality in regenerating cutover peatlands.. Soil Biology and Biochemistry, Elsevier, 2008, 40 (2), pp.515-527. Boerema, A., Meire, P. (2017) Management for estuarine ecosystem services: A review, Ecological Engineering, Volume 98, Pages 172-182 Davis, J., Kidd, I. M. (2012). Identifying Major Stressors: The Essential Precursor to Restoring Cultural Ecosystem Services in a Degraded Estuary. Estuaries and Coasts 35:4, pages. 1007-1017 Duarte, C. M. et al. 2008) The Charisma of Coastal Ecosystems: Addressing the Imbalance. Estuaries and Coasts 31:2. P233-238 Nocita, M. et al. (2015) Soil spectroscopy: an alternative to wet chemistry for soil monitoring., Advances in Agronomy, 132, 139-159. More informatioon and application here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 13/12/2017

Offre thèse CIFRE - Simulation de la Symbiose Territoriale pour favoriser l’économie circulaire : Cas des symbioses industrielles mises en œuvre pour le recyclage territorial des déchets organiques – OT65

  Cette thèse s'inscrit dans le cadre d’un partenariat entre Veolia Recherche et Innovation, le CIRAD (Recyclage & Risques) à Montpellier et l’Ecole des Mines d’Alès (Laboratoire de Génie de l’Environnement Industrie). Veolia Recherche et Innovation recrute un(e) doctorant(e). Veolia est le leader mondial des services à l’environnement. Présent sur les cinq continents avec plus de 160 000 collaborateurs, Veolia conçoit et déploie des solutions pour la gestion de l’eau, des déchets, et la gestion énergétique, participant ainsi au développement durable et à la compétitivité de ses clients. Veolia accompagne ainsi les industriels, les villes et leurs habitants, dans l’usage optimisé des ressources, afin d’en augmenter l’efficacité économique, environnementale et sociale. Grâce à ces trois cœurs de métiers complémentaires et synergiques, Veolia contribue à développer l’accès aux ressources ainsi qu’à leur préservation et leur renouvellement. Veolia Recherche et Innovation (VERI), basé en région parisienne, coordonne l’ensemble des programmes de recherche qui s’organisent autour des objectifs du développement durable et des trois métiers du groupe Veolia. Description du sujet de thèse: L’objectif de la thèse est de développer une démarche permettant une valorisation optimale sur un territoire de gisements de déchets organiques. Cette valorisation s'intègre dans le territoire depuis la collecte, en passant par le procédé de traitement ou de valorisation, jusqu’au retour au sol. Cette intégration doit se faire sur la base de l'utilité, de la disponibilité et de la performance agricole des résidus organiques produits. Concept de l’économie circulaire, la Symbiose Industrielle (SI) vise à accroître l’efficience matérielle de systèmes ou de réseaux d’activités par le biais d’échanges entre ses composantes. La SI servira de cadre conceptuel au travail de thèse pour indiquer aux acteurs du territoire les bénéfices potentiels d’une intégration entre gisements de déchets organiques, afin d’initier la conception de cette symbiose. Les bénéfices potentiels seront déterminés grâce à la simulation de scénarios, pertinents d’un point de vue technique, pour un territoire donné. La restitution de ces simulations s’appuiera entre autre sur des indicateurs (e.g. des services écosystémiques rendus et de l’empreinte environnementale). La démarche s’appuie sur la formalisation par la recherche d’une promesse plausible fondée sur ce potentiel d’action et ses bénéfices (à la fois sur l’efficacité de filière et les aspects environnementaux). Cependant, le degré de formalisation approprié d’une telle promesse est inconnu. Il s’agit-là d’un compromis à raisonner : d’une part ce degré doit être suffisamment élevé pour permettre un processus de co-construction efficace respectant les contraintes et attentes temporelles des acteurs, un élément clé pour l’adhésion des acteurs au processus, tandis qu’une formalisation trop aboutie risque de constituer un frein à cette participation. Comment développer une "promesse agro-environnementale et technique plausible" des potentialités de SI territoriales, en mobilisant l’agronomie, les sciences de l’environnement et le génie des procédés ? Cette question, portée par une recherche-action, constitue un enjeu notable pour le lien entre science et société dans ce domaine. La thèse s’appuiera sur des situations concrètes de symbiose industrielle, fournies par deux projets de recherche. Profil recherché :
  • Diplôme Bac+5 minimum en Agronomie et/ou Sciences de l’Environnement avec des compétences en modélisation systémique
  • Formation Ingénieur ou Universitaire
  • Intérêt pour le domaine de l’économie circulaire et les approches territoriales et participatives
  • Excellente communication : projet avec des partenaires localisés sur différents sites
  • Anglais requis : rédaction d’articles et présentations en congrès
  • la connaissance du langage de programmation Java et une expérience en matière de démarches participatives sont appréciées
Qualités requises : Organisé(e), rigoureux(se), autonome, curieux(se), motivé(e) pour développer et acquérir des compétences multidisciplinaires. Lieux : La thèse se déroulera principalement au CIRAD (Montpellier) avec de fortes interactions et des périodes chez Veolia Recherche & Innovation (Région Parisienne) Date limite de candidature : 28 février 2018 Contacts : envoyer vos CV et lettre de motivation à tom.wassenaar@cirad.fr et marie-pierre.jaffrezic@veolia.com La fiche descriptive de l'offre est disponible ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 24/10/2017

PhD position Soil Structure Quantification – OT64

We are seeking for a PhD candidate in the frame of a common project involving the Faculty of applied sciences and Gembloux Agro-Bio Tech (ULiège). The project is about the quantification of soil structure evolution during drying and its impact on fluids transport. Clay soils are of interest regarding their properties in the tightening the nuclear waste storages. Loamy soils are of interest regarding their hydrodynamic behavior and the understanding of preferential flows. The PhD candidate will work in close collaboration with a post-doc researcher already involved in the project. He/She will be in charge of the laboratory trials (soil physics, Μct and controlled drying) while the post-doc researcher is developing the modelling of the processes. The PhD position is funded for 1 year with the possibility to obtain complementary funding for three years after evaluation. For any question regarding theposition, contact Aurore Degré (aurore.degre@ulg.ac.be) or Robert Charlier (robert.charlier@ulg.ac.be). Application consist in a resume and motivation letter. They are expected before November 6 and have to be sent to Aurore Degré. The PDF  version is available here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 24/10/2017

ULiège is RECRUITING a PhD candidate for the project “CHAR”: « Century-old CHARcoal kiln sites as an experimental site for assessing long term iochar effects on agronomical and environmental performance of agricultural soils » - OT63

Within University of Liège (Belgium), we are looking for a highly motivated candidate to take up a PhD position. The position is available within the collaborative project CHAR between three faculties of ULiège: Gembloux Agro-Bio Tech, Sciences, and Engineering, and in close collaboration with the Centre for Environmental Sciences (Earth and Life Institute; UCLouvain). The PhD position isfully funded for 4 years, starting on 1st November 2017. The project focusses on the responses of cropping systems to the variations of pedological and hydraulic soil properties induced by charcoal accumulation over more than 150 years. The system is analogue to biochar (a carbon rich solid phase produced by pyrolysis) accumulation, a soil amendment whose long-term impacts on the soil-plant system are yet to be investigated. The selected PhD candidate will work together with two other PhD students on the same calibration field close to Gembloux with different techniques in which we will target multiple charcoal-enriched soil spots and their adjacent reference soils. As such, we will be able to study the long-term response of the soil-plant system to charcoal enrichment. This specific call is for a doctoral research in spatial modeling of weeds and crop growth in century-old charcoal kiln sites with integration of high and very high resolution remote sensing. It will be supervised by Pr B. Tychon, in Arlon Campus. Requested Profile: MSc degree or equivalent in agronomy, geography, environmental sciences or related discipline. A strong background in modeling and remote sensing is an asset. General requirements:
  • English language proficiency;
  • Team player and field work
  • Written and oral communication skills
Interested candidates should send a CV, a motivation letter and the names and addresses of three referees before 27th of October by e-mail to Bernard Tychon (bernard.tychon@ulg.ac.be), PhD supervisor, and Jean-Thomas Cornelis (jtcornelis@ulg.ac.be), the project coordinator. Feel free to contact us (jtcornelis@ulg.ac.be, Bernard.Tychon@ulg.ac.be) for specific questions prior to submitting your application. For more information on the University, follow this link: https://www.ulg.ac.be/cms/a_16380/en/campus-student-life For more information on the research team where you will make your thesis see this link: http://www.eed.ulg.ac.be/ The PDF  version is available here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 13/08/2017

Offre d'allocation de thèse – OT62

TITRE : Rôle de la diversité des micro-organismes sur le fonctionnement des tourbières dans un contexte de changement climatique. RESUME : Les  tourbières  sont  des  écosystèmes  naturels  singuliers  dont  le  fonctionnement  est  susceptible  d’être  impacté  par  les effets  du  changement  global.  Or  elles  constituent  l’un  des  stocks  de  carbone  les  plus  importants  de  la planète dont  la transformation pourrait par rétroaction positive aggraver l’ampleur du changement climatique. Bien que l’étude de la diversité des micro-organismes dans les tourbières soit l’objet d’un intérêt croissant, les processus maintenant  cette  diversité  et  son  rôle  dans  le  fonctionnement  et  la  stabilité  des  tourbières  reste  à  ce  jour  très  peu explorés. Ce manque de connaissances est encore plus important si l’on considère l’interaction entre effet de la diversité et effets du changement climatique. Parce que le fonctionnement de ces zones humides est intimement lié aux conditions climatiques,  il  apparait  donc  primordial  de  s’intéresser  à  l’incidence  qu’exercent  les  communautés  de  micro-organismes (procaryotes  et  eucaryotes)  sur  la  dynamique  de  la  matière  organique  et  sur  la  mobilisation  des  métaux et  leur transformation.  Cette  meilleure  compréhension  réside  principalement  dans  notre  capacité  à  mieux  caractériser  les communautés  de  micro-organismes  à  la  fois  au  niveau taxonomique  et  fonctionnel  et  d’identifier  les  variables  physicochimiques et environnementales responsables de la variabilité spatio-temporelle de la composition de ces communautés. Le sujet de thèse a pour but dans un premier temps de participer à la génération de ces données et particulièrement celles relatives aux communautés microbiennes, la caractérisation biogéochimique de leur environnement ainsi  qu’un suivi des flux de carbone, méthane et de certains élément traces dans l’espace et dans le temps. Dans un deuxième temps, il s’agira d’intégrer dans un modèle statistique global les données collectées lors de la thèse à des données spatiales et climatiques (données  fournies  par  les  partenaires  du  projet  POCTEFA-REPLIM)  pour  mettre  en  évidence  comment  ces  différents compartiments interagissent entre eux. Cette étude s’appuiera sur les compétences en écologie microbienne et en géochimie des équipes de l’IPREM. Elle se situe dans le contexte thématique du pôle « Chimie et microbiologie de l’environnement » de l’IPREM. Mots clés : Communautés microbiennes – flux biogéochimiques – interactions biotiques – métagénomique ciblée et non ciblée – statistiques inférentielles – biogéographie CONDITIONS D’EXERCICE Laboratoire : UMR 5254 CNRS-UPPA, Institut des Sciences Analytiques et de Physico-Chimie pour l’Environnement et les Matériaux (IPREM) Site web : www.iprem.univ-pau.fr Directeurs de thèse : Lieu : IBEAS – Campus universitaire, Av de l’université –  BP 1155 – F64013 Pau Date début : Octobre/Novembre 2017 Durée : 3 ans Employeur : Université de Pau et des Pays de l’Adour (UPPA) Salaire mensuel brut : 1685 € COMPETENCES REQUISES Microbiologie de l’environnement, écologie microbienne, statistiques, analyses de données NGS, biogéochimie. CRITÈRES D’ÉVALUATION DE LA CANDIDATURE Traitement du dossier : Jury de sélection Les candidats seront sélectionnés d’abord sur dossier. Un entretien sera organisé après la première phase de sélection du dossier de candidature.
  • Adéquation entre le diplôme de Master (ou équivalents) et le sujet de thèse
  • Notes et classements en Master, et régularité dans le cursus universitaire
  • Capacité du candidat à présenter ses travaux
  • Intérêt pour la microbiologie de l’environnement en relation avec les cycles biogéochimiques
  • Intérêt pour les analyses de diversité et la biostastistique.
  • Capacité du candidat à travailler dans un groupe pluridisciplinaire chimie-microbiologie
  • Maîtrise de l’anglais
  • Expériences professionnelles de type stage(s) en laboratoire ou autre ; éventuels travaux de recherche déjà réalisés (rapports, publications).
CONSTITUTION DU DOSSIER DE CANDIDATURE, DATE LIMITEDE DEPOT Envoyer par email un dossier de candidature comprenant :
  • CV
  • Lettre de motivation
  • Relevé de notes et classements en Master
  • Lettres de recommandation
  • Coordonnées des personnes du milieu professionnel (minimum deux) à contacter
Les candidatures seront examinées au fil de l’eau. CONTACT Béatrice Lauga (Beatrice.Lauga@univ-pau.fr) ou François Rigal (Francois.Rigal@univ-pau.fr) Plus d’information dans la fiche descriptive de l’offre. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 13/08/2017

PH.D. POSITION IN HYDROLOGY – OT61

The Environmental Sciences department of the Earth and Life Institute is offering a PhD fellowship for a period of up to 4 years to work on the integration of hydrological connectivity functions at the subgrid scale in distributed hydrological models. Subject: “Improving hydrological models by integrating roughness-related functional connectivity functions at the subgrid scale (ConSUM)” Research project summary Depending on its amplitude and orientation, surface roughness (random roughness, rills, gullies, oriented roughness, ditches) may facilitate or impede water transfers at the watershed scale. However, explicit consideration of surface roughness within a hydrological model is virtually impossible because it would require working at very high resolution (cm-dm) which is too costly in terms of memory and computation time. The objective of this project is to develop and implement effective approaches in hydrological models whereby roughness-related hydrological connectivity is taken into account at the subgrid scale but without having to resort to an explicit description of the spatial heterogeneity of the processes (“Subgrid hydrological connectivity modeling”). The work builds upon the works of Antoine et al. (2009, 2011) and Peñuela et al. (2013, 2015, 2016) regarding the relative surface connection function. The Institution The candidate will be hosted in the Environmental Sciences department of the Earth and Life Institute (ELI) of the Université catholique de Louvain in Louvain-la-Neuve, Belgium (https://uclouvain.be/en/research-institutes/eli). The Environmental sciences section of ELI offers a dynamic, multi-cultural and multi-disciplinary research environment dealing with various topics related to agriculture and the environment (https://uclouvain.be/en/research-institutes/eli/elie). Additional information regarding UCL can be found at http://www.uclouvain.be.  Collaboration with research groups in France or elsewhere will be encouraged. Applications The successful candidate should hold a M.Sc. degree in hydrology, earth or environmental sciences (or related disciplines). Experience with hydrological modelling and an engineering background will be an advantage. The candidate will be attributed a renewable fellowship for an initial duration of 15 months. In addition, he/she will benefit from social security coverage. Candidates should send by August 20, 2017 – preferably by email – a letter of intent, the name and address of 2 referees, a curriculum vitae and a copy of the diploma and grades obtained for their university degrees to: Profs. C. Bielders and M. Javaux (charles.bielders@uclouvain.be) ELI / GERU Université catholique de Louvain Croix du Sud 2, L7.05.02, B-1348 Louvain-la-Neuve, Belgique La fiche descriptive de l’offre est disponible ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 16/06/2017

Offre de thèse de doctorat en agronomie et sciences du sol appliquée au machinisme agricole – Etude des effets du régime de fonctionnement des machines agricoles et des techniques culturales sur le tassement du sol et de ses conséquences sur les propriétés hydrodynamiques du sol et le fonctionnement de l’agroécosystème – OT60

Eléments de description du projet Le tassement du sol représenterait le processus majeur de dégradation physique des sols (33 millions d’hectares en Europe, soit 4 % des terres, source GIS SOL) provoquant une baisse de la productivité des cultures, l’augmentation du risque de l’érosion des sols (Chan et al. 2006). Il a été identifié, par la commission d’agriculture du parlement européen, comme une des principales menaces auxquels les sols européens sont exposés (Berge et al. 2017). Le tassement du sol résulte d’une réorganisation de ses constituants solides suite à l’application d’une pression dont l’effet se propage surtout en profondeur. L’arrangement spatial, la taille, la forme, et l’état interne des agrégats sont modifiés en conduisant à la réduction partielle ou totale de la porosité intra et/ou inter agrégats qui se traduit par une augmentation de la densité du sol (Hamza et Anderson 2005, Batey 2009). Les effets du tassement sur les propriétés physiques du sol (i.e. porosité, densité apparente) ont un impact sur les propriétés hydrodynamiques du sol(e.g. conductivité hydraulique, rétention de l’eau) et donc sur la réserve et l’infiltration de l’eau dans le sol (e.g. réduction de l’infiltration) (Strudley et al. 2008) avec des conséquences sur le fonctionnement de l’agroécosystème (e.g. diminution du développement des plantes, de la pénétration des racines, de la prise des nutriments et de l’eau par les plantes, et des rendements) (Hamza et Anderson 2005)). Deux types de tassement des sols agricoles peuvent être distingués, le tassement induit par le passage de machines agricoles (en anglais, traffic-induced compaction) (e.g. le compactage du sol sous le passage de roues) et le tassement induit par les techniques de travail du sol (en anglais, tillage-induced compaction) (e.g. la semelle de labour). Dans les deux cas, les principaux facteurs influençant le tassement sont : les propriétés du sol (e.g. la teneur en eau, la texture et la structure, et la teneur en matière organique), les caractéristiques des machines (e.g. poids, dimensions et nombre des pneus), et le régime de fonctionnement des machines (e.g. vitesse de conduite, pression des pneus) (Nawaz et al 2013). Le tassement du sol se voit aujourd’hui favorisé par la mécanisation agricole avec l’utilisation de machines agricoles de plus en plus lourdes et la mise en place de systèmes de cultures nécessitant des récoltes et épandages pendant la saison humide (Batey 2009, Schjønning et al. 2016). Il s’avère nécessaire de proposer et d’évaluer des systèmes de culture minimisant le tassement des sols et ses conséquences sur l’agroécosystème. Malgré les nombreuses études conduites sur la thématique du tassement des sols agricoles, certains points restent à préciser. Par exemple, d’une part Nawaz et al. (2013) ont identifié l’urgence de réaliser des études transdisciplinaires sur les divers effets du tassement des sols dans les différents compartiments du sol (i.e. physique, biologique et chimique). D’autre part, Strudley et al. (2008) ont identifié la nécessité de quantifier les interactions entre des processus (e.g. travail du sol et tassement) dans le temps et dans l’espace. Dans ce contexte, le projet de thèse proposé vise à étudier les effets des interactions entre le régime de fonctionnement des machines agricoles (i.e., vitesse de conduite, pression des pneus,…) et les techniques culturales (travail du sol, apports de matière organique et type de couverts) sur le tassement du sol et ses conséquences sur les propriétés hydrodynamiques du sol et sur le fonctionnement de l’agroécosystème. Il a pour objectifs d’examiner :
  1. l’effet de la pression de contact au sol (i.e., charge à l’essieu divisée par la surface de contact entre les pneus et le sol) modulée par un gradient de vitesse, de puissance du tracteur et par des caractéristiques pneumatiques (e.g., pression des pneus) sur les propriétés physiques (densité apparente, résistance à la pénétration) et hydrodynamiques (conductivité hydraulique, rétention en eau) du sol ;
  2. l’effet des techniques du travail du sol, des amendements organiques et de la composition des couverts (i.e. des cultures intermédiaires et couverts permanents) sur les propriétés physiques et hydrodynamiques des sols affectés par le tassement du sol et ses conséquences sur le fonctionnement de l’agroécosystème (développement racinaire, productivité de biomasse, respiration du sol, rendement) et de la qualité de la récolte.
Deux approches seront réalisées :
  • La première sera menée au sein d’un réseau de parcelles présentant deux grands types de sols cultivés et des pratiques contrastées (i.e., labour, travail du sol superficiel et absence de travail du sol avec et sans couvert permanent) afin d’examiner les effets du régime de fonctionnement, du type de sol et des pratiques culturales sur les propriétés physiques des sols (le fonctionnement de l’agroécosystème n’est pas intégré étant donné que d’autres pratiques (e.g. la fertilisation minérale) impactant la productivité des cultures seront variables entre les parcelles).
  • La deuxième aura lieu au sein d’un dispositif expérimental de l’exploitation agricole UniLaSalle où les modalités de travail du sol (labour ou travail superficiel du sol et absence de travail du sol) et les types de couverts (intermédiaires et permanents) sont examinés au sein d’un système de culture blé-orge-colza-maïs-betterave dans un contexte pédologique homogène (Luvisol limoneux). Les effets du régime des machines agricoles et des pratiques culturales sur les propriétés physiques et hydrodynamiques et sur le fonctionnement de l’agroécosystème seront examinés.
Informations Début du projet de thèse : 1er octobre 2017 ; durée du projet : trois ans. Salaire brut mensuel : 1900 euros Ce projet de thèse sera financé par la Chaire Agro-Machinisme et Nouvelles Technologies portée par UniLaSalle (https://blogs.unilasalle.fr/chaire-agro-machinisme-nouvelles-technologies/), dont l’objectif principal est d’appréhender quels seront les agroéquipements nécessaires pour répondre aux enjeux de la durabilité des agrosystèmes. Profil recherché Master 2 ou ingénieur agri ou agro qui s’est initié aux recherches en sciences du sol. Compétences demandées : rigueur, curiosité scientifique, bonne organisation de son temps, mise en place et suivi d’une expérimentation, bon niveau d’anglais écrit et parlé, maîtrise des statistiques appliquées et du logiciel R, permis de conduire exigé. Le dossier de candidature, constitué d’un CV, des relevés de notes de Master ou 4ème et 5èmeannée post-bac ingénieur et d’une lettre de motivation, est à envoyer par email avant le 21 juillet 2017. Unité de recherche L’équipe HydrISE de l’unité AGHYLE de l’institut UniLaSalle s’intéresse au fonctionnement des éco et agrosystème en étudiant les cycles biogéochimiques aux interfaces eau-sol-plante. La thèse sera dirigée par Michel-Pierre Faucon, enseignant-chercheur HDR en sciences végétales et agroécologie et Carolina Ugarte (co-encadrant) enseignant-chercheur en sciences du sol. Un comité composé d’experts en sciences du sol, agronomie et agro-équipement participera au suivi de la thèse. Renseignements La première étape de sélection s’effectuera à partir du dossier. La seconde étape s’effectuera par une une présentation orale synthétique (10 minutes) de la problématique, des objectifs et de la démarche scientifique du projet de thèse. Merci d’envoyer vos dossiers à michel-pierre.faucon@unilasalle.fr et carolina.ugarte@unilasalle.fr Pour plus d’informations veuillez consulter la fiche détaillée de l’offre. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 01/06/2017

Funded PhD Fellowship – Assessment of the impact of management factors on soil denitrifying communities and N emissions (Ref 2017201) – OT59

Context: Increasing food supply whilst simultaneously reducing environmental impacts and enhancing resilience to future climate are the key challenges facing agriculture. Nitrous oxide (N2O) emissions comprise over one-third of all agricultural emissions, with the majority arising from livestock production. Current N2O mitigation research attempts to reduce N2O emissions via various means may increase other reactive N losses (from leached N or ammonia volatilisation). Converting excess soil N to N2 (via the process of denitrification and co-denitrification) offers the prospect of diverting excess N away from environmentally damaging N forms (N2O, NH3, NO3-) to environmentally benign N2.  This multidisciplinary research will consist of a dual modelling and measurement approach. A 15N stable isotope tracer approach will be used to quantify N2 fluxes from soil and will be combined with state-of–the-art molecular approaches to assess the structure and activity of soil microbial communities driving denitrification. The PhD objectives are:
  • To identify and quantify the impact of agricultural management on N2 emissions across a range of grassland soils with different denitrification potential
  • To investigate the impact of soil pH control through liming on the N2O: N2 ratio in Irish soils
Within this large multidisciplinary project the candidate will work closely with the NUI Galway soil microbiology PhD student and the project postdoc and technician. In addition research resources in Teagasc, University College Dublin and University of Giessen will be available to the candidate. Requirements: Applications are invited from graduates holding at least a 2.1 class honours degree or M.Sc. in Soil Science, Environmental Chemistry, Environmental Science or related discipline. Prior experience in gaseous emissions from soil would be advantageous. A full driving licence and fluency in English are essential. Supervisors: Prof. Christoph Müller (University College Dublin), Dr Karl Richards and Dr Gary Lanigan (Teagasc Johnstown Castle). Award: Each fellowship provides a stipend of €24,000 from which university fees are paid (currently €6,000 for EU nationals) by the student from the stipend. Further Information/Applications: Contact : Prof. Christoph Mueller (christoph.mueller@ucd.ie) and Dr Karl Richards (karl.richards@teagasc.ie). Submit an electronic copy of your Curriculum Vitae and a letter of interest to both supervisors. Closing date: 20th June 2017 or when the position is filled. The job description can be downloaded here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 01/06/2017

Proposition de contrat doctoral : Rôle des sidérophores bactériens dans les processus biogéochimiques contrôlant la mobilité des métaux dans le sol et leur transfert vers la plante – OT58

Laboratoire : Laboratoire  de  Planétologie  et  Géodynamique  (Nantes-Angers),  UMR  6112 CNRS Durée : 3 ans (bourse Région des Pays de la Loire) Localisation principale du post-doctorant : Nantes Contexte : cette thèse  s’inscrit dans le cadre du projet  régional  POLLUSOLS  (pollution  des sols : de la compréhension à la gestion durable des espaces) Contexte et problématique scientifique La présence de métaux dans les sols et sédiments, lors de pollutions diffuses, pose la question de leur transfert dans l’environnement, des risques de contamination des chaines trophiques et, le cas échéant,  des moyens d’y remédier.  Les transferts de métaux sont contrôlés à la fois  par des  facteurs  abiotiques  (%  d’argile  et  de  matière  organiques,  pH,  Eh,  force  ionique,  etc)  et biotiques,  notamment  la  composante  microbienne  qui  joue  un  rôle  central  dans  la mobilisation/immobilisation des éléments traces dans les matrices poreuses (Gadd 2010). Le projet se focalise sur les complexants d’origine microbienne,  en particulier les sidérophores, pour leurs capacités à modifier la mobilité des métaux dans les  sols (Braud et al.  2009, Cornu et al. 2014, Ferret et al. 2014, Hazotte et al. 2016, Hoegy et al. 2009). Les constantes d’affinité de l’un d’eux, la pyoverdine,  produite par  les bactéries du genre  Pseudomonas, sont connues pour être très élevées pour le Fe(III) (1032M-1, Albrecht-Gary et al. 1994), et non négligeables pour le Cu(II), le Ni(II) et le Pb(II) (Ferret et al. 2014, Cornu et al. 2014, données non publiées pour  le  Pb).  D’autres  sidérophores  plus  couramment  étudiés,  telle  la  desferrioxamine  B(DFOB), présentent également des capacités de complexation intéressantes (Cornu et al. 2017) vis-à-vis des métaux traces. Objectifs et descriptif de la thèse L’objectif  général porte sur la compréhension de  la mobilité  et de la phytodisponibilité  des métaux dans les sols sous l’effet des sidérophores bactériens. Le projet comporte deux volets complémentaires. Formation, compétences et expériences requises :
  • Bac +5 (avec minimum mention Bien  en master).  NB : un bulletin de notes provisoire peut être présenté ;
  • Compétences principales en biogéochimie et pédologie (pollutions inorganiques) ; et si possible en microbiologie (approuvés par des stages significatifs) ;
  • Goût pour la mise au point de systèmes expérimentaux (nécessitant d’être minutieux) ; esprit curieux ;  capacité  à  interagir  avec  plusieurs  laboratoires  et  co -encadrants ; capacités rédactionnelles ;
  • Minutie et rigueur.
Salaire et durée du contrat : 1769 € brut mensuel (environ 1 424 € net). Contrat de 3 ans. Candidature à adresser à : Thierry Lebeau, Professeur LPG-Nantes (thierry.lebeau@univnantes.fr) Date limite pour candidater : 18 juin Auditions : 10 juillet Plus d’informations sur la fiche descriptive de l’offre. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 01/06/2017

SUJET DE THESE TITRE : Les tourbières dans le contexte des changements globaux : rôle des communautés microbiennes dans la transformation de la matière organique et la mobilité des éléments traces – OT57

RESUME : Les tourbières sont des écosystèmes naturels singuliers dont le fonctionnement est susceptible d’être impacté par les effets du changement global. Or elles constituent l’un des stocks de carbone les plus importants de la planète dont la transformation pourrait par rétroaction positive aggraver l’ampleur du changement climatique. Bien que la diversité et les fonctionnalités des communautés microbiennes des tourbières soient l’objet d’un intérêt croissant, le rôle des microorganismes à la fois dans la dynamique de la matière organique et dans la mobilisation et la transformation des métaux reste à ce jour très peu explorés. Parce que le fonctionnement de ces zones humides est intimement lié aux conditions climatiques, il apparait important de s’intéresser à l’incidence qu’exercent les communautés microbiennes sur la dynamique de la matière organique et sur la mobilisation des métaux et leur transformation. Une meilleure compréhension réside principalement dans la capacité à simultanément caractériser les communautés microbiennes à  la fois au niveau taxonomique et au niveau fonctionnel, caractériser la matière organique et les éléments traces  et suivre les flux de carbone et de certains métaux et/ou métalloïdes. Le sujet de  thèse a pour but dans un premier temps de participer à la génération de ces données et particulièrement celles relatives aux communautés microbiennes et aux éléments traces. Dans un deuxième temps il s’agira d’intégrer dans un modèle statistique global les données collectées lors de la thèse (métaux, biodiversité) à des données spatiales et climatiques (données fournies par les partenaires du projet POCTEFA‐REPLIM) pour mettre en évidence comment ces différents compartiments interagissent entre eux. Cette étude s’appuiera sur les compétences en écologie microbienne et en géochimie des équipes de l’IPREM. Elle se situe dans le contexte thématique du pôle «Chimie et microbiologie de l’environnement » de l’IPREM. Mots clés : Communautés microbiennes – flux biogéochimiques – interactions biotiques ‐ métagénomique ciblée et non ciblée – statistiques inférentielles ‐  biogéographie OFFRE D’ALLOCATION DE THESE ÉCOLE DOCTORALE SCIENCES EXACTES ET LEURS APPLICATIONS ED 211  Avenue de l’université BP1155 64013 PAU Cedex – France CONDITIONS D’EXERCICE Laboratoire : UMR 5254 CNRS ‐ UPPA, Institut des Sciences Analytiques et de Physico‐Chimie pour l’Environnement et les Matériaux (IPREM) Site web : www.iprem.univ-pau.fr Directeurs de thèse : Lieu : BEAS – Campus universitaire,  Av de l’université ‐ BP1155 ‐ F64013Pau Date début : Octobre 2017 Durée : 3 ans Employeur : Université de Pau et des Pays de l’Adour (UPPA) Salaire mensuel brut : 1685 € SAVOIR ‐ FAIREDU LABORATOIRE Microbiologie de l’Environnement, Ecologie microbienne, Ecologie numérique, Chimie de l’Environnement, Chimie Analytique, Physico‐Chimie, Spéciation des métaux et métalloïdes, Analyse isotopique des métaux et éléments traces MISSION ‐ ACTIVITES PRINCIPALES Le contexte scientifique : Les tourbières sont des écosystèmes naturels singuliers dont le fonctionnement est impacté par les effets du changement global (réchauffement climatique, changement d’utilisation des terres). Bien que les tourbières ne couvrent que 3% des terres émergées, elles figurent parmi les réservoirs de carbone les plus importants de notre planète (environ 30% du carbone total contenu dans le sol) du fait d’un déséquilibre entrée versus sortie de carbone au niveau du sol. Sous l’effet du réchauffement climatique, l’inversion de ce flux du fait de la décomposition accrue de la matière organique, pourrait renforcer l’impact des gaz à effet de serre et exercer une rétroaction positive notable sur le réchauffement climatique. Bien que des études se soient intéressées à ces processus, notre connaissance sur la  dynamique du carbone dans ces zones humides reste encore parcellaire tout comme celle d’autres éléments majeurs tel que l’azote mais également les métaux et les polluants. Les tourbières sont aussi des écosystèmes emblématiques des Pyrénées. Certaines d’entre elles, les tourbières ombrotrophes (tourbières uniquement alimentées en eau par les précipitations atmosphériques), constituent un patrimoine unique menacé de disparition par l’action du changement climatique et de l’utilisation humaine des espaces naturels (aménagement, élevage, tourisme, …). Renforcer la connaissance et la surveillance de ces écosystèmes naturels sont deux piliers essentiels pour mieux comprendre et évaluer l’impact du changement climatique sur les écosystèmes pyrénéens et, plus globalement, le fonctionnement de ces écosystèmes uniques. Ces objectifs nécessitent d’établir un état de l’art sur les tourbières (flux géochimiques, polluants, inventaire de la biodiversité) afin d’identifier des indicateurs biotiques et abiotiques pertinents du changement climatique. Ils constituent le socle du projet POCTEFA‐REPLIM dans lequel s’inscrit le sujet de thèse. Ainsi le sujet se focalise sur la composante microbienne des tourbières présente soit dans les sols soit associée aux espèces‐ingénieurs de ces écosystèmes (sphaignes) afin de définir leur rôle dans les processus et les flux géochimiques qui s’y déroulent et d’inférer l’effet potentiel du changement climatique. Les collaborations de recherche dans le cadre de la thèse Contexte : Programme européen POCTEFA REPLIM (http://www.ipe.csic.es/replim et https://twitter.com/replimpoctefa). Partenaires : IPREM et UPPA : LCABIE, D. Amouroux (Ecodynamique contaminants et traceurs), PASSAGES‐UPPA, G Deletraz (Système d’Information Géographique) France : ECOLAB‐BIZ‐Toulouse, L. Gandois & G. Le Roux (Cycle du carbone : matières organiques et flux, tourbières) ; Laboratoire GEODE‐Toulouse, D. Galop (Observatoire Homme‐Milieu Pyrénées CNRS INEE, zone atelier). International/Transfrontalier :IPE-CSIC-Zaragoza, B. Valero-Garcés (Changement climatique/géographie) ; IBeA-Université du Pays Basque Bilbao, A. d. Diego, (Chimie environnementale) ; LICA-Université de Navarre-Pamplona, J.M.S. Ulecia & C. Elustondo (Monitoring des polluants, cycle de l’azote, écotoxicologie) ; CEAB-CSIC-Blanés, L. Camarero (Ecologie continentale). CONSTITUTION DU DOSSIER DE CANDIDATURE, DATE LIMITE DE DEPOT Envoyer par email un dossier de candidature comprenant :
  • CV
  • lettre de motivation
  • relevés de notes et classements en Master
  • 2 lettres de recommandation
  • minimum deux coordonnées de personnes du milieu professionnel (responsable de stages) qui pourront être contactées
DATE LIMITE DE DEPOT DU DOSSIER : 9 j uin 2017 DATE DU DEBUT DES AUDITIONS : 19 juin 2017 CONTACT : Béatrice Lauga (Beatrice.Lauga@univ‐pau.fr) ou François Riga (Francois.Rigal@univ‐pau.fr) Plus d’informations dans le descriptif de l’offre. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 01/06/2017

Caractérisation et modélisation de l’empreinte fonctionnelle des lombriciens sur la structuration des sols en contexte non labour – OT56

Mots clés : Lombriciens, structure du sol, modélisation Unité/équipe encadrante : UMR 1069 Agrocampus ouest – INRA Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS) Nom du responsable scientifique : Hallaire Vincent Co-direction : Pérès Guénola Contact : Vincent.Hallaire@inra.fr Contexte socioéconomique et scientifique : Le développement des Techniques culturales de Conservation des (TCS) est un enjeu majeur, agro-environnemental et socioéconomique, en contexte agricole. Elles mettent en œuvre des pratiques innovantes, comme la réduction du travail du sol et la fertilisation organique. Il convient aujourd’hui de mieux comprendre et de modéliser leurs impacts sur le fonctionnement du sol et certains services écosystémiques (préservation de la biodiversité, maintien de la structure des sols, régulation hydrique). Les lombriciens sont reconnus comme ayant un rôle majeur dans les processus de structuration du sol, d’infiltration et l’érosion. Ces impacts définissent “l’empreinte fonctionnelle” des lombriciens ; ils sont conditionnés par les pratiques culturales qui peuvent améliorer ou altérer les communautés lombriciennes et leur comportement fouisseur. Un modèle, “MOSST”, a préalablement été initié pour simuler ces empreintes. Sa mise en œuvre nécessite aujourd’hui l’acquisition de données expérimentales complémentaires et le développement de nouveaux modules pour décrire ces impacts fonctionnels dans un contexte agricole. Dans le cadre d’un projet européen Biodiversa « SoilMan » (2017-2020), nous proposons par cette thèse d’améliorer le modèle existant. Les hypothèses et questions posées La thèse repose sur l’hypothèse générale que les Techniques culturales de Conservation des Sols (TCS), en favorisant la biodiversité et notamment la structure fonctionnelle des communautés lombriciennes, améliorent les services écosystémiques de structuration des sols et de régulation hydrique. Son objectif est de caractériser et modéliser l’empreinte fonctionnelle des lombriciens dans ce contexte de TCS. Elle se décline en 3 questions :
  • Quel est le rôle spécifique des lombriciens (c.a.d des différentes espèces), sur la structuration des sols ?
  • Ce rôle est-il modifié par les pratiques culturales associées aux TCS (travail du sol, fertilisation organique) ?
  • Comment les structures d’origine biologiques (réseaux de galeries, déjections déposées dans le sol ou à la surface du sol) impactent-elles le service de régulation hydrique (flux et qualité) ?
Les grandes étapes de la thèse et démarche La thèse se déroulera en trois étapes : Etape 1: Prise en main du modèle conceptuel de structure du sol MOSST simulant en milieu agricole l’effet des lombriciens sur la structure du sol. Intégration dans ce modèle de modules conceptuels relatifs aux pratiques culturales (type de travail du sol, mode de fertilisation), aux fonctionnements hydriques et à la dynamique saisonnière. Etape 2: Expérimentations, au terrain (sites expérimentaux) et au laboratoire (microcosmes) pour compléter le jeu de données nécessaire à l’amélioration du modèle tant sur volet biologique (rôle des différentes espèces lombriciennes), que sur le volet hydrique (impact des structures biologiques sur la régulation hydrique). Cette phase s’appuiera sur des dispositifs expérimentaux existants, conduits selon différentes pratiques culturales. Etape 3: Paramétrage du nouveau modèle avec les données acquises sur i) le rôle des principales espèces lombriciennes analysées sur la structure du sol et la régulation hydrique, ii) la modulation par les pratiques agricoles (TCS). Analyse de sensibilité. Validation. Approches méthodologiques et techniques envisagées Les approches de terrain s’appuieront sur des dispositifs expérimentaux (INRA, CRAB) et des réseaux de parcelles pour estimer la dynamique des communautés lombriciennes et de certaines propriétés physiques (porosité, conductivité). Au laboratoire (microcosme en chambres climatiques), les structures induites par les lombriciens seront caractérisées par analyse d’image 2D (lames minces) ou 3D (tomographie). Le paramétrage du modèle se fera en utilisant une combinaison de langages (Python et C++) afin de faciliter l’intégration de ce modèle dans des plateformes plus complexes (Sol Virtuel). Compétences scientifiques et techniques requises par le candidat
  • Connaissances en science du sol (physique et biologie du sol)
  • Expérience de modélisation.
Financement : Acquis (Projet Européen Biodiversa – Région Bretagne) La fiche descriptive de l’offre est dispobibe ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 01/06/2017

ULiège is RECRUITING a team of 3 PhD candidates for the project “CHAR”: « Century-old CHARcoal kiln sites as an experimental site for assessing long-term biochar effects on agronomical and environmental performance of agricultural soils » – OT55

Within University of Liège (Belgium), we are looking for 3 highly motivated candidates to take up a PhD position. The positions are available within the collaborative project CHAR between three faculties of ULiège: Gembloux Agro-Bio Tech, Sciences, and Engineering, and in close collaboration with the Centre for Environmental Sciences (Earth and Life Institute; UCLouvain). The PhD positions are fully funded for 4 years, starting on 1st October 2017. The project focusses on the responses of cropping systems to the variations of pedological and hydraulic soil properties induced by charcoal accumulation over more than 150 years. The system is analogue to biochar (a carbon rich solid phase produced by pyrolysis) accumulation, a soil amendment whose long-term impacts on the soil-plant system are yet to be investigated. The three PhD students will work on the same calibration field with different techniques in which we will target multiple charcoal-enriched soil spots and their adjacent reference soils. As such, we will be able to study the long-term response of the soil-plant system to charcoal enrichment. The three PhD topics are:
  1. PhD1will usephysico-chemical analytical techniques to assess how the evolution of soil chemical characteristics control nutrient dynamics in soil-plant systems (supervised by Pr. J-T. Cornelis, in Gembloux Agro-Bio Tech Campus). Profile: A MSc degree or equivalent in soil science or environmental sciences, or related discipline. A strong background in pedology, agronomy and biogeochemistry is an asset.
  2. PhD 2 will use geophysical methods to assess the spatio-temporal patterns of soil hydraulic properties and root water uptake and their relationship to charcoal enrichment (supervised by Prs. F. Nguyen and S. Garré, in Gembloux Agro-Bio Tech Campus). Profile: A MSc degree or equivalent in geophysics, physics, soil or geo science, engineering, or related discipline. A strong background in physics or geophysics, applied mathematics, and numerical methods is an asset
  3. PhD 3 will use modeling an d remote-sensing techniques to assess the impact of charcoal on crop performance (supervised by Pr. B. Tychon, in Arlon Campus). Profile: A MSc degree or equivalent in agronomy, geography, environmental sciences, or related discipline. A strong background in modeling and remote sensing is an asset
General requirements:
  • English language proficiency;
  • Team player and field work
  • Written and oral communication skills
Interested candidates should send a CV, a motivation letter and the names and addresses of three referees before 1st of July by e-mail to Jean-Thomas Cornelis (jtcornelis@ulg.ac.be), mentioning the PhD (#1, 2 and/ or 3) for which he/she is applying. Feel free to contact us (jtcornelis@ulg.ac.be, sarah.garre@ulg.ac.be, F.Nguyen@ulg.ac.be, Bernard.Tychon@ulg.ac.be) for specific questions prior to submitting your application. For more information on the University, follow this link: https://www.ulg.ac.be/cms/a_16380/en/campus-student-life For more information on becoming a PhD student at the ULiège, follow this link: https://www.ulg.ac.be/cms/c_25325/en/doctoral-student The job description document is available here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 19/05/2017

PROPOSITION DE CONTRAT DOCTORAL – Relations matières organiques-détritivores optimisant la fertilité physique, chimique et biologique du sol pour une réhabilitation par intensification écologique des sites délaissés – OT54

École doctorale : Ressources Procédés Produits et Environnement de l’Université de Lorraine (http://rp2e.univ-lorraine.fr). Mots-clefs du projet de recherche doctoral : Ingénierie écologique ; Faune du sol ; Dégradation des matières organiques ; Dynamique d’agrégation des sols ; Cycle des éléments fertilisants et polluants ; Biodiversité fonctionnelle ; Sites délaissés ; Forçage de l’écosystème. Contexte, problématique et travaux prévus pour le projet de recherche doctoral : Sur le territoire français, étalement urbain et mutations économiques entraînent une augmentation continue des  sites dits délaissés. C’est dans ce contexte d’anthropisation croissante, nécessitant la recherche de solutions de réhabilitation de ces sols délaissés que s’inscrit la thèse. Sa spécificité est de s’adosser sur les fondements de l’ingénierie  écologique. En dépit des conditions environnementales particulières des sols de sites délaissés, la biodiversité animale et végétale arrive à s’adapter et à lentement recoloniser ces milieux. Ainsi, dans les sites le plus anciens recolonisés par une végétation diversifiée, on observe que les litières des plantes sont recyclées par des organismes – notamment invertébrés détritivores en relation avec des microorganismes – permettant via leurs déjections d’améliorer la structure et la fertilité du sol. Toutefois, de nombreuses interrogations relatives à ces processus persistent, telles que              :
  • la spécificité de la relation entre nature de la litière et espèce de détritivore
  • la qualité des déjections de chaque espèce de détritivore
  • l’impact direct de ces déjections sur la structure, la fertilité chimique et biologique du sol.
Cette thèse se propose ainsi de mieux comprendre le rôle des détritivores sur la dégradation des matières organiques et la structuration des sols délaissés. L’approche choisie est une étude descriptive et analytique, in situ et in vitro, de trio « matière organique-détritivore-déjections », le long d’un gradient d’ancienneté de sites délaissés (cf. description plus détaillée sur le site de l’école doctorale). L’objectif est de définir des couples matières organiques/invertébrés du sol en tant qu’outil de réhabilitation de ces sites. Laboratoire d’accueil : Laboratoire Sols et Environnement (LSE) UMR 1120 Université de Lorraine-INRA. 2, avenue de la forêt de Haye — BP 20163—54 505 Vandœuvre-lès-Nancy — France Équipe : Pédogenèse et fonctionnement des sols fortement anthropisés http://lse.univ-lorraine.fr Le LSE appartient à l’Observatoire des Sciences de l’Univers OTELo, pôle scientifique géosciences de l’Université de Lorraine (http://otelo.univ-lorraine.fr) et est membre du GISFI,  Groupement d’Intérêt Scientifique sur les Friches Industrielles, http://www.gisfi.fr). Équipe de direction doctorale/personnes à contacter :
  • Directrice doctorale : Françoise WATTEAU – Ingénieure de Recherche CNRS, HDR (watteau@univ-lorraine.fr/ +33 (0)3 72 74 41 24)
  • Co-directrice doctorale : Apolline AUCLERC – Maitre de conférences, UL (auclerc@univ-lorraine.fr / +33(0)3 72 74 41 37)
Conditions : Contrat doctoral de 3 ans du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid20185/le-doctorat.html). La rémunération sera équivalente à celle versée dans le cadre d’une allocation ministère (soit environ 1800 € brut mensuels), les crédits pouvant provenir pro-partie d’une aide régionale. Démarrage du contrat pour le 01/10/2017. Profil souhaité : Nous recherchons une personne de niveau master dans les domaines écologie / sciences du sol / sciences de l’environnement. Le  (la) candidat(e) devra avoir une affinité pour les études de terrain et pour les études contrôlées en laboratoire. En plus de l’expérimentation, il ou  elle devra faire preuve d’intérêt pour les recherches tant fondamentales, i.e. conceptualisation des recherches en vue    de modélisation, qu’appliquées, i.e. contribution à la définition d’outils d’aide à la décision. De bonnes capacités rédactionnelles sont attendues ainsi qu’un bon niveau d’Anglais et une aptitude à travailler en équipe. Curiosité, minutie et sens de l’observation sont vivement souhaités ! Le contrat sera octroyé sous réserve de l’obtention du master 2 ou équivalent au plus tard à la rentrée 2017. Le diplôme doit être obtenu avec   au moins une mention assez bien ou équivalent. Candidature : Merci de déposer votre candidature sur le site de l’école doctorale (http://rp2e.univ-lorraine.fr, onglet proposition de thèses, sujets de thèse MESR, rubrique LSE):
  • CV et lettre de motivation
  • Relevés de notes du M1 et M2 ou des 3 années d’ingénieur avec l’attestation de réussite (si possible)
  • Lettres de recommandation éventuelles
  • Sujet détaillé du stage de dernière année
Le résultat d’admissibilité des dossiers est fixé au 6 juin. Pour  toute  demande de renseignements sur le sujet de recherches et les modalités d’inscription, contacter Françoise Watteau et Apolline Auclerc (coordonnées ci-dessus). La fiche descriptive de l’offre est ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 19/05/2017

Proposition sujet de thèse : Soil Organic Matter in Mountain Environments: storage, reactivity and exportation – OT53

Directeurs de thèse : Y. Perrette; J. Poulenard; L. Cécillon Laboratoires : EDYTEM/IRSTEA GRENOBLE  Contexte scientifique global La matière organique des sols (MOS) est une composante clé des services rendus par les écosystèmes. Il est en effet fondamental de comprendre et in fine modéliser le devenir (stockage, minéralisation) des MOS en relation avec les changements actuelles (climatiques, usage des sols, pratiques agro-sylvicoles) (Schmidt et al. 2011). En effet, à l’échelle globale, l’essentiel du carbone organique des écosystèmes terrestres est situé dans les sols. Or, on sait que des modifications légères des facteurs de forçage peuvent conduire le sol à être soit une source de carbone pour l’atmosphère soit un puits. Cependant, les stocks de MOS et la variabilité de ces stocks sont insuffisamment connus à l’échelle du paysage (Barré et al., 2017)Une meilleure compréhension des mécanismes contrôlant la persistance du carbone dans les sols est nécessaire (Barré et al. 2016 ; Dignac et al., 2017). De la même manière la réactivité des MOS (nature et cinétique de stabilisation ou de minéralisation du carbone organique) face aux changements environnementaux est méconnue (Lehmann and Kleber 2015). Enfin, le régime d’exportation (vertical et horizontal) des MOS que ce soit sous forme dissoute (Dissolved Organic Carbon) ou particulaire (Particulate Organic Carbone) est là encore largement méconnu. Cette méconnaissance conduit à de très sérieux problèmes notamment pour la modélisation climatique (Ciais et al. 2014). Le modèle de dynamique des matières organiques des sols (CENTURY; Parton et al. 1994) utilisé dans la plupart des grands modèles climatiques est incapable de simuler correctement la dynamique et le stockage des MOS (en particulier dans les paysages complexes de montagne). Ce manque de connaissance, des stocks de MOS et des facteurs qui contrôlent réellement à l’échelle du paysage les variations de ce stock, est encore plus problématique pour la réalisation du grand programme international visant à augmenter, en changeant les pratiques agricoles et les usages, les stocks de carbone des sols : l’initiative « 4pour1000 : les sols pour la sécurité alimentaire et le climat ». Cette initiative proposée lors de la COP21 par la France et maintenant signés par 200 organisations (dont 37 pays) vise à augmenter de 4 ‰ par an et pendant 30 ans le stock de carbone dans les sols pour compenser l’augmentation annuelle de CO2 dans l’atmosphère (http://4p1000.org/ ) (Minasny et al. 2017). La matière organique des sols s’est donc inscrite à l’agenda des décideurs politiques à l’échelle du globe (Puig de la Bellacasa 2015). De nombreux programmes de recherche sont en cours ou se lancent pour réduire l’écart entre le niveau de connaissance sur la dynamique des MOS et les engagements de politiques environnementales de séquestration nette de carbone dans les sols pris par la communauté internationale. Comme pour les questions climatiques, une approche rétrospective (paléo-environnements) pourrait contribuer à réduire cet écart. Connaître la manière (rythme, modalité, facteur de forçage) dont les MOS ont évolué au cours du temps en particulier sous l’effet des modifications des climats et des activités anthropiques, pourrait améliorer grandement la compréhension et la modélisation du devenir des MOS. Or, si les archives naturelles (sédiments de lacs, stalagmites) enregistrent bien de la matière organique issue des sols, on est, à l’heure actuelle dans l’incapacité de reconstituer une courbe d’évolution passée des stocks de MOS. Les environnements de montagne présentent dans ce contexte général des spécificités fortes. Les stocks de MOS y sont particulièrement élevés (Egli et al. 2010; Sjögersten et al. 2011; Saenger et al. 2015; Egli and Poulenard 2016). Leur variabilité spatiale est également très forte notamment en lien avec les gradients d’altitudes et d’usages (sylviculture, pastoralisme). Enfin les stocks de MOS dans les sols de montagne sont considérés comme particulièrement vulnérables aux changements actuels de climats et d’usage (Puissant et al. 2017). Projet de thèse L’objectif de cette thèse est d’étudier le stockage de carbone sous forme de MOS dans les sols de montagne des Alpes française. Il vise à définir de nouveaux indicateurs, qui pourront être utilisés pour suivre la dynamique des MOS dans les environnements actuels et passés. Les stocks et les principaux facteurs de forçages qui s’exercent sur ceux-ci seront mesurés en utilisant les gradients de l’Observatoire des Relations Climat-Homme-milieux Agro-sylvo-pastoraux du Massif alPin (ORCHAMP). Il s’agit d’une vingtaine de transects altitudinaux installés dans le cadre de la Zone Atelier Alpes depuis la frontière Suisse, en Haute-savoie jusque dans les Alpes du sud (Parc du Mercantour). Sur ces vingt gradients, un certain nombre de placettes (entre 6 et 8) sont installées à différentes altitudes, sous différents usages, avec différentes végétations. La diversité et le fonctionnement biologique de chaque placette seront étudiés dans le cadre du projet IRS MONTANE par les partenaires académiques (LECA, IRSTEA, CBNA) et locaux (ASTERS, CREA, parcs nationaux et parcs naturel régionaux). Les sols seront étudiés par l’équipe EDYTEM-IRSTEA. Le doctorant aura la responsabilité de l’étude du compartiment organique des sols. Différentes techniques analytiques (pyrolyse Rock-Eval, isotopes stables, spectrométrie infrarouge, fluorimétrie 3D induite par laser) déjà bien maitrisées par l’équipe d’encadrement seront utilisées pour caractériser et quantifier différents pools de MOS au temps de résidence contrastés dans ces sols. Les relations entre les stocks de C, la taille des pools de MOS et leurs caractéristiques chimiques, et les facteurs environnementaux et la multidiversité fonctionnelle (étudiée par nos partenaires du projet) seront établies (Tâche A – Figure 1). Parallèlement à cette approche statique des stocks de matières organiques, le doctorant étudiera les exportations de carbone organique (particulaire et dissous) à l’échelle du paysage en utilisant des dispositifs existants de monitoring (Tâche B – Figure 1). Deux dispositifs seront ici suivis. Le premier, dédié aux systèmes montagnards, est installé dans le massif des Bauges. Il s’agit de suivre les régimes d’exportations du carbone organique dissous dans le massif karstique Revard-Feclaz. Une reconstitution paléo-environnementale de l’évolution des stocks de carbone des sols à partir de l’étude de stalagmites sera réalisée. Dans le massif des Bauges, un piège à sédiment sera également installé dans le lac de la Thuile. Ce lac, déjà très étudié par notre équipe (Bajard et al., 2016 ; 2017) pourrait permettre une première reconstitution de la dynamique temporelle des stocks MOS sur des temps longs à partir de sédiments de lacs. Pour les étages alpins et subalpins, le doctorant bénéficiera de dispositifs mis en place par notre équipe à la fois autour du Lautaret/Galibier (Station Alpine Joseph Fourier) et dans les bassins versants des lacs de la Muzelle et Lauvitel (Figure 1). Le résultat attendu sera ici de proposer un bilan d’exportation du carbone organique en fonction de l’altitude et de l’usage et une description fine des indicateurs et des compartiments actifs des MOS dans des bassins versants d’altitude utilisés par l’homme. Au final, la thèse contribuera à établir une estimation nouvelle de la fonction de séquestration du carbone dans les sols des environnements de montagne. Cette connaissance sera à la base de futurs projets de pilotage de cette fonction via la mise en œuvre de pratiques de gestion au sein des territoires de montagnes. Les candidats doivent nous envoyer un CV et une lettre de motivation avant le 1 juin 2017. Lauric Cecillon : lauric.cecillon@irstea.fr Yves Perrette : yves.perrette@univ-smb.fr Jérôme Poulenard : jerome.poulenard@uni-smb.fr Plus d’information dans la fiche descriptive de l’offre. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 19/05/2017

Sujet de thèse 2017-2018 « Piégeage de polluants par les végétaux : études expérimentales et modélisation » – OT52

DIRECTION DE THÈSE Directeur de thèse : Gateuille David Codirecteurs HDR : David Bernard et Naffrechoux  Emmanuel Laboratoire d’accueil : Laboratoire de Chimie Moléculaire et Environnement (LCME) Résumé : Cette thèse vise à établir un modèle numérique des  transferts de polluants au sein des végétaux, intégrant les échanges  aux  interfaces  végétal-sol  et  végétal-atmosphère.  Le  modèle  sera  élaboré  pour  des  systèmes  à l’équilibre (arbre à croissance faible) et dynamique (végétaux à forte croissance) sur la base d’équations issues de la littérature. Les mécanismes pris en compte sont le transfert foliaire (des polluants gazeux et particulaires atmosphériques)  et  le  transfert  racinaire  (des  polluants  dissous  dans  la  solution  de  sol).  Cette  modélisation utilisera  les  résultats  expérimentaux  obtenus  sur  des  cultures  de  végétaux-modèles  exposés  à  des  teneurs “environnementales” de polluants présents dans les  compartiments air et sol, dans plusieurs placettes localisées en  zones  urbaines,  agricoles  rurales  et  montagneuses  (jardins  d’altitude).  Les  travaux  de  modélisation numérique et d’analyses des teneurs en contaminants seront effectués au Laboratoire de Chimie Moléculaire et Environnement (LCME) de l’université Savoie Mont-Blanc (campus de Savoie-Technolac). Plusieurs types de contaminants (polluants organiques persistants, pesticides et métaux) et plusieurs types de végétaux (arborés et herbacés)  seront  étudiés  afin  d’appréhender  les  différences  dans  les  voies  de  transfert.  Les  perspectives d’utilisation de ce travail doctoral sont nombreuses. Il permettra par exemple de mieux estimer les potentialités des  végétaux  pour  la  décontamination  de  l’air  ou  des  sols.  Il  permettra  aussi  de  modéliser  les  effets  sur  le piégeage et la mobilité des polluants à l’interface atmosphère-sols de l’évolution des couverts végétaux, notion particulièrement importante dans un contexte de changement climatique.  In fine, cette modélisation servira à déterminer les conditions favorables à l’accumulation de polluants dans les végétaux pour la phytoremédiation et de connaitre celles limitant l’exposition humaine aux polluants via l’alimentation végétale. L’ensemble de ces travaux  s’inscrira  dans  une  démarche  collaborative  avec  des  acteurs  locaux  (ONF,  Station  Alpine  JosephFourier,  PNR  des  Bauges,  lycées  agricoles  et  associations  de  maraîchage)  et  fera  l’objet  d’informations scientifiques et d’interventions pédagogiques auprès de ces publics en vue d’expliquer le rôle des végétaux dans les transferts de pollution. PROJET DE RECHERCHE DETAILLE Elément de contexte : La compréhension des processus de piégeage des polluants par les végétaux est un enjeu majeur de notre société.  En  effet,  les  végétaux  constituent  une  ressource  omniprésente  de  l’industrie  agro-alimentaire, pharmaceutique  et  nutraceutique.  L’accumulation  des polluants  en  leur  sein  conditionne  une  part  non négligeable  de  l’exposition  de  l’Homme  aux  contaminants.  A  l’échelle  globale,  la  végétation  est  un  élément essentiel de l’interface atmosphère – sol où elle joue un rôle primordial dans les transferts de contaminants d’un compartiment  à  l’autre  (Horstmann  et  McLachlan,  1998  ;  Terzaghi  et  al.,  2013).  Entre  autre,  la  végétation modifie les valeurs de dépôts de polluants atmosphériques car elle présente une surface d’échange 6 à  14 fois supérieure à celle d’un sol nu. En enrichissant lessols en matière organique (Kalbitz, 2003), elle modifie aussi la capacité de stockage et de mobilisation de certains contaminants lors du lessivage des sols (Komprdová et al., 2016).  La  phytoremédiation,  incluant  les  phénomènes de  phytoextraction,  phytodégradation  et  de phytovolatilisation,  participe  aussi  au  transfert  et  à  la  dissipation  des  polluants  (Limmer  et  Burken, 2016). Travaux attendus :
  • Le doctorant développera des modèles numériques applicables aux essences arborées et herbacées. Une bibliographie exhaustive  lui  permettra  de  choisir  parmi  les  travaux  déjà  effectués  sur  d’autres  végétaux,  les équations et paramètres les plus adaptés à ces essences. Une analyse de sensibilité des modèles sera effectuée afin de déterminer les paramètres ayant la plus grande influence.
  • Ces modèles  seront  développés  pour  différents  types  de  contaminants  (hydrocarbures  aromatiques polycycliques,  phtalates,  pesticides  et  métaux)  présentant  des  solubilités  et  des  volatilités  différentes  afin  de comprendre  l’influence  des  propriétés  physico-chimiques  des  polluants  sur  les  importances  relatives  de leurs voies d’entrées et de sorties des végétaux.
  • Les modèles  seront  paramétrés  et  testés  sur  plusieurs  végétaux  mis  en  culture  durant  la  thèse  (en croissance rapide) ou déjà développés (en croissance lente). Le choix des sites de culture, détaillé ci-après, a été effectué en fonction des possibilités de partenariat avec des acteurs majeurs du maraîchage et de la foresterie et afin  de  représenter  la  variabilité  régionale  des  teneurs  environnementales  en  contaminants  et  des  conditions climatiques.
  • En plus de l’application du modèle, le doctorant sera responsable de la mesure des teneurs en polluants dans  les  différents  compartiments  environnementaux  (atmosphère,  sols,  eau,  végétaux).  Les  techniques  de collectes des échantillons et de mesure des polluants (HPLC, GC-PDID et ICP-MS) ont déjà été développées au laboratoire.
  • Après avoir  validé  les  différentes  étapes  de  la  modélisation,  le  doctorant  devra  approfondir  les implications environnementales de ses résultats en  termes de transfert de polluants à l’interface atmosphère-sol en lien avec les perspectives décrites ci-après.
  • Par ailleurs, ces travaux de thèse s’inscrivant dans de nombreuses collaborations avec des associations et des établissements d’enseignements locaux, il sera demandé au doctorant de participer à des évènements locaux de vulgarisation en plus d’une production scientifique internationale.
Choix des sites en lien avec les retombées attendues du projet: De  par  le  choix  de  sites  d’études,  les  retombées  des  travaux  de  cette  thèse  seront  multiples.  La compréhension des processus de transferts de contaminants au sein des plantes et à l’interface atmosphère-sol ouvrent de nombreuses perspectives dans l’étude desflux de polluants et de leurs impacts dans l’environnement. Grâce à la comparaison des résultats obtenus sur les parcelles urbaines du lycée agricole de Chambéry  et celles, plus rurales, situées dans le Parc Naturel Régionaldu massif des Bauges, ces travaux permettront de quantifier l’abattement  de  la  pollution  atmosphérique  dû  à  la  végétation.  Cette  problématique  est  majeure  en  région Auvergne-Rhône-Alpes touchée par des pics de pollution atmosphérique récurrents. Parallèlement, cette  étude permettra de quantifier l’accumulation de polluants dans les végétaux, que ce soit des métaux dans une ancienne  parcelle minière étudiée conjointement dans le cadre du projet EC2CO TRACES porté par EDYTEM, ou des pesticides dans une zone agricole en réhabilitation dans la peupleraie de Chautagne, en partenariat avec l’Office National  des  Forêts.  Le  lien  entre  ce  travail  doctoral  et  la  santé  est  donc  important  puisqu’il  amènera  des informations utiles sur l’exposition humaine aux contaminants via l’alimentation. Ces  travaux  permettront  aussi  de  mieux  comprendre  le  rôle  de  la  végétation  dans  le  transfert  des polluants vers le sol. En particulier, les résultats obtenus à la station alpine Joseph Fourier et dans le Massif des Bauges  sur  plusieurs  modèles  végétaux  permettront  d’explorer  l’influence  du  climat  sur  les  transferts environnementaux de polluants. En effet, les conséquences du changement climatique sur la végétation peuvent prendre  plusieurs  formes  comme  la  modification  des  pelouses  alpines  due  à  la  dérive  des  températures  (déjà étudiée sur ces sites), ou l’abattage de forêts suite à l’élargissement des aires de répartitions de certains parasites (scolyte de l’épicéa et pyrale du buis). La question du piégeage des polluants par les végétaux recoupe celle de la protection de la ressource en eau, puisque de nombreuses agglomérations (Grenoble, Chambéry, Vienne (AUT))  dépendent des ressources karstiques alpines pour leur alimentation en eau potable. Or, la végétation joue un rôle majeur  dans  la  rétention  des  contaminants  compte-tenu  des  faibles  épaisseurs  de  sols  traversés  et  de  la  forte perméabilité de ces aquifères (Perette et al., 2013). Candidat recherche: Cette thèse a un caractère résolument pluridisciplinaire et fait appel à de nombreux domaines scientifiques tels que la résolution numérique d’équations mathématiques, la science du sol, la biologie des végétaux vasculaires, les  échanges  de  composés  en  zone  racinaire,  les  transferts  atmosphériques  et  la  chimie  des  polluants.  Une connaissance générale dans un nombre aussi grand que possible de ces domaines sera appréciée. Une expérience en programmation (notamment l’utilisation du logiciel R) est indispensable. Le candidat devra être capable de travailler  en  collaboration  avec  des  chercheurs  d’autres  laboratoires  de  l’USMB  (laboratoire  EDYTEM notamment). Financement de  la  thèse :  Le  contrat  doctoral  fixe  une  rémunération  minimale, indexée  sur  l’évolution  des rémunérations de la fonction publique : depuis le 1er février 2017, elle s’élève à 1768,55 euros  bruts mensuels pour une activité de  recherche  seule.  Un  avenant attributif  d’une  mission  complémentaire  d’enseignement est  possible  pour  une durée de 2 ans. Sous réserve de la publication de l’arrêté fixant le taux de rémunération des heures complémentaires, la rémunération mensuelle sera de 220,80 euros bruts pour 64 heures ETD par année universitaire. Contact : Gateuille David (04 79 75 88 39 / david.gateuille@univ-smb.fr ) Plus d’information dans la fiche descriptive de l’offre. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 19/05/2017

Évaluation des services écosystémiques rendus par les sols à différentes échelles spatiales – OT51

Mots clés : Sol/indicateur/évaluation multicritère/modélisation Unité/équipe encadrante : UMR 1069 Agrocampus ouest – INRA Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS) Nom du responsable scientifique : Anne Jaffrézic (Agrocampus ouest) Co directrices : Chantal Gascuel (INRA), Guenola Perès (Agrocampus Ouest). Contact : Anne Jaffrezic, anne.jaffrezic@agrocampus-ouest.fr Contexte socioéconomique et scientifique : Les  services  écosystémiques  (SE)  fournis  par  les  sols  recouvrent  un  ensemble  de  services  de production (agriculture) et de régulation (biodiversité, eau, air, climat) qui évoluent dans le temps, en fonction des usages des sols, des systèmes agricoles et du climat. Eclairer ces services et leurs évolutions doit permettre de mieux gérer les sols, de mieux mobiliser leur potentiel pour contribuer à la durabilité des agroécosystèmes. La mobilisation accrue des processus sous-jacents à ces services est  une  des  pistes  importantes  d’innovation  dans  le champ  de  l’agroécologie. Pour  l’essentiel,  les méthodologies d’évaluation des services écosystémiques restent à développer pour proposer une évaluation qui soit cohérente avec les échelles de décision agronomique (parcelle exploitation,…) ou territoriaux (SCOT, SAGE). La thèse proposée s’inscrit dans le cadre d’un programme de recherche financé  par  l’ANR  (Soilserv)  qui  mobilise  une  équipe  pluridisciplinaire  (science  du  sol,  hydrologie, écologie, économie, géomatique). Les grandes étapes de la thèse et démarche : Cinq  services  écosystémiques  (production,  régulation  du  climat,  régulation  de  la  qualité  de  l’eau, conservation  de  la  biodiversité  des  sols,  entretien de  la  qualité  des  sols)  seront  évalués  sur  le territoire  d’un  observatoire  de  recherche.  L’évaluation  biophysique  des  services  se  fera,  selon  les échelles et les processus considérés, par des mesures (mesures de stocks de C et de P à différentes périodes) et de la modélisation (lixiviation des nitrates dans le sol, flux de nitrates à l’exutoire de bassin  versant)  ou  par  l’élaboration  d’indicateurs  (i.e.  bioindicateurs).  Les  principales  questions traitées seront : –  Quelles  démarches  adopter  pour  évaluer  ces  différents  services ?  Comment  prendre  en compte la variabilité temporelle intra et interannuelle des processus ? –  Comment passer d’évaluations locales (mesures ou modélisation) à des évaluations à plus large échelle spatiale, ou à l’inverse, comment mobiliser de l’information sur les sols acquise à large échelle pour évaluer un service à la parcelle ou à l’échelle de l’exploitation ? Approches méthodologiques et techniques envisagées : Le bassin versant de Naizin de l’Observatoire de Recherche en Environnement (ORE) AgrHys a fait l’objet i) de nombreuses acquisitions de données sur les sols, les pratiques agricoles et la qualité de l’eau, ii) de simulations à partir de modèles spatialisés qui peuvent permettre, sur un même site, de développer des méthodologies et d’estimer les différents services rendus pas les sols. Des mesures complémentaires seront réalisées durant la thèse (biologie du sol). L’évaluation sera ensuite mise en œuvre sur une zone atelier moins instrumentée en ciblant les services de régulation de la qualité de l’eau (nitrate), de régulation du climat et d’entretien de la qualité du sol. Compétences scientifiques : Requises par le candidat : sciences de l’environnement, science du sol, de préférence une première expérience en modélisation. Pourra  bénéficier  d’une  expertise  scientifique  et  technique  issue  du  collectif  pluridisciplinaire  du projet ANR et de l’UMR SAS. Démarrage du projet : novembre 2017 Financement : financement ANR Acquis Durée du contrat à durée déterminée : 3 ans Salaire brut mensuel : 1770 euros La fiche descriptive de l’offre est disponible ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 06/05/2017

Ph-D, Mobility and transfer of rare earth elements from soil to plants by arbuscular mycorrhizal fungi – OT50

Rare earth elements are nowadays strategic metals in many modern technolologies, but their toxicicity and accumulation in terrestrial ecosystems is still poorly known (Gonzalez et al., 2014). Rare earth elements are not toxic in natural soils where concentrations are low, and their transfer to plants limited (Tyler 2004). But it is not the case in soils where rare earth are exploited, such as for example in China, where 50% or rare earth ressources can be found, and where intensive exploitation lead to high concentrations in soils, water and sediments (Kinycki et al, 2012). Rare earth concentrations in abandoned mining soils can reach 150 to 800 mg/kg (Chao et al. 2016). In contaminated soils, phytotoxicity can be observed. Areas where rare earth elements have been exploited need to be rehabilitated for example using adapted plants (phytomanagement). Few studies have been performed on the effect of rare earth elements on bacterial community (Chao et al. 2016), but nothing has been done on fungi. Arbuscular mycorrhizal fungi have a beneficial role on plant growth in stressed environments, especially in soils contaminated by metallic trace elements. Such fungi might contribute to plant growth and tolerance on soils contaminated with rare earth elements, and possibly contribute to reduce the transfer of rare earth elements to the plant. The objectives of the pH-D thesis will be to precise the toxicity of rare earth elements (REE) towards root symbiotic fungi and to study the role of these fungi in the transfer of REE to plants. The hypothesis is that arbuscular mycorrhizal fungi play a role of filter towards toxic metallic elements (Redon et a. 2008). Binding of REE at the hyphae level, as previously observed for metallic trace elements such as Cd, could contribute to a better fitness of plants in the presence of high concentrations of REEs. Arbuscular mycorrhizal fungi might then be considered to inoculate the plants used for phytomanagement of REE contaminated soils. More specifically, the pH-D candidate will study the mobility of REE and its transfer to plants via arbuscular mycorrhizal fungi. Experiments will be performed with Samarium (Sm) as model REEs. Adsorption kinetic experiments will be first performed with different soils. Experiments with plants inoculated or not with a mycorrhizal fungus will then be performed with soil spiked with Sm at different concentrations, and plant growth and Sm uptake will be analysed. The use of compartment devices (Joner et Leyval, 1997), and of radioactive Sm probing (151 Sm) will allow to follow the transfer of this REE from soil to plant through the fungus hyphea, in comparison to a nutrient element such as phosphorus (33 P). NanoSIMS technique will also be used to precise the localisation of the spiked Sm in the rhizosphere and its availability (Ayadi et al. 2012; Cennerazzo et al, 2017). Skills: the pH-D candidate should have skills in soil science and soil microbiology, and have a good practice in english langage. He/She will be trained to be allowed to use radio-elements. Starting period: September 2017 Laboratory: LIEC, Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux, UMR 7360 Université de Lorraine, CNRS, Faculté des Sciences et technologies, BP 70239, 54506 Vandoeuvre-les-Nancy Cedex, FRANCE Supervision: Funding: LabEX RESSOURCES The jod description is available here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 05/05/2017

APPEL A CANDIDATURE POUR THESE EN PHYSICOCHIMIE ENVIRONNEMENTALE – MECANISMES D’ALTERATION D’AGREGATS ORGANO-MINERAUX; APPLICATION AUX RIVIERES SIDERURGIQUES DE LORRAINE – OT49

Contexte Dans les systèmes aquatiques continentaux, les sédiments sont communément reconnus comme étant le réservoir de divers contaminants. Hors, dans un contexte de changement climatique d’une part, pouvant provoquer l’augmentation des épisodes de précipitations intenses, et d’autre part, le cadre de la réglementation européenne visant à retrouver le bon état écologique des masses d’eau et favorisant les réaménagements physiques des cours d’eau (reprise des berges, effacement d’ouvrages), il devient crucial d’anticiper les conséquences écologiques de la remobilisation des sédiments et d’étudier l’éventuelle libération de contaminants associés. La composition hétérogène des sédiments ainsi que leur variabilité spatiale et temporelle en font des objets complexes difficiles à modéliser dont le comportement au cours des variations hydrologiques ou autres perturbations physiques est difficile à prédire. Le sujet de thèse proposé a pour objectif (i) de construire des agrégats modèles et (ii) de suivre la modification de leurs propriétés (ou réactivité) au cours de perturbations contrôlées, visant à mimer les perturbations provoquées par, soit un évènement hydrologique extrême, soit des travaux de renaturation des cours d’eau. Le choix des constituants des assemblages s’effectuera sur la base d’études antérieures menées sur la Moselle et ses affluents. Ces constituants incluront par conséquent des phases aluminosilicatées représentatives du fond géologique, des oxydes et hydroxydes de fer, des nanosulfures de zinc (marquant les apports anthropiques de l’activité industrielle passée), de la matière organique pédogénique issue du ruissellement des sols, et des exopolymères bactériens représentatifs des apports urbains. Ces assemblages organo-minéraux seront caractérisés selon un gradient de complexification et l’évolution de leurs propriétés sera suivie au cours de scenarii expérimentaux mimant les perturbations principales subies par les sédiments lors d’un événement hydrologique intense ou lors de travaux de renaturation. Pour se faire, le couplage d’outils d’imagerie fine, de spectroscopies X et neutrons à d’autres techniques de caractérisation de laboratoire (diffraction X, spectroscopie Raman, mobilité électrophorétique, …) sera une approche absolument nécessaire pour appréhender les variations de réactivité des systèmes soumis aux perturbations physico-chimiques des systèmes environnementaux. Et notamment, pour mieux appréhender les processus de piégeage/libération/transport de contaminants métalliques par les fractions solides des systèmes aquatiques continentaux. Unité d’accueil : Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC) UMR7360 CNRS-Univ. Lorraine ; http://liec.univ-lorraine.fr/ Ecole Doctorale : RP2E, http://rp2e.univ-lorraine.fr Démarrage : novembre 2017 Date limite de candidature : 1er juin 2017 Encadrement et Contact : Emmanuelle MONTARGES – PELLETIER, LIEC – emmanuelle.montarges@univ-lorraine.fr Requis Le candidat devra démontrer un enthousiasme scientifique, de la motivation, une forte curiosité et être capable d’intégrer une équipe de recherche. Une bonne maitrise de l’anglais est nécessaire. Des compétences en physico-chimie des surfaces, en minéralogie sont attendues. Documents à fournir pour la candidature
  • CV détaillé
  • Lettre de motivation
  • Relevé de notes M1 et M2
  • Rapport(s) de stage(s)
  • Deux références ou deux lettres de recommandation
Le descriptif de l’offre est disponible ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 29/04/2017

PROPOSITION DE THESE «Quelles interactions entre services écosystémiques liés au fonctionnement du sol ? Antagonismes possibles entre eau verte, eau bleue, qualité des sols, et régulation du climat.» – OT48

Présentation synthétique du sujet Les écosystèmes agricoles contribuent de façon importante à alimenter les hydrosystèmes (fourniture d’eau bleue par ruissellement ou percolation) mais sont également des consommateurs d’eau de premier plan (utilisation d’eau verte par la transpiration pour production de biomasse). Les pratiques agricoles de couverture du sol, favorables aux services de stabilisation des sols, structuration des sols, régulation de la qualité de l’eau et régulation du climat global, peuvent augmenter les flux d’eau verte, et diminuer les flux d’eau bleue, relativement à une situation de sol nu. Aussi, des antagonismes entre production d’eau bleue et utilisation d’eau verte pourraient apparaitre dans un futur proche où le déficit hydrique risque de s’accentuer. Dans ce contexte, ce projet de thèse se donne pour objectifs d’évaluer, en contexte agricole, les interactions entre i) les services écosystémiques liés à l’eau et l’ensemble des services auxquels contribuent les sols et ii) la production de biens végétaux. Il se décline à trois échelles : la parcelle agricole, deux régions à enjeux pour la gestion de l’eau (Nappe de Beauce, Bassin Adour-Garonne) et le territoire national. Ce projet repose essentiellement sur l’analyse de données issues de modélisations. Conditions pour postuler
  • Diplôme d’ingénieur ou de master 2 ou équivalent (bac+5) ;
  • Compétences recherchées : agronomie (avec un cursus complémentaire éventuel en hydrologie ou science du sol), statistiques et géostatistiques, modélisation (modélisation hydrique, modélisation système de culture) ;
  • Bonne connaissance de l’anglais.
Laboratoire d’accueil et encadrement Le travail sera encadré par Isabelle Cousin, docteur en physique du sol, directrice de recherche à l’INRA (UR SOLS, Orléans), et Olivier Thérond, docteur en agronomie, ingénieur de recherche à l’INRA (UMR LAE, Colmar). Le jeune chercheur sera localisé à l’UR SOLS à Orléans (http://www6.val-de-loire.inra.fr/ur-sols), et amené à faire des missions à l’UMR LAE à Colmar (http://lae.univ-lorraine.fr/accueil/). Il sera inscrit à l’Ecole Doctorale Energie-Matériaux – Sciences de la Terre et de l’Univers 552 de l’Université d’Orléans (https://www.univ-orleans.fr/ed/emstu). Cette thèse est cofinancée par la Région Centre et par l’INRA (Métaprogramme ECOSERV). Sélection des candidats Pour postuler à cette offre : Merci d’adresser votre CV ainsi qu’une lettre de motivation Isabelle.Cousin@inra.fr et Olivier.Therond@inra.fr avant le 31 mai 2017. Les candidats retenus seront auditionnés à partir du 1er juillet 2017. Disponibilité du poste : octobre-novembre 2017 La fiche descriptive de l’offre est disponible ici. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 29/04/2017

PhD Student, Assessing dynamics in eco-hydrological processes during drought stress across scales in a grassland community by stable isotopes – OT47

Advertising institute: IBG-3 – Agrosphere Reference number: 2017-090 The Institute of Bio- and Geosciences – Agrosphere (IBG-3) conducts research to improve our understanding of biogeochemical and hydrological processes in terrestrial systems. Specific studies focus on environmental controls on biogeochemical cycling of elements, the analysis of exchange processes and nutrient dynamics in the soil-plant-atmosphere continuum. A combination of experiments, modelling and innovative observation technologies is used to bridge the gap between model, process and management scale. Its research contributes to the sustainable and resource-conserving use of soils and water and to the quantification of the effect of climate and land use change on terrestrial ecosystems. We offer a competent and interdisciplinary working environment, as well as an excellent framework in the areas of experiments and modelling. We are looking to recruit a PhD Student, Assessing dynamics in eco-hydrological processes during drought stress across scales in a grassland community by stable isotopes Your Job: Global climate change projections predict increased drought spells as well as an increase in rainfall variability for large parts of Europe. Such increases in extended drought periods are known to be major drivers controlling terrestrial plant ecology and physiology and, thus, ecosystem carbon and water cycling. In this regard, understanding the climate change driven soil-vegetation feedbacks is of major importance and a key question within the rapidly advancing field of Ecohydrology. Your tasks include:
  • Studying the grassland responses to extended drought periods and the shift of competition between grassland species with novel research tools under controlled conditions in the laboratory
  • Non-destructive monitoring of soil and plant water stable isotopic compositions (2H and 18O) and the three-dimensional mapping of roots with Magnetic Resonance Imaging
  • Measuring and modeling the temporal and spatial dynamics of water uptake by the plant roots
Your Profile:
  • University degree in a natural or earth science with a focus on the interface and exchange between atmosphere and terrestrial biosphere
  • Strong English writing and communication skills
  • Preferably experience in water stable isotope analytics
Our Offer:
  • International, interdisciplinary working environment on an attractive research campus, ideally situated between the cities of Cologne, Düsseldorf, and Aachen
  • A well-maintained infrastructure for the measurement of environmental variables and fluxes, into which your experiments and analyses will be embedded
  • Courses to improve your programming or other skills as needed
  • The possibility of an additional three-month internship abroad with an international research group
  • Limited for 3 years
Payment of the PhD fellow will be based on salary grade EG 13/2 Collective Agreement for the Civil Service (TVöD). Depending on the candidate\’s profile and the subject of his/her PhD thesis an additional allowance may be granted (up to 65% TVöD EG 13). Only complete applications will be considered. Forschungszentrum Jülich aims to employ more women in this area and therefore particularly welcomes applications from women. We also welcome applications from disabled persons. We look forward to receiving your application, preferably online via our online recruitment system on our career site until 10.05.2017, quoting the above-mentioned reference number. For further information about the application please contact Dr. Youri Rothfuss, e-mail: y.rothfuss@fz-juelich.de.Contact Human Resource Development Karl Beumers Tel.:+49 2461 61 2124 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 29/04/2017

Wanted: PhD candidate – OT46

The proposed research will be carried out under the framework of an international project between the National Institute for Agricultural Research (France) and the Landcare Research Institute (New Zealand). The objective of this international project is to evaluate the impact of different grassland management practices, in particular different grazing regimes versus mowing on the dynamics of soil organic    matter  (SOM) in contrasting pedoclimatic contexts. The PhD work will contribute towards the understanding of management impacts through the assessment of their influence on elemental and molecular transformations occurring during organic matter degradation and stabilization processes. The conceptual approach includes an evaluation of SOM stability at field scale and the detailed characterization of SOM pools reactive towards management interventions. We will study longterm experimental sites situated in  France and in New Zealand and also use stable 13C isotope analyses a natural abundance. The results obtained during the PhD will contribute to ameliorate process information to be used in a biogeochemical model (CenW), which will allow for evaluating the implications of management practices on soil C dynamics and composition in the longterm, as well as resilience of the system to global change. The PhD thesis will provide an answer to these questions by going beyond global C stocks assessment through molecular analyses providing information on the nature and origin of SOM pools, which constitutes a major advance in the research field. The PhD student will be based in France and carry out his/her laboratory work in the Ecosys laboratory in Thiverval-Grignon (located 30km  from Paris). Fieldwork will be carried out in Lusignan at the SOERE ACBB and in New Zealand. He/her will aim for a PhD delivered by the university of Poitiers. We are seeking a dynamic PhD candidate with a keen interest in soil science and a background in environmental sciences. Knowledge in mass spectrometry would be an asset. All applications should be emailed to Abad Chabbi (abad.chabbi@inra.fr) and include both a resume and cover letter, in English. Starting date: as soon as possible The job description is also available here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 29/04/2017

Proposition de sujet de thèse pour la rentrée 2017 – ECOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE L’ENVIRONNEMENT D’ILE DE France N° 129 – OT45

Rôle de la faune des sols pour la fourniture des services écosystémiques par les matières organiques

Laboratoire d’accueil : Institut de l’Ecologie et de Sciences de l’Environnement Directeur de thèse : Cornelia Rumpel, cornelia.rumpel@inra.fr co-directeur de thèse HDR : Marie-France Dignac, marie-france.dignac@inra.fr La stabilisation des matières organiques est un processus important contrôlant le couplage et découplage des cycles biogéochimiques et leur rôle pour atténuer le changement climatique. Récemment, l’interaction avec les minéraux des sols a été identifiée comme mécanisme capable de protéger les matières organiques des sols (MOS) aux échelles de temps longues (décennies, siècles) de la minéralisation microbienne et ainsi d’augmenter les stocks de C dans les sols (Lehmann et Kleber, 2015). Non seulement une augmentation des stocks de MOS peut contribuer à atténuer le changement climatique, mais elle peut aussi améliorer la nutrition des plantes, la qualité de l’air et de l’eau et protéger les sols contre l’érosion. Les organismes de la faune du sol, en particulier les vers de terre influent grandement sur ces processus dynamiques et ainsi sur les services écosystémiques fournis par les MOS (Blouin et al., 2013). Dans les sols, on trouve trois types de vers (épigés, endogés, anéciques) avec des fonctions complémentaires et des habitats spécifiques. Leur rôle quantitatif et qualitatif dans la formation des complexes organo-mineraux reste à explorer. De plus, l’effet des différents vers avec leurs appareils digestifs spécifiques sur la transformation des différentes formes de MOS impliquées dans ces interactions, ainsi que les mécanismes moléculaires associés aux  processus d’interaction MO-minéraux sont mal connus. Dans un but de développement des amendements innovants à faible émission de gaz à effet de serre, nous avons utilisé le co-compostage de mélanges minéraux/matières organiques en présence de vers pour stabiliser les matières organiques lors du compostage. Nous avons comparé le compostage avec et sans vers en présence ou non de différents minéraux classiquement trouvés dans les sols (montmorillonite, kaolinite, goethite) ou d’une combinaison de ces différents minéraux. Les résultats montrent que les vers affectent grandement la nature des MO et les propriétés des complexes organo-minéraux formés (Barthod et al., 2016). Pendant ce travail, nous avons utilisé une espèce de vers adaptée à l’ingestion des matières organiques fraîches. Pour mieux comprendre l’effet des vers sur les services écosystémiques et ainsi pouvoir optimiser les propriétés des nouveaux amendements organiques, nous proposons dans le présent projet de thèse d’utiliser des combinaisons de différentes catégories de vers de terre afin d’intensifier la formation des complexes organo-mineraux pour pouvoir comprendre finement les processus de stabilisation des MO. L’objectif général de la thèse sera d’élucider le rôle de la faune des sols dans la formation des interactions organo-minérales et des services écosystémiques qui en découlent. Les objectifs spécifiques seront de :
  • quantifier la stabilité des complexes organo-minéraux formés par différentes espèces de vers et leur combinaison
  • caractériser à l’échelle moléculaire et nanométrique les interactions formées dans les intestins des vers
  • étudier l’effet de ces différents complexes organo-minéraux sur les services écosystémiques des sols (stockage du C ; capacité de rétention de l’eau)
Nous étudierons les formations organo-minérales à l’échelle nanométrique en utilisant des techniques innovantes comme le nanoSIMS et le tofSIMS afin de déterminer à la fois les minéraux et les structures chimiques impliqués. L’utilisation de substrats organiques marqués aux isotopes stables nous permettra de suivre le devenir des lombricomposts produits après leur application aux sols. Les résultats de cette thèse permettront des avancées fondamentales dans un domaine interdisciplinaire. Ces avancées sont nécessaires pour comprendre les processus dominants de stabilisation des MO, et peuvent être appliquées pour augmenter le puits de carbone terrestre contribuant à atténuer le changement climatique. De plus cette thèse contribuera au développement d’une technique de transformation des déchets organiques en amendements à faible émission de gaz à effet de serre. La thèse est innovante par (1) l’idée d’utiliser des combinaisons de vers de terre dans une optique d’ingéniérie écologique afin de stabiliser les MO et (2) l’utilisation des techniques analytiques innovantes afin d’élucider les interactions organo-minérales. Reférences Barthod, J., Rumpel, C., Paradelo, R., Dignac, M.F., 2016 : The effects of worms, clay and biochar on CO2 emissions during production and soil application of co-composts. Soil, 2, 673–683. Blouin, M., Hodson, M. E., Delgado, E. A., Baker, G., Brussaard L., Butt, K. R., Dai, J., Deendooven L., Peres, G., Tondoh, J. E., Cluzeau, D., and Brun, J.-J., 2013 : A review of earthworm impact on soil function and ecosystem services, Eur. J. Soil Sci., 64, 161–182. Lehmann, J., Kleber, M., 2015. The contentious nature of soil organic matter. Nature, 528, 60-68. Informations sur les bourses de l’école doctorale Sciences de l’environnement de l’UPMC (ED129): http://www.ed129.upmc.fr/fr/allocations-et-bourses/financements-de-l-ed-129.html :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 29/04/2017

PhD scholarship in boreal soil carbon – OT44

The Soil Biogeochemistry group (https://soilbgc.wordpress.com/) in the Department of Renewable Resources, University of Alberta, Edmonton (Canada) is seeking a motivated Ph.D. student to join our team. Project: Boreal forest soils are the single largest terrestrial carbon storehouse in the world. Consequently, changes in boreal carbon stocks and fluxes could significantly affect the global carbon cycle. These northern, high-latitude soils are also highly susceptible to global warming, and in the coming century are expected to face large increases in average temperatures, altered freeze-thaw patterns, and transformative vegetation shifts. The carbon contained in boreal soils is a complex network of interconnected pools, the stability of whichmay be controlled by variousmechanisms. As such, it has been challenging to predict the response of boreal soil carbon to environmental changes. This Ph.D. project will aim to clarify how interactions between the soil geological material and vegetation may ultimately determine the response of boreal soil carbon to climatic changes. We  will use a variety of methods, including NMR and stable isotope tracking, to evaluate the source and fate of boreal carbon in soil profiles under different environmental conditions. Qualifications: Candidates must have a M.Sc. (or equivalent) in soil science, chemistry or  a related environmental science discipline. Strong verbal and written communication skills in English are essential. The project is funded by NSERC. A yearly stipend of $25,000 will be provided. In addition, the University of Alberta provides competitive recruitment awards between $5,000 and $10,000 for outstanding applicants. Graduates from a Canadian University with a GPA>3.5 on a 4.0 scale and international students with equivalent academic accomplishments usually receive an entrance award. Interested candidates should e-mail their transcript, a detailed curriculum vitae, a cover letter that summarizes their qualifications and research goals, and the names and contact information of three references to Dr. Sylvie Quideau at sylvie.quideau@ualberta.ca. Only successful candidates will be contacted. The job description is also available here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 09/04/2017

New PhD position available at the Institute of Ecology, University of Innsbruck – OT43

The position is fully financed for a period of three years, starting on 1st June 2017. PhD-project on “Grassland carbon allocation dynamics in response to climate warming” The PhD project contributes to two large ecosystem manipulation experiments and aims at understanding the belowground carbon allocation dynamics in a montane (Austria) and aubarctic (Iceland) grassland in response to warming. At the Austrian site, interactive effects of warming with elevated CO2 and summer drought will be studied, while at the site in Iceland the focus will be on interactions of warming with nitrogen availability. The PhD student will trace the fate of an isotopic tracer (13 CO2) from photosynthesis to soil respired CO2 using isotope laser spectroscopy. The planned work will be embedded in a series of in situ pulse labelling experiments and will be closely supervised by an experienced Post-Doc. The ideal candidate will be experienced in experimental work, interested in operating high-end equipment in the field, able to analyze comprehensive gas flux datasets, and will be a good team player. The candidate is required to have a Master degree in biology / ecology / atmospheric sciences or related fields and should demonstrate English language proficiency. The PhD student will be based at the University of Innsbruck. For information on the research group see https://www.uibk.ac.at/ecology/forschung/ecophysiology.html.en. The candidate will contribute to two ongoing research projects (ClimGrass, ForHot) and will have the opportunity to collaborate with a highly motivated research team and internationally recognized scientists from several countries. If you are interested please send your application to Michael Bahn (michael.bahn@uibk.ac.at), along with a motivation letter, your CV, copies of degrees and transcripts of academic records, and at least two references familiar with your qualifications. Applications will be reviewed until the position is filled. The job description is available here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 09/04/2017

3-year PhD position on the impacts of tree species composition on soil carbon storage and fractionation – OT42

Synopsis As part of a recently funded ERA-NET SUMFOREST project, REFORM (Mixed species forest management – lowering risk, increasing resilience), we offer a 3-yr doctoral position focusing on the impacts of tree species composition on soil carbon storage and fractionation. Context and project description REFORM aims at developing silvicultural prescriptions for mixed species stands that are highly resistant and resilient to biotic and abiotic disturbances in the future. The project consortium consists of 12 partners from 10 European countries. The present sub-project will focus on the impacts of tree species composition on soil organic carbon storage for contrasting two-species mixtures and their corresponding monocultures along a gradient of site conditions across Europe. The soil organic carbon (C) pool is a key indicator of soil quality, contributing to various ecosystem services such as soil structure, nutrient cycling, water retention or C storage. Forest ecosystems have been reported to store 70% of the total terrestrial soil organic C, but their capacity to sequestrate C in the long-term is challenged by climate change. In that context, mixed species stands have been proposed as one important mitigation management strategy because of their expected reduced vulnerability. Whereas the possible effects of increased tree diversity on aboveground C storage are increasingly documented, very limited information is available regarding its outcome on the soil C storage compared to pure stands. In particular, the relative impact of tree species identity vs. species diversity is still under debate. A still less documented issue, yet essential in a changing environment, is how mixing tree species influences the partitioning of soil organic C among forms of contrasting decomposability and residence time. In addition to organic matter (OM) composition, tree species identity and diversity is indeed expected to affect the persistence of soil organic matter through various mechanisms such as physical protection / disconnection or soil microclimate. Using a combined triplet – transect approach across Europe for a set of contrasting twospecies mixtures, the specific objectives of the PhD will be:
  • to compare the soil organic C stocks (forest floor and mineral soil down to 40 cm) under pure and mixed stands;
  • to quantifiy the effects of species identity and mixing on the soil organic C partitioning;
  • to test for a possible site effect or (site×mixing) interaction on the above processes.
Candidate profile- strong background in soil science, forest science, forest ecology, environmental science, or related fields;
  • strong background in statistics and data analysis, and experience with common statistical sofwares such as SAS or R;
  • ability to perform laboratory analyses and field sampling in soil /plant / forest science. Prolonged periods in the field at different sites in Europe are required;
  • ability to work in a team and independently;
  • ability to communicate/report clearly in English, both orally and in writing. Some knowledge of French or willingness to learn French language is expected;
  • experience in publishing in scientific journals is an added value.
Application Your application will consist of a letter of motivation, a CV, academic transcripts, and contact details of at least two academic references. Please send your application by email with the subject “REFORM_PhD position” by April 21, 2017 the latest to Quentin Ponette (quentin.ponette@uclouvain.be). Based on this, a short list of candidates will be retained for an interview (video conference is possible for foreign candidates) between 24th April and 3rd May. The successful candidate will start working on Monday 29th May, 2017 at the very latest. For further information, please contact: quentin.ponette@uclouvain.be Working environment Founded in 1425, the University of Louvain (UCL) was one of the first universities to receive the ‘HR Excellence in Research’ award, associated with the European Commission’s Euraxess programme. It is the fourth-ranked comprehensive French-speaking university in the world, and is in the top 1.25% of universities worldwide, making it one of the ‘world class universities’. The candidate will be hosted at the Earth and Life Institute, that comprises more than 300 scientists working on the understanding and management of natural and anthropized systems, at various spatial and temporal scales. Within the Pole ‘Environmental Sciences’ of this institute, the candidate will be attached to a team working on the biogeochemistry of forest ecosystems. He will strongly interact with the other partners of the project, as well as with internal and external collaborators. The job description is available here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 02/04/2017

Proposition de contrat doctoral – Rôle des sidérophores bactériens dans les processus biogéochimiques contrôlant la mobilité des métaux dans le sol et leur transfert vers la plante – OT41

Laboratoire : Laboratoire de Planétologie et Géodynamique (Nantes-Angers), UMR 6112 CNRS Durée : 3 ans (bourse Région des Pays de la Loire) Localisation principale du post-doctorant : Nantes Contexte : cette thèse s’inscrit dans le cadre du projet régional POLLUSOLS (pollution des sols : de la compréhension à la gestion durable des espaces) Contexte et problématique scientifique La présence de métaux dans les sols et sédiments, lors de pollutions diffuses, pose la question de leur transfert dans l’environnement, des risques de contamination des chaines trophiques et, le cas échéant, des moyens d’y remédier. Les transferts de métaux sont contrôlés à la fois par des facteurs abiotiques (% d’argile et de matière organiques, pH, Eh, force ionique, etc) et biotiques, notamment la composante microbienne qui joue un rôle central dans la mobilisation/immobilisation des éléments traces dans les matrices poreuses (Gadd 2010). Le projet se focalise sur les complexants d’origine microbienne, en particulier les idérophores, pour leurs capacités à modifier la mobilité des métaux dans les sols (Braud et al. 2009, Cornu et al. 2014, Ferret et al. 2014, Hazotte et al. 2016, Hoegy et al. 2009). Les constantes d’affinité de l’un d’eux, la pyoverdine, produite par les bactéries du genre Pseudomonas, sont connues pour être très élevées pour le Fe(III) (1032 M-1, Albrecht-Gary et al. 1994), et non négligeables pour le Cu(II), le Ni(II) et le Pb(II) (Ferret et al. 2014, Cornu et al. 2014, données non publiées pour le Pb). D’autres sidérophores plus couramment étudiés, telle la desferrioxamine B (DFOB), présentent également des capacités de complexation intéressantes (Cornu et al. 2017) vis-à-vis des métaux traces. Objectifs et descriptif de la thèse L’objectif général porte sur la compréhension de la mobilité et de la phytodisponibilité des métaux dans les sols sous l’effet des sidérophores bactériens. Le projet comporte deux volets complémentaires. Description du volet 1 : Ce volet porte sur l’étude in situ des activités de complexation des métaux par les sidérophores microbiens dans les sols. A ce jour, ces activités sont généralement étudiées ex situ, en conditions de laboratoire, et dans des conditions parfois très éloignées de la réalité (ex : activités potentielles de complexation mesurées en microplaques). Par ailleurs, les études ne tiennent pas compte de l’hétérogénéité de la distribution des activités complexantes dans l’environnement. Or, selon que les microorganismes sont présents dans la rhizosphère ou dans le sol environnant (« bulk soil »), mais aussi selon les variations spatiales de potentiel redox, de pH, etc, qui modulent fortement la disponibilité du fer, ces activités complexantes peuvent varier fortement avec une répercussion probable sur les transferts de métaux. Ce travail contribuera donc à cartographier la distribution des sidérophores bactériens dans différents sols et indirectement d’évaluer leur impact sur la dissémination des métaux dans l’environnement. Depuis quelques années, le couplage de techniques colorimétriques avec des techniques de gel 2D permettent d’obtenir des cartes de distribution de certains éléments dissous dans les sédiments à des échelles submillimétriques (Jézéquel et al. 2007). Plus récemment, l’utilisation de caméras hyper spectrales pour l’acquisition des images a permis l’analyse simultanée de certains solutés comme le fer et le phosphore dissous (Cesbron et al. 2014) ainsi que le nitrite et le nitrate (Metzger et al. 2016). Les points plus particulièrement abordés dans ce volet sont les suivants :
  1. Poursuivre le développement d’un gel 2D, permettant de révéler l’activité des sidérophores microbiens, en se basant sur le test colorimétrique universel CAS (Schwyn et Neilands 1987), et optimiser sa sensibilité ;
  2. Tester la méthode en conditions réelles : les sidérophores naturellement présents dans les sols seront cartographiés, sur la base de situations contrastées (sols avec des disponibilités variées en fer, sols avec ou sans plantes, avec ou sans ajout de microorganismes producteurs de sidérophores) ;
Etablir une triple cartographie : celle des sidérophores du sol en utilisant le gel 2D précédemment développé, celle des métaux (totaux et dissouts) et celle de la composante microbienne (biodiversité, suivi de populations spécifiques). Description du volet 2 : La production bactérienne de sidérophore est souvent présentée comme une alternative à l’ajout de chélatant de synthèse pour accélérer la phytoextraction de métaux dans les sols contaminés. La question au cœur de ce deuxième volet est de savoir si les métaux traces mobilisés par les sidérophores bactériens sont disponibles pour le prélèvement végétal et, si oui, par quel(s) mécanisme(s). Les données de la littérature à ce sujet ne font clairement pas consensus, notamment parce que très peu d’approches « mécanistiques » ont été menés spécifiquement sur les sidérophores. La théorie de l’ion libre impose que les métaux (comme tout nutriment) soient prélevés sous leur forme ionique libre par la racine. Sous cette hypothèse, les complexes sidérophore-métaux présents en solution de sol ne sont pas directement prélevés par la plante et leur participation au prélèvement est liée à leur capacité à se dissocier aux abords de la racine. La labilité des complexes sidérophores-métaux serait donc une composante essentielle de leur phytodisponibilité. A l’instar des travaux menés sur les chélatants de synthèse (EDTA notamment), on suspecte toutefois qu’un prélèvement direct des complexes sidérophores-métaux serait possible, notamment par la voie apoplasmique. Ce deuxième volet vise donc, à l’aide d’approches spécifiques (de traçage notamment), à mettre en évidence la participation (ou non) des complexes sidérophore-métaux au prélèvement végétal. Une série d’expérimentations hydroponiques seront menées, pour certaines en présence d’un métal voire d’un sidérophore marqué, afin de répondre aux questions suivantes :
  • Le complexe sidérophore-métal participe-t-il au prélèvement ?
  • Si oui, est-il prélevé de manière intact (i.e., non dissocié) par la racine ?
  • La réponse aux deux premières questions dépend-elle du métal, de la plante et/ou de la concentration du complexe sidérophore-métal en solution ?
Pour ce volet, le sidérophorepyoverdine sera étudié en priorité. Son impact sur le prélèvement végétal des métaux sera comparé à celui d’autres complexants, synthétiques (EDTA, NTA) ou non (DFOB, citrate). Formation, compétences et expériences requises :
  • Bac +5 (avec minimum mention Bien en master) ;
  • Compétences principales en biogéochimie et pédologie (pollutions inorganiques) ; et si possible en microbiologie (approuvés par des stages significatifs) ;
  • Goût pour la mise au point de systèmes expérimentaux (nécessitant d’être minutieux) ; esprit curieux ; capacité à interagir avec plusieurs laboratoires et co-encadrants ; capacités rédactionnelles ;
  • Minutie et rigueur.
Salaire et durée du contrat : 1769 € brut mensuel (environ 1 424 € net). Contrat de 3 ans.
  • Candidature à adresser à : Thierry Lebeau, Professeur LPG-Nantes (lebeau@univ-nantes.fr)
  • Date limite pour candidater : 18 juin 2017
  • Auditions : 10 juillet 2017
Plus d’information sur le descriptif de l’offre disponible ici. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 27/03/2017

Rôle des microorganismes de la rhizosphère en milieu complexe engrais – substrats organiques sur la biodisponibilité des nutriments et la croissance de la plante – OT40

Contexte, problématique et objectifs scientifiques La demande sociétale concernant la réduction du recours aux engrais de synthèse est forte. Le développement des productions biologiques progresse et certains cahiers des charges imposent l’utilisation d’engrais d’origine organique y compris en production hors sol. Cependant, les substrats hors-sol (e.g. tourbe, écorces ou fibres de bois …) sont des milieux biologiquement peu actifs car constitués de matières organiques très stables, avec des cycles de culture plus ou moins longs. Si les professionnels de l’horticulture ont une bonne maîtrise de la qualité physico-chimique des substrats qu’ils conçoivent, leur performance biologique (i.e. capacité des substrats à transformer les engrais organiques en substances minérales par les micro-organismes) est moins maîtrisée. Des biostimulants sont proposés sur le marché de l’horticulture, mais leur efficacité n’est pas encore prouvée. En effet, les producteurs de substrats n’ont aucune maitrise ni connaissance des processus bio-physico-chimiques sous-jacents. Les cultures horticoles en conteneur sont très consommatrices en substrats. En raison d’un volume de culture contraint, les substrats horticoles ont une faible réserve en eau, sont soumis à des variations de températures importantes, et la biodisponibilité des nutriments y est très variable. De plus, ces supports de culture ont des caractéristiques physico-chimiques contrastées, des communautés microbiennes spécifiques ; et l’activité des microorganismes qui contrôle la libération des nutriments peut être limitée par la qualité physico-chimique du substrat (carbone récalcitrant, faiblement énergétique). Enfin, les engrais organiques en horticulture sont extrêmement diversifiés, avec des difficultés de traçabilité et de stabilité de leur composition.  L’utilisation de substrats horticoles combinés avec des engrais organiques (avec possibilité d’ajout de biostimulants), souffre actuellement d’un manque de données pour un pilotage fin et une utilisation maitrisée en culture hors sols.  Le principal verrou de l’association substrat-engrais vient d’un risque non négligeable d’accidents de culture par blocage de la minéralisation (conditions biotiques et abiotiques non satisfaites) qui entrainerait une diminution de croissance des plantes ou au contraire par excès de minéralisation pouvant causer à la fois des risques de lixiviation et donc de pollution (en circuit ouvert), mais aussi des phénomènes de salinisation et donc de toxicité pour la plante. L’émergence de pathogènes de la plante dans ces conditions défavorables peut aussi se manifester. Pour cela, la thèse proposée vise à développer des connaissances scientifiques originales sur (1) les interactions entre la nature des substrats et les engrais organiques, en lien avec l’activité microbienne rhizosphérique pour la fourniture en nutriments, et (2) l’éco-efficience de la plante en fonction de l’état de biodisponibilité des nutriments, et en particulier en situation de salinité élevée de la solution du substrat et les risques de développement de pathogènes de la plante. Les objectifs scientifiques de la thèse sont de :
  • Comprendre et maîtriser la dynamique de minéralisation de la matière organique (biodisponibilité des nutriments) sur une sélection de couples engrais organiques/substrats de culture, avec possible adjonction de biostimulants,
  • Caractériser les microorganismes rhizosphériques dans ces différents itinéraires techniques et tenter d’établir le lien entre communautés microbiennes et croissance de la plante. Un sous objectif sera d’évaluer la persistance de certains biostimulants d’intérêt,
  • Suivre le développement des plantes et déterminer l’influence de celles-ci sur la réactivité des couples substrat/engrais. Déterminer les facteurs de risque et valeur de seuil critique de salinité et émergence de pathogènes.
Cadre de travail Le/la candidat(e) effectuera sa thèse à AGROCAMPUS OUEST, Campus d’Angers, Grande Ecole d’ingénieurs du ministère de l’agriculture. Le/la candidat(e) effectuera sa thèse au sein de l’Unité de recherche EPHor (Environnement Physique de la Plante Horticole) développant des thématiques sur les transferts (eau, nutriments, énergie) dans l’environnement du végétal spécialisé (horticole et urbain). L’unité démarre un programme de recherche sur l’activité biologique des substrats horticoles et les sols urbains, dans lequel le/la doctorant(e) sera impliqué(e). Le/la doctorant(e) bénéficiera des installations expérimentales dont dispose l’établissement (près de 4000 m2 de serres), ainsi que de l’appui technique et pluridisciplinaire de l’unité. La thèse sera réalisée en partenariat avec des partenaires privés, producteurs de substrats horticoles. Des collaborations avec l’UMR IRHS (Institut de Recherche en Horticulture et Semences INRA-Agrocampus Ouest-Université d’Angers) et la Plateforme Analyses Moléculaires Biodiversité-Environnement de La Roche s/Yon sont prévues. Le/la doctorant(e) sera inscrit(e) à Agrocampus Ouest et rattaché(e) à l’Ecole Doctorale EGAAL (Ecologie, Géosciences, Agronomie et Alimentation). A ce titre, il/elle aura l’occasion de suivre plusieurs formations complémentaires à la réalisation de la thèse. Le contrat sera d’une durée de 3 ans. Résultats attendus et valorisations
  • Identification d’indicateurs bio-physico-chimiques pertinents permettant de sélectionner des couples substrats – engrais organiques les plus pertinents,
  • Evaluation de l’impact de la dynamique de minéralisation des engrais organiques sur le développement des plantes, et en particulier identification des risques possibles de salinisation des substrats,
  • Evaluation de l’effet des biostimulants sur l’activité des micro-organismes et la biodisponibilité des nutriments pour les plantes.
Les recherches déboucheront sur des articles scientifiques et des communications nationales et internationales. Compétences requises Le/la candidat(e) devra posséder des bases solides en microbiologie et/ou chimie de l’environnement. Il/Elle sera titulaire d’un master ou d’un diplôme d’ingénieur. Personnes à contacter Le dossier de candidature doit obligatoirement se composer : d’un CV, d’une lettre de motivation, et des notes de M1 et M2 (semestre 1 du M2 à minima). Le dossier doit être envoyé avant le 14 avril 2017, à : René Guénon, tel : 02 41 22 55 71, rene.guenon@agrocampus-ouest.fr Patrice Cannavo, tel : 02 41 22 55 11, patrice.cannavo@agrocampus-ouest.fr Le descriptif de l’offre est téléchargeable ici. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 19/03/2017

Offre de Thèse dans l’équipe Hydrasa de l’Institut de Chimie des Milieux et Matériaux de Poitiers (IC2MP) – OT39

Titre : Organisation de la matrice argileuse des sols : effets de la minéralogie et de l’amendement Mots-clefs: sol, argiles, minéralogie, structure, transfert L’organisation des minéraux joue un rôle fondamental dans le transfert et le stockage d’eau, d’éléments nutritifs ou de contaminants dans les sols. Parmi les minéraux du sol, les argiles vont particulièrement influencer ces transferts. En effet, leur petite taille favorise l’adsorption des éléments et limite la taille des pores par lesquels les transferts s’effectuent. De plus, la morphologie spécifique en plaquette des particules d’argiles autorise une orientation préférentielle de ces minéraux par rapport à la surface du sol. Cette orientation préférentielle conduit à des réorganisations de la matrice argileuse pouvant être isotropes à anisotropes en fonction des conditions physico-chimiques du sol, influençant ainsi fortement les propriétés de transfert du sol dès la surface (e.g. conductivité hydraulique, diffusion). La présence d’un couvert végétal limitant les réorganisations de surface des sols liées aux épisodes pluvieux, le contexte visé dans cette étude est celui des sols qui restent nus une partie de l’année. Dans ce contexte, l’application de différents amendements (acides, basiques…) engendre des réorganisations de la matrice argileuse en surface du sol directement visibles au champ. L’objectif de cette thèse sera de déterminer quantitativement les variations de la minéralogie et de l’organisation des argiles de la surface d’un sol nu soumis à différents types d’amendements. La thèse comprendra trois actions :
  • Identification et quantification des argiles de la surface d’un même sol nu soumis à différents amendements depuis près de 90 ans. L’identification et la quantification seront obtenues par modélisation de diffractogrammes de rayons X pour différentes tailles de minéraux.
  • spatialisation de l’organisation des minéraux argileux en surface du sol. La cartographie de l’organisation des particules d’argiles sera obtenue au laboratoire et/ou sur synchrotron.
  • détermination des propriétés physiques du sol en surface (stabilité structurale, densité apparente, réelle, conductivité hydraulique).
Durée du projet : 3 ans à partir du 1er octobre 2017. Financement : Allocation doctorale ministère ou région Nouvelle-Aquitaine acquise. Salaire : ~1300€ net/mois. Pour postuler (CV): contacter Fabien Hubert (fabien.hubert@univ-poitiers.fr). Tel : 05 49 45 39 48. Profil recherché : Le candidat devra être titulaire d’un Master 2 ou d’un diplôme d’ingénieur et avoir des compétences en minéralogie, physique/chimie des matériaux ou science du sol. Des notions sur les argiles seraient un atout pour ce projet. Le candidat devra travailler en équipe et maîtriser l’anglais à l’oral et à l’écrit. Date limite de candidature : avant le 2 mai 2017. Le descriptif de cette offre est disponible ici. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 19/03/2017

Dynamique du carbone dans les sols : évolution des mécanismes d’interactions organo-minérales au cours de changements d’usage foret / culture – OT38

 Contexte sociétal, contexte scientifique L’usage des terres à des fins agricoles contrecarre le fonctionnement naturel des écosystèmes et induit la dégradation de la ressource sol. Dans le même temps, les prévisions estiment que la production agricole devra être multipliée par 1,85 pour répondre à la demande alimentaire de 9 milliards de personnes d’ici 2050. Les pratiques agro-écologiques doivent donc répondre à deux objectifs principaux de façon simultanée -minimiser la dégradation des sols, tout en améliorant leurs services écosystémiques. Les stratégies agro-écologiques mises en oeuvre pour restaurer le fonctionnement naturel des sols visent principalement à améliorer le réservoir de matière organique. Cela représenterait une stratégie « gagnant-gagnant » puisque le stockage du C à long terme dans les sols est également un enjeu majeur de l’atténuation des changements climatiques. Ceci a d’ailleurs été récemment mis sur le devant de la scène par le ministre français de l’agriculture dans son annonce du lancement de l’initiative “4 pour 1000” à l’occasion de la COP21. Il est donc nécessaire d’aller vers une meilleure compréhension des mécanismes qui contrôlent la stabilisation des matières organiques dans les sols. Il est considéré que les surfaces des minéraux jouent un rôle prépondérant dans le stockage du C. Le projet ANR nanoSoilC qui a démarré en 2017 se focalise spécifiquement sur les interactions organo-minérales. L’objectif global du projet est d’expliquer les processus de stabilisation et déstabilisation de la matière organique du sol en décrivant les mécanismes qui contrôlent les interactions organo-minérales aux échelles nanométriques. Les complexes organo-minéraux considérés à nano-échelle sont appelés nCOMx. Projet scientifique du doctorat Le travail de doctorat visera à comprendre le devenir des interactions organo-minérales lors des transitions d’usage sol forêstier /sol cultivé vers le sol de culture. L’objectif est de quantifier le pool C inclus dans les nCOMx et déterminer leur dynamique lors de la transition forêt / culture. L’impact des facteurs  « minéralogie du sol » et « climat » sera aussi considéré. En outre, nous allons explorer la généricité de nos résultats en proposant la quantification nCOMx comme un indice du pool de C stabilisé dans les sols. Conditions et localisation Le salaire net mensuel s’élève à 1 515 euros. Il inclut la cotisation retraite, chomage, et la couverture maladie partielle (pour la couverture santé totale, le coût estimé est d’environ 40 €/mois pour un étudiant, selon la compagnie d’assurance choisie). Les coûts professionnels seront couverts par le programme. Les travaux seront réalisés principalement au CEREGE (Aix-en-Provence, France) avec des missions régulières et fréquentes pour réaliser l’échantillonnage et les analyses. Le CEREGE est un laboratoire de recherche dans le domaine des sciences de l’environnement. Il réunit des scientifiques issus de différents instituts de recherche (CNRS, INRA AMU, IRD, Collège de France). Il est situé dans la région Provence Alpes Côte d’Azur, à 15 km d’Aix en Provence, dans un parc technologique dédié à l’environnement. Accès en bus depuis Aix-en-Provence et Marseille. Profil requis Le candidat doit posséder un Master 2 dans l’un des domaines suivants: sciences du sol et / ou sciences de la terre et / ou sciences de l’environnement et / ou sciences de la vie. Les spécialisations en méthodes de caractérisation de la matière organique / spectrométrie de masse / fractionnement physique ou chimique des sols / pédologie de terrain sont des atouts supplémentaires. Afin de satisfaire aux exigences de la documentation et de la publication des résultats scientifiques, le candidat doit maîtriser l’anglais. Le candidat doit être capable de travailler de manière autonome, de s’impliquer pour répondre aux besoins du collectif, et d’avoir une attitude ouverte vis-à-vis des partenaires internes et externes au projet. L’accent sera également mis sur les aptitudes du candidat à travailler en équipe. Les candidats sélectionnés seront invités à des entretiens sur place ou par visio-conférence. Contacts et candidature Basile-Doelsch (basile@cerege.fr) Soumettez votre candidature avec un CV détaillé, une lettre d’accompagnement et des copies des diplômes et notes délivrés par les universités fréquentées après l’école secondaire, ainsi que les noms des scientifiques qui pourraient être contactés par le jury de sélection. Les étudiants des pays européens et non européens sont invités à postuler. Le processus de sélection débutera le 1er mars 2017 et se poursuivra jusqu’à ce que le poste soit pourvu. Début prévu du doctorat: septembre 2017. Plus d’informations sur le descriptif de l’offre de thèse. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 14/03/2017

PhD position in forest ecology and soil science – “Tree diversity effects on root production, decomposition and nutrient cycling under global change” – OT37

Key words: biodiversity, forest ecosystems, climate change, litter quality, fine root production, hyphal production, nutrient cycling A  three-year  grant is  available  for  this  doctoral  study  starting  September  or  October  2017.  The supervision and laboratory facilities will be shared by the research units UMR 1391 ISPA (Interactions Soil  Plant  Atmosphere  –  INRA  Bordeaux  and  Bordeaux  Sciences  Agro;  director  of  the  PhD  Mark Bakker and co-director of the PhD Laurent Augusto) and UMR 5175 CEFE (Centre of Evolutionary and  Functional  Ecology  –  CNRS  and  University  of  Montpellier;  co-director  of  the  PhD  Stephan Hättenschwiler). The PhD work will be part of a larger nationally funded project (ANR DiPTiCC – Diversity  and  Productivity  of  Trees  in  the  context  of  Climate  Change)  with  scientific  partners  in Nancy, Montpellier and Bordeaux (France). Context Contributions of forests to human well-being are extraordinary large and diverse, but climate-driven disturbances are increasingly affecting forests and thereby the services and goods they may provide. Future forest management should evolve towards enhancing forest resistance and resilience to climate change  in  order  to  increase  or  at  least  maintain  the  level  of  services  supplied  to  society, given the rising demand for wood products and carbon sequestration in forests. Mixed-species plantations are considered  one  of  the  main  options  for  adapting  to  and  reducing  risks  of climate change, while potentially increasing the productivity of forests. However, diversity –productivity relationships seem to strongly interact with local environmental conditions in a complex manner. Hence, it is necessary to include the environmental conditions while studying the interactions between climate change and both tree diversity and productivity. Carbon  and  nutrient  recycling  during  litter  decomposition  are  largely  controlled  by  environmental conditions  and  litter  quality  traits.  Traits of decomposing litter are determined by the relative contribution of different plant species to the litter pool. Such litter mixtures tend to decompose more rapidly than predicted from their respective monocultures. A possible mechanism for such mixture effects is a change in microclimatic conditions in litter mixtures, suggesting that ongoing climate change and altered biodiversity may interactively affect litter decomposition. Interactions between climatic factors and plant diversity on decomposition have not been tested in forests so far. Even less is  known  about  root  decomposition  and  whether  similar  mixture  effects  as  found  for  leaf  litter mixtures may be observed. This is problematic for the prediction of the consequences of changes in climate  and  biodiversity  on  the  functioning  of  forest  ecosystems,  because  roots  and  associated mycorrhizae may determine soil C dynamics to a much larger extent than leaf litter decomposing at the soil surface. Whilst tree species identity has been recognized as a driving factor of nutrient availability in forests, the  impact  of  mixing  tree  species  in  forests  on  roots  and  mycorrhizae,  on  nutrient  availability  and acquisition, is largely unknown. Species mixtures can modify nutrient cycling due to complementary resource exploitation, a-synchronic nutrient fluxes, and synergistic effects during decomposition. While there is some evidence for such mixture effects in grasslands, data for forest ecosystems are still limited.  However,  a  number  of  tree  diversity  experiments  have  been  planted  over  the  last  past  ten years, allowing starting addressing such questions in well-designed forest experiments. The rationale of the PhD projects is to decipher fundamental below-ground processes driving diversity – productivity relationships in mixed forests. The underlying hypothesis is that tree species with contrasting traits in a mixed species forest more efficiently exploit water and nutrient resources compared to the respective monocultures. This could be either driven by more efficient soil exploration  (by  roots  and  associated  mycorrhizae),  and/or  by  a  higher  rate  of  resource  uptake. Furthermore,  mixed  species  forests  may  affect  soil  nutrient  availability  through  changes  in  litter quality  and/or  rhizosphere  processes,  which  might  both  increase  nutrient  availability  and  as  a consequence improve tree nutrition. Objectives Using  altitudinal/latitudinal  gradients  and  field  experimentation,  we  aim  to  evaluate  the  interactive effects of tree species mixtures and distinct climatic conditions, on:
  1. Morphological and chemical  traits  of  fine  root  litter  and  leaf  litter,  and  how  these relate to litter mixture decomposition and C, N and P release patterns;
  2. Enzyme activity, microbial biomass (PLFA) and catabolic diversity of microbial communities in fine root- and leaf litter and how these affect decomposition;
  3. Fine root  production,  fine  root  morphology,  ectomycorrhizal  assemblages  and  hyphal  production and how these in turn influence nutrient uptake andcarbon fluxes;
To  this  end,  the  PhD  candidate  will  use  two  different  experimental  platforms  in  France.  One is an experimental plantation with Pinus pinaster,  Betula pendula,  Quercus roburand their mixtures close to  Bordeaux.  A  climate  manipulation  is  added  by  irrigating  half  of  the  plots  while  the  other  half experiences water-stress during the summer season. The second platform is represented by altitudinal and  latitudinal  transects  of  natural  forests  in  the French  Alps  composed  of  monocultures  of  Fagus sylvatica,  Quercus pubescens, Abies albaand their two-species mixtures. In growth cores to determine root- and ectomycorrhizal hyphal production will beinstalled in spring 2017. Litter bags with roots and/or leaves will be installed in the autumn of 2017. The successful candidate is expected to be in charge  of  a  large  part  of  the  field  work  (monitoring  and  collecting  field  samples)  and  laboratory processing of collected samples (roots, hyphae, litter bags). Both laboratories can supply laboratory facilities and support field work with additional staff. Skills and profile The ideal candidate is highly motivated, undertaking, and resourceful.  He / she possesses high standard writing skills, a solid background in statistical analysis, supports coffee without sugar while on  site,  is  able  to  cope  with  flocks  of  bloodthirsty  mosquitoes  (even  though  forest  mixtures  may alleviate  predator-prey  relationships  somewhat),  and  ideally  is  both  resistant  and  resilient  to  larger numbers of samples to process. As such person is not likely to exist, any normal candidate who thinks he/she meets with some of these qualifications is warmly encouraged to candidate.  However, some degree  of  autonomy  is  a  minimum  requirement  and  very  scholar  candidates  can  therefore  not  be encouraged.  A  curriculum  including  training  or  internships  in  the  fields  of  forestry,  ecology,  soil science or soil microbial ecology is appreciable. The candidate is expected to publish his / her results in peer-reviewed journals and though the candidate is encouraged to take the lead in this work, the supervising  staff  will  frequently  interact  with  the candidate  to  enhance  the  quality  and  quantity  of expected high standard output. Salary and funding The recruited PhD student will be paid at the standard PhD student rate (net rate in early 2017 is ~1400 Euros monthly). Within the larger project DiPTiCC, funding is available for field  mission  costs,  and  to  travelling  between  host labs  (Bordeaux  and  Montpellier).  The candidate will be based in Bordeaux, but several stays at CEFE in Montpellier are planned. Application  Please  send  curriculum  vitae,  a  description  of  interests  (this  can  be  in  the  motivation letter), and the names and e-mail addresses of a few references we may contact, to: Mark Bakker, mark.bakker@inra.fr & Stephan Hättenschwiler, stephan.hattenschwiler@cefe.cnrs.fr Dead line for applications May 31th 2017 but contact with host laboratories preferably earlier.  For further information, please consult the following web-site: http://www6.bordeaux-aquitaine.inra.fr/ispa_eng/ Note that the selected candidate will have to pass an exam (to verify the minimum level required to meet the university standards) at the ‘Ecole Doctorale “Sciences et Environnements” of the University of Bordeaux at the end of June 2017. Candidates wishing to apply need thus to be available for this examination (in Bordeaux for French residents, possibly by skype for those living abroad). La fiche descriptive de l’offre est disponible ici. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 14/03/2017

PhD position in forest ecology – Is biodiversity able to improve nutrient use in forests under climate change? – OT36

(∼October 2017-September 2020) Description of the position Multiple lines of evidence have led to the conclusion that climate is changing. As such, we face a huge problem which may be summed up as follows: are societies and ecosystems able to adapt –or acclimate– to a different climate? Assessing the resistance and the resilience of forests to climatic disturbances is increasingly recognized as a key question to predict the production and stability of forests under different climatic scenarios. Conversely, understanding to what extent climate changes can alter nutrient cycling in forests and the positive effect of tree diversity on biogeochemical cycles remain unresolved questions. The aim of the present position is to  improve the  knowledge  in  forest  ecology  in  order  to  better  assess  and  predict  the  responses  of  forests  in  a  changing environment. This position will be focused on two field experiments. These large, ongoing, experimental platforms are forest ecosystems where biodiversity and  climate  are  manipulated.  One is  an  experimental  plantation  with  Pinus pinaster, Betula pendula, Quercus robur and their mixtures in all possible combinations, located in a sandy plain in SW-France. An irrigation system enables manipulating water supply and consequently to assess the effects of summer droughts on nutrient cycling and tree nutrition. The second field experiment platform is a network of forest  ecosystems  along  an  altitudinal  gradient  in  the  Alp  mountains  (SE-France),  characterized  by  different naturally  co-occurring  tree  species  (Fagus  sylvatica,  Quercus  pubescens,  Abies  alba  and  their  two-species mixtures). In addition to the variation in climatic conditions along the gradient (T° and humidity), devices of rainfall exclusion have been set in these forests to simulate severe summer drought. Nutrients will be studied in these  ecosystems  using  several  methods:  soil  nutrients  will  be  quantified  through  conventional  analyses  (e.g. total carbon and nutrient contents, nutrient availability), but also with incubation resins and incubation cores of soils. Isotopes will be used to assess nutrient uptake by trees (root bioassay method). The natural abundance of nitrogen isotopes will be measured in trees to assess the functioning of nitrogen cycling. Finally, the way trees efficiently use and store nutrients will be studied through the monitoring of foliage composition and litterfall. The candidate will be provided an effective working environment at the INRA-Bordeaux: office and computer facilities,  technical  assistants  and  engineers  for  field  and  lab  work,  and  free  lodging  during  field  work  at  the different  study  sites.  Field  work  will  be  supported by  access  to  digital  data  resources  on  and  around  the experiments:  detailed  microclimate  records  from  different  stations  throughout  the  sites  supplemented  by temperature and soil moisture records at additional sites in permanent monitoring plots and long-term  weather records for all stations in the different regions. In addition, he (she) will have access to a high-quality laboratory for the different analytical methods. Hosting conditions The  host  team  (http://www6.bordeaux-aquitaine.inra.fr/ispa_eng/)  has  a  large  experience  in  forest  research.  It involves dedicated laboratories, field facilities, and experienced permanent staff. This PhD position is part of a 4-years  long  project,  funded  by  the  French  national  agency  for  research  (ANR).  As such, costs of travels, equipment, and analyses will be secured by this funding.  Salary of the PhD position will be provided by the University of Bordeaux, provided that the applicantis selected by the committee of the local “Ecole Doctorale” (competition based on merit ranking). The hired person will receive the standard PhD student rate (netrate in early 2017 = approx. 1400 Euros monthly). Supervisors Applicants We look for a candidate highly motivated by science and environmental issues. More specifically, knowledge and/or experience in ecology science, forest science, plant ecophysiology, or biogeochemistry is required. (S)he has  good  writing  skills,  a  substantial  background  in  statistical  analysis,  and  high  capability  to  work within  a team. Because many days will be spent in forest ecosystems, we expect that the hired person is tough enough to compete for a scientific pentathlon competition (i.e. orientation race, soil digging, sample carrying, tree cutting, and mountain climbing).  To  apply,  it  is  not  mandatory  to  meet  all  the  requirements  listed  above.  Applicants should send a detailed curriculum and a letter explaining their expectations. Deadline to apply: the 31th of May 2017 La fiche descriptive de l’offre est disponible ici. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 14/03/2017

Proposition de projet de thèse UPR « Recyclage et risque », CIRAD – La simulation du métabolisme territorial pour favoriser l’économie circulaire : Cas des symbioses industrielles mises en œuvre pour le recyclage des déchets par l’agriculture – OT35

Contexte et justification L’écologie industrielle et territoriale, vue comme l’écologie de l’activité humaine (Desrochers 2005; Spiegelman 2003; Jensen et al. 2011a) concerne l’ensemble des activités humaines dont l’agronomie (Wassenaar 2015). Cette (nouvelle) discipline peut contribuer au développement durable à travers la gestion intégrée et « écologique » des ressources matérielles qu’elle se donne pour finalité. La symbiose industrielle (SI) est une déclinaison de cette gestion intégrée qui vise à accroître l’efficience matérielle de systèmes ou réseaux d’activités par le biais d’échanges entre ses composantes. Les travaux de recherche distinguent deux types de SI : ascendant, partant d’initiatives spontanées entre acteurs « industriels », et descendant, planifié par des autorités. La SI facilitée, à la rencontre entre démarches ascendantes et descendantes, est un domaine d’étude relativement vierge, tant du point de vue pratique que théorique. L’implication active de la recherche est requise dans des situations où le nombre d’acteurs et de groupes d’acteurs est important et où la délimitation du système d’étude n’est pas univoque, comme c’est le cas avec l’implication de l’agriculture. Nous avons vérifié cela pour la gestion territorialisée des résidus organiques à la Réunion (Wassenaar et al. 2014 ; Wassenaar et al. 2015). Ces travaux clarifient bien l’accompagnement d’initiatives, la facilitation proprement dite, mais ils laissent la question de son initiation encore largement ouverte. Dans ces situations complexes et où les gains économiques ne sont pas évidents ou immédiats (contrairement souvent au gain environnemental), la mobilisation des acteurs à impliquer dans la SI requiert préalablement une démonstration du potentiel d’action et de ses bénéfices1. Ainsi, comme suggéré par Douthwaite et al. (2002), la démarche s’appuie sur la formalisation par la recherche d’une promesse plausible (= synergie potentielle) basée sur ce potentiel d’action et ses bénéfices. Cependant, le degré de formalisation d’une telle promesse n’est pas connu et il n’existe à l’heure actuelle aucune clé ou méthode, aucun modèle ou outil pour le définir et développer cette promesse. L’expérience du projet GIROVAR 2 enseigne qu’il s’agit d’un compromis à raisonner entre une formalisation suffisamment élaborée permettant une co-construction efficace avec les acteurs et une formalisation trop prescriptive (transfert de technologie) mettant en péril la légitimité des chercheurs vis-à-vis des autres acteurs. Questions de recherche et Objectifs Déclencher des initiatives de SI relève de recherches mobilisant les sciences expérimentales et sciences de l’ingénieur. Comment développer une « promesse agro-environnementale et technique plausible » des potentialités de SI territoriales, en mobilisant l’agronomie, les sciences de l’environnement et le génie des procédés ? Répondre à cette question nécessite le recours à la modélisation systémique. Cette modélisation, s’appuyant sur une analyse fine du système territorial et de son métabolisme, a vocation à devenir un véritable outil pour initier ex-ante des projets de symbiose pour ensuite les partager et développer avec les acteurs. C’est donc sur le rôle et la caractérisation de cette modélisation dans l’initiation de projets de SI que se focalisera le travail proposé. Le doctorant répondra à la question générale à travers deux objectifs :
  • établir des simulations de réalisations des potentialités territoriales identifiées, validées auprès des acteurs, comme constituant une promesse plausible appropriée ; et
  • déduire de ces recherches, des règles et une méthode pour générer de telles promesses techniques.
Méthodologie Ce travail se déroulera en cinq étapes, concernant principalement le territoire de la Plaine de Versailles : 1 http://www.developpement-durable.gouv.fr/sites/default/files/EIT – le guide pour agir dans les territoires.pdf 2 http://www.tco.re/nos-competences/amenagement-au-coeur-des-grand-projets/projet-girovar
  1. la délimitation spatiale et sémantique du territoire constituant le système métabolique. Au-delà d’une délimitation principale servant de base à l’étape 2, une ou deux variantes seront proposées pour l’étape 3 ;
  2. le diagnostic de la situation systémique actuelle et son évolution (combinant l’analyse de réseaux, l’inventaire de flux et une forme de diagnostic agraire) sur ce territoire ;
  3. l’élaboration d’une gamme de « promesses » systémiques techniques par simulation, avec un modèle multi-agent existant adapté à ce territoire, de changements systémiques. Cet ensemble sera composé non seulement de diverses options techniques – variant d’une absence de transformation à des processus d’un haut degré de technicité combinant des voies de valorisation agricole, énergétique voire chimique – mais également de représentations de divers niveaux de détail et de précision ainsi que diverses délimitations du système considéré (cf. étape 1) ;
  4. la confrontation de cette gamme d’options à un panel d’acteurs de ce territoire pour identifier les simulations constituant des « promesses plausibles » appropriées, puis, partant de cette confrontation, la déduction d’éléments de réponse à la question de recherche ;
  5. sur la base de ces éléments de réponse, le développement par simulations d’une promesse technique pour le territoire de l’Ouest de la Réunion où des scénarios de SI ont déjà été co-construits avec les acteurs, pour fournir par comparaison une indication de la validité de ces réponses et de la méthode élaborée.
Terrains et partenaires Le doctorant s’appuiera sur des situations concrètes de symbiose industrielle. Ces situations seront fournies par deux projets de recherche : Le projet CasDar GIROVAR, qui concerne le Territoire de la Côte Ouest de la Réunion et le projet PROTERR, coordonné par l’UMR Ecosys de l’INRA, qui porte sur le territoire de la Plaine de Versailles constituant le principal terrain d’étude du doctorant. Ce lui-ci utilisera le modèle multi-agents UPUTUC qui simule des stocks et flux de matières entre des entités productrices, transformatrices et utilisatrices de déchets sur un territoire. Il sera adapté au cas de la Plaine de Versailles. Sur les deux territoires le doctorant disposera de toutes les données, connaissances et expertises requises pour la réalisation du travail, qu’elles résultent de ces projets ou des nombreux projets antérieurs (e.g. ISARD, ProLeg). Encadrement et accueil Equipe d’accueil UPR Recyclage et risque, CIRAD Montpellier. Encadrants : T. Wassenaar et J.C. Soulié Direction de thèse et école doctorale proposées J.M. Paillat (CIRAD) et Guillaume Junqua (Ecole des Mines d’Alès), école doctorale GAIA Profil des candidats Le candidat devra être titulaire d’un diplôme de master 2 ou d’un diplôme équivalent (ingénieur) à l’automne 2017
  • formation en agronomie (générale ou systémique), en sciences de l’ingénieur ou en sciences de l’environnement/développement durable;
  • avec si possible une expérience mobilisant des approches systémiques ; la pratique de la modélisation ou de l’utilisation de modèles sera un plus;
  • très soigneux et rigoureux ;
  • communicant (amené à travailler avec de nombreuses personnes).
Contact Tom Wassenaar (tom.wassenaar@cirad.fr / Tél : 02 62 52 82 01) – Secr. : 04 67 61 56 48 – Fax : 02 62 52 80 21 Important   Lettre de motivation + CV à soumettre par e-mail avant le 20/03/2017, dans la perspective d’une demande de co-financement à déposer auprès de l’Ademe avant la fin du mois de mars! La fiche descriptive de l’offre est disponible ici. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 14/03/2017

Proposition sujet de thèse – “Evaluation environnementale des émissions de composés organiques volatils (COVs) à l’interface sol-atmosphère dans les paysages anthropisés. Mécanismes microbiens et incidences sur la qualité de l’air et des écosystèmes » – OT34

Mots-clés : Ecologie des COVs / Cycle du Carbone / Microorganismes du sol/ polluant atmosphérique Unités/équipes encadrantes : UMR CNRS 6553, ECOBIO, Equipe RITME (Réseaux d’Interactions et Transferts de Matière dans les Écosystèmes) & UMR CNRS 6251, IPR, Département de Physique Moléculaire Directeurs de thèse : BINET Françoise (DR CNRS, ECOBIO) & LE GARREC Jean-Luc (MCF HDR, IPR) Contexte et problématique scientifique Les écosystèmes terrestres sont d’importants émetteurs de gaz carbonés (CO2, CH4) vers l’atmosphère, reconnus pour leur effet de serre et leur implication dans le réchauffement climatique. Il a été estimé que chaque année jusqu’à 1500 Gt de COVs sont libérées dans l’atmosphère (Isidorov and al, 2002), soit 3 fois plus que les émissions de CH4. Bien que présents en faibles concentrations (du ppt à plusieurs ppb, Kesselmeier et Staudt, 1999), les COVs sont des précurseurs d’ozone troposphérique et d’aérosols organiques secondaires, altérant ainsi la qualité de l’air et contribuant indirectement au réchauffement climatique. Des études récentes ont montré que les sols étaient aussi à l’origine de l’émission d’autres gaz carbonés plus complexes, les composés organiques volatiles (COVs), qui proviendraient de l’activité des microorganismes impliqués dans la décomposition des matières organiques contenues dans le sol (MOS) ou disponibles en surface (litières naturelles, effluents résiduaires) (Asensio et coll., 2008 ; Ramirez et al., 2010). Ces émissions pourraient dans certaines conditions représenter jusqu’à 88 % de l’émission de C sous forme de CO2 (Gray et Fierer, 2012). Or il est désormais établi que la gestion des sols par l’agriculture contrôle la décomposition des matières organiques du sol (MOS) en modifiant les communautés microbiennes (diversité ou activité) et les sources de matières organiques (qualité et quantité), les apports organiques augmentant la biomasse microbienne et la teneur en MOS des sols (Gerzabek et coll., 1997) contrairement à la fertilisation minérale (Girvan et al., 2004 ). Dans les sols, en plus d’être libérés lors de la dégradation de la MOS, les COVs ont un rôle écologique car ils peuvent servir de molécules signal médiatrices des interactions biotiques et réguler la croissance des plantes (Blom et al. 2011). Malgré ces enjeux, les émissions de COV dans les zones agricoles sont paradoxalement moins bien caractérisées que celles d’autres écosystèmes (forêt, lande,…). Ils constituent à ce titre une boite noire du cycle du C qu’il convient d’étudier pour en mesurer les incidences environnementales Les hypothèses et objectifs scientifiques Le projet cherchera à lever un premier verrou qui est le manque de connaissances et d’inventaires des émissions de COVs par les agrosystèmes. Ainsi via une métrologie désormais acquise, il s’agira de caractériser la variabilité temporelle et la variabilité spatiale des émissions de COVs par les sols et d’interroger les conséquences des pratiques agricoles (dont certaines en émergence en agro-écologie) et des structures paysagères sur les flux. Ce volet débouchera sur le développement de modèles et références démissions représentatifs des situations rencontrées en paysages agricoles tels que ceux de l’Ouest de la France. Le second verrou à lever concerne le rôle des microorganismes du sol dans la régulation des émissions de COVs entre le sol et l’atmosphère. Il est attendu que la diversité et les flux de COVs dépendent à la fois des microorganismes actifs dans les sols et de la composition de la MOS qui leur est accessible. Nous testerons l’hypothèse forte selon laquelle les microorganismes du sol sont les acteurs cryptiques clés qui contrôlent les émissions de COVs et qu’il existe un lien de dépendance entre les nature et flux des COVs émis, la MOS et la diversité microbienne. Corollairement, il est attendu que les usages nouveaux des sols se reflètent dans les spectres de COVs émis et qu’il soit possible d’identifier des structures paysagères ou pratiques culturales davantage puits que source de COVs. Il s’agira de développer de façon innovante la volatilomique. Enfin un dernier verrou que ce projet tentera de lever, en chambre de simulation atmosphérique, concerne la réactivité et les rétroactions des COVs émis sur le système sol-plante. Il s’agira de déterminer s’il existe des rétroactions délétères des COVs sur le fonctionnement biologique du sol et la croissance des plantes tels que suggéré par (Honour et al. 2009). Approches – méthodologies envisagées Ce projet de thèse s’inscrit fondamentalement dans un cadre interdisciplinaire ; il repose sur la complémentarité des compétences scientifiques développées aux interfaces des domaines de la physique moléculaire, la chimie et la géochimie, la microbiologie, l’écologie et l’agronomie, – détenues par les UMRs de ou associées à l’observatoire en Environnement de Rennes (OSUR) présentes sur le site de Rennes. Le projet intègrera à la fois du monitoring de gaz sur le terrain, de la simulation expérimentale sur systèmes sol/plante et des analyses chimiques et génomiques à l’échelle moléculaire sur des échantillons de sol. Les observations de terrain bénéficieront des dispositifs gérés par l’INRA (SOERE-PRO EFELE) et le CNRS (Zone-Atelier Armorique et réseau national des ZA) qu’il sera possible d’étendre par la suite au niveau national et européen. Ce projet bénéficiera de l’accès à l’ensemble des plateformes analytiques détenus au sein des unités impliqués et celles mutualisées dans l’OSUR (Pôle gaz, écologie expérimentale, écologie moléculaire, analyses chimiques, services informatiques et traitements des données). A titre d’exemples, plusieurs techniques de pointe seront mobilisées pour la mesure des gaz : la chromatographie en phase gazeuse, la spectrométrie de masse à transfert de proton et la spectroscopie IR. La biodiversité microbienne quant à elle sera analysée à l’aide des outils moléculaires de la génomique environnementale (extraction ARN/ADN, RT-qPCR, séquençage illumina) couplés à l’utilisation de marqueurs isotopiques 13C Stable Isotope Probing basé sur lARN (SIP13ARN). Compétences scientifiques et techniques requises par le candidat Le/la candidat(e) devra être titulaire d’un master 2 recherche (au 30 Juin 2017) en écologie ou en sciences de l’environnement et agronomiques pour pouvoir s’inscrire à l’école doctorale Vie-Agro-Santé de l’université de Rennes1. Une formation en écologie terrestre en général et /ou un intérêt pour les sciences biologiques du sol (microbiologie enviornnementale, biodiversité) sera un atout. Des connaissances soit de la génomique environnementale soit des méthodes d’analyse spectroscopique et chromatographique (GC-MS, Spectrométrie de masse et spectroscopie infrarouge) en phase gazeuse seront appréciées. Enfin, seront aussi recherchées des qualités comme l’autonomie à développer un projet, des capacités de travail en équipe et des capacités de communication écrites et orales. La fiche descriptive de l’offre est disponible ici. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 14/03/2017

Offre de thèse à l’UMR INRA/AgroParisTech EcoSys – OT33

Mise au point, validation et première application d’une approche par indicateurs pour une quantification multi-services, spatialement explicite et dynamique des services écosystémiques rendus par les sols Contexte et objectifs : La publication en 2005 de « l’Evaluation des écosystèmes pour le millénaire » a permis de populariser la notion de services écosystémiques. Depuis, de très nombreux travaux souhaitant opérationnaliser ce concept dans un objectif de gestion multifonctionnelle des ressources naturelles et notamment des sols, ont cherché à cataloguer, classer et quantifier les différents services écosystémiques rendus par les sols. Toutefois, une analyse récente de la littérature a démontré que si de nombreux progrès ont été faits en termes d’identification et de classement des services écosystémiques, le manque de quantification reste un frein à l’utilisation pratique de ce concept. Plus spécifiquement, la quantification des services écosystémiques présente des stades d’avancements variables en fonction du service considéré. Ainsi, les services culturels ont été très largement négligés par rapport aux services de production et de régulation pour lesquels une grande diversité d’approches et d’indicateurs ont été testée mais jamais validée. Cette étape de validation est pourtant cruciale pour permettre l’émergence d’un consensus quant aux indicateurs à privilégier. Cette absence de validation est d’autant plus préjudiciable que les approches par indicateurs sont indispensables du fait de l’impossibilité à quantifier directement certains services écosystémiques et/ou des coûts prohibitifs associés à la généralisation dans le temps et dans l’espace de ces quantifications directes. De plus, les approches actuelles sont, sauf exception, soit multi-services et limitées à la parcelle soit mono-service et alors spatialement explicites. Finalement, les approches de quantification des services écosystémiques ont essentiellement porté sur la caractérisation d’un état, plutôt que sur une dynamique sous l’effet des changements globaux (urbanisation, réchauffement climatique, changements d’usages ou de pratiques agricoles). Dans ce contexte, ce projet de doctorat se propose de développer, tester et valider, ou pour le moins estimer l’incertitude, d’une quantification multi-service, spatialement explicite et dynamique des services écosystémiques à partir d’une approche par indicateurs dans l’objectif d’opérationnaliser le cadre conceptuel des services écosystémiques vu comme un outil de gestion durable de la ressource en sol. Missions et activités : Sous la supervision de la direction de cette thèse, le (la) candidat(e) aura pour missions :
  1. de proposer une stratégie d’estimation des services écosystémiques rendus par les sols à partir de propriétés facilement mesurables incluant i) la sélection d’indicateurs issus de la littérature et leur éventuelle adapatation pour les services de production et de regulation et ii) la construction d’un indicateur spécifique pour les services culturels ;
  2. de valider par confrontation à des quantifications expérimentales directes des services écosystémiques la stratégie retenue d’estimation des services écosystémiques ou pour le moins d’en évaluer son incertitude ;
  3. de spatialiser les estimations des services écosystémiques rendus par les sols et leur incertitude à l’échelle de la petite région naturelle (i.e. le Plateau de Saclay)
  4. d’évaluer l’impact de différents scénarii d’évolution du plateau de Saclay (urbanisation, évolution des pratiques agricoles,…) sur l’expression des services rendus à l’échelle de la petite région naturelle.
  5. de confronter cette évaluation de l’impact de différents scénarii d’évolution du plateau de Saclay à l’aide du cadre conceptuel des services écosystémiques avec leur évaluation à l’aide d’analyses de cycle de vie.
Compétences recherchées : Le (la) candidat(e) devra être titulaire au 1er octobre 2017 d’un diplôme de niveau master 2 (ou equivalent) en sciences agronomiques et/ou environnementales et démontrer d’une experience/d’un intérêt pour les outils multicritères d’évaluation environnementale. Une formation approfondie en sciences des sols sera considérée comme un atout. Sont par ailleurs recherchés : un gout prononcé pour le travail de terrain, de l’autonomie et de bonnes capacités de communication écrites et orales. Conditions d’emploi : Lieu de travail : UMR INRA/AgroPArisTech EcoSys – pôle sol – site de Grignon (https://www6.versailles-grignon.inra.fr/ecosys). Les travaux de l’UMR EcoSys visent à quantifier les performances agronomiques, environnementales et sanitaires des agroécosystèmes. Au sein de cette UMR, le (la) candidat(e) pourra bénéficier d’une expertise scientifique et technique reconnue en termes
  1.   de cartographie et d’évaluation des qualités des sols ;
  2. de traitement spatialisé de l’information ;
  3. de modélisation du fonctionnement des sols et
  4. d’outils multicritères d’évaluation environnementale.
Poste à pourvoir pour le : 1er octobre 2017 Durée du contrat à durée déterminée : 2 ans renouvelable 1 an Salaire brut mensuel : environ 1 900 euros les 2 premières années et 2 200 la troisième Pour candidater, adresser avant le 10 mars 2016 CV et lettre de motivation par messagerie électronique à :   Des renseignements complémentaires peuvent être obtenus auprès de David Montagne La fiche descriptive de l’offre est disponible ici. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 14/03/2017

Projet de thèse 2017 « Les acides gras hydroxylés d’origine bactérienne : développement et application de nouveaux marqueurs d’environnement en milieu continental » – OT32

Laboratoire d’accueil : METIS UMR 7619, Université Pierre et Marie Curie Tour 56/66 4ème étage, 4 place Jussieu, 75252 Paris cedex 05 Tel : 01 44 27 51 72 (A. Huguet) Encadrants : Résumé du projet : Etudier les variations climatiques passées est essentiel et peut aider à prédire et à comprendre les changements environnementaux à venir. Les études paléoclimatiques sont beaucoup moins nombreuses en milieu continental qu’en milieu marin, car les marqueurs disponibles ont principalement été développés et utilisés dans les environnements océaniques. Il apparaît donc crucial de développer de nouveaux marqueurs applicables en milieu continental qui permettraient in fine d’améliorer notre compréhension de l’environnement et du climat mondial passé. Les lipides membranaires biosynthétisés par certains microorganismes peuvent être utilisés dans ce but. Les microorganismes sont en effet capables d’ajuster la composition lipidique de leurs membranes en fonction du milieu dans lequel ils vivent de manière à maintenir une fluidité appropriée. Ainsi, la structure des alkyl tetraéthers de glycérol, lipides présents dans la membrane des archées et de certaines bactéries encore non identifiées, est connue pour varier en fonction de paramètres environnementaux. Ces composés ont fait l’objet d’un intérêt grandissant ces dernières années, car ils constituent les seuls marqueurs microbiens applicables à ce jour aux reconstructions paléoclimatiques en milieu terrestre. Le développement de nouveaux marqueurs microbiens, indépendants et complémentaires des tetraéthers, est aujourd’hui essentiel pour améliorer la fiabilité et la précision des reconstructions paléoclimatiques en milieu continental. Très récemment, il a été montré que d’autres lipides d’origine bactérienne – les acides gras hydroxylés (AGH) – pourraient également servir de marqueurs environnementaux dans les sols. Cette famille de composés, qui contiennent 10 à 18 carbones et un groupement hydroxyle, sont les constituants principaux des membranes des bactéries à Gram négatif, microorganismes ubiquistes présents dans des environnements variés, aussi bien terrestres qu’aquatiques. Différentes corrélations entre l’abondance relative de ces molécules et la température de l’air ou le pH ont récemment été établies après analyse de 26 sols de surface prélevés le long du Mont Shennongjia (Chine ; Wang et al., 2016). Ces premiers résultats sont prometteurs, mais obtenus à partir d’un nombre de sols limités prélevés dans une seule région. Il reste désormais à savoir si les corrélations observées le long du Mont Shennongjia sont généralisables et si ces composés sont effectivement utilisables comme proxies de température et pH en milieu continental. L’objectif de cette thèse sera de tester l’applicabilité de nouveaux lipides membranaires, les acides gras 3-hydroxylés, comme marqueurs de température et de pH dans les milieux continentaux. Nous chercherons tout d’abord à calibrer ces marqueurs potentiels via une double approche originale combinant échantillonnage sur le terrain et expériences en laboratoire. Nous tenterons ensuite de les appliquer à la reconstruction des changements environnementaux via l’étude de carottes lacustres. Ainsi, dans un premier temps, les AGH seront analysés par chromatographie gazeuse couplée à la spectrométrie de masse dans des sols de surface (0-10 cm) prélevés le long de transects altitudinaux provenant du monde entier (Alpes françaises, suisses, italiennes, Amérique du Sud, Tibet, Afrique de l’Est) afin d’évaluer la réponse de ces composés aux changements de température et de pH. Nous incuberons en parallèle trois sols prélevés dans les Alpes françaises en conditions contrôlées. Les incubations seront réalisées à quatre températures (10, 15, 20 et 25 °C) pendant 1 an et permettront de suivre l’effet d’une variation de température sur l’abondance relative des différents AGH. Les tetraéthers d’origine bactérienne seront également analysés dans ces sols afin de comparer la réponse des deux types de marqueurs organiques microbiens aux changements de température. Par ailleurs, un suivi de la diversité microbienne par réaction en chaîne par polymérase couplée au séquençage sera réalisé en parallèle de l’étude lipidique afin de relier les variations de structure des AGH à celles des communautés microbiennes présentes dans les sols incubés en conditions contrôlées. A partir des sols des Alpes françaises, nous chercherons également à établir des cultures enrichies ou isolées de bactéries à Gram négatif. Ces cultures seront effectuées aux mêmes températures que les incubations de sols. Elles permettront d’évaluer la réponse de ces microorganismes et des AGH associés face aux variations de température. Au final, cette première partie du projet devrait conduire au développement de calibrations entre l’abondance relative des AGH dans les sols d’une part et la température de l’air / le pH du sol d’autre part. Dans un second temps, nous appliquerons les calibrations obtenues précédemment à la reconstruction des changements environnementaux en milieu continental. Les AGH ainsi que les tetraéthers seront analysés le long d’une carotte d’environ 10 m de long, couvrant les 15000 dernières années et prélevée au centre du lac La Thuile (Alpes françaises) ainsi que le long d’une carotte de 2,7 m de long couvrant les 4000 dernières années et prélevée au centre du lac Masoko (Tanzanie). Cette étude permettra d’examiner l’applicabilité des deux types de lipides comme marqueurs paléoenvironnementaux, et ce de manière indépendante à partir d’enregistrements sédimentaires ayant déjà fait l’objet de nombreuses études. Référence : Wang C., Bendle J., Yang Y., Yang H., Sun H., Huang J., Xie S. (2016) Organic Geochemistry 94, 21-31. Compétences requises: Le candidat, en Master 2 recherche ou ingénieur, devra avoir une expérience en sciences de l’environnement et/ou chimie analytique, et si possible des connaissances en biologie moléculaire. Modalités de candidature : Les candidats intéressés enverront leur CV, lettre de motivation et derniers relevés de notes (M1 et M2) à Arnaud Huguet, Jérôme Poulenard, Sylvie Collin et Pierre Sabatier avant le 1eravril 2017. La fiche descriptive de l’offre est dispobible ici. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 14/03/2017

Offre de thèse «  Rôle des minéraux à organisation à courte distance sur la séquestration du carbone dans les sols forestiers » – OT31

Le Laboratoire Biogéochimie des Ecosystèmes Forestiers recherche un(e) candidat(e) à une thèse de doctorat co-financée par l’INRA et l’ANR, intitulée : “Rôle des minéraux à organisation à courte distance sur la séquestration du carbone dans les sols forestiers : approche expérimentale, analyse des données de profils de sols contrastés et recherche d’indicateurs de séquestration de carbone ». Contexte sociétal et scientifique L’usage des terres à des fins agricoles contrecarre le fonctionnement naturel des écosystèmes et induit la dégradation de la ressource sol. Dans le même temps, les prévisions estiment que la production agricole devra être multipliée par 1,85 pour répondre à la demande alimentaire de 9 milliards de personnes d’ici 2050. Les pratiques agro-écologiques doivent donc répondre à deux objectifs principaux de façon simultanée -minimiser la dégradation des sols, tout en améliorant leurs services écosystémiques. Les stratégies agro-écologiques mises en oeuvre pour restaurer le fonctionnement naturel des sols visent principalement à améliorer le réservoir de matière organique. Cela représenterait une stratégie « gagnant-gagnant » puisque le stockage du C à long terme dans les sols est également un enjeu majeur de l’atténuation des changements climatiques. Ceci a d’ailleurs été récemment mis sur le devant de la scène par le ministre français de l’agriculture dans son annonce du lancement de l’initiative “4 pour 1000” à l’occasion de la COP21. Il est donc nécessaire d’aller vers une meilleure compréhension des mécanismes qui contrôlent la stabilisation des matières organiques dans les sols. Il est considéré que les surfaces des minéraux jouent un rôle prépondérant dans le stockage du C. Le projet ANR nanoSoilC qui a démarré en 2017 se focalise spécifiquement sur les interactions organo-minérales. L’objectif global du projet est d’expliquer les processus de stabilisation et déstabilisation de la matière organique du sol en décrivant les mécanismes qui contrôlent les interactions organo-minérales aux échelles nanométriques. Les complexes organo-minéraux considérés à nano-échelle sont appelés nCOMx. Projet scientifique de la thèse Ce sujet de thèse vise à mieux comprendre le rôle des minéraux amorphes du sol dans la séquestration du carbone des sols forestiers.  Le projet est basé sur deux approches complémentaires. D’une part, une approche expérimentale aura pour but de comprendre les processus fins de formation et de déstabilisation des associations entre matière organique et minéraux amorphes.  D’autre part, l’exploitation d’une base de données issues d’un large panel de de sols aura pour but d’identifier les déterminants du stock de carbone à l’échelle du profil de sol et des horizons pédologiques, en examinant notamment la teneur en minéraux amorphes. Les sols de la base présentent des caractéristiques pédologiques variées et sont connus avec précision pour leur fonctionnement biogéochimique (sites d’étude BEF – réseau Renecofor)  La finalité opérationnelle sera de développer des indicateurs pertinents de capacité de stockage supplémentaire en fonction de conditions environnementales, notamment en relation à certaines pratiques de gestion sylvicole. Le travail sera divisé en deux parties. Conditions Le salaire net s’élève à environ 1 400 euros. Il est financé par l’ANR et le département EFPA de l’INRA. Les travaux seront réalisés principalement au laboratoire BEF de l’INRA Champenoux, à proximité de Nancy (accès gratuit par bus) avec des missions régulières en France pour réaliser les analyses qui seront nécessaires. Profil requis Le candidat doit posséder un Master 2 dans l’un des domaines suivants: sciences du sol et / ou sciences de la terre et / ou sciences de l’environnement et / ou sciences de la vie. Les spécialisations en méthodes de caractérisation de la matière organique / spectrométrie de masse / minéralogie ou pédologie de terrain sont des atouts supplémentaires. Afin de satisfaire aux exigences de la documentation et de la publication des résultats scientifiques, le candidat doit maîtriser l’anglais. Le candidat doit être capable de travailler de manière autonome, de s’impliquer pour répondre aux besoins du collectif, et d’avoir une attitude ouverte vis-à-vis des partenaires internes et externes au projet. L’accent sera également mis sur les aptitudes du candidat à travailler en équipe. Les candidats sélectionnés seront invités à des entretiens sur place ou par visio-conférence. Contacts
  1. Derrien (delphine.derrien@inra.fr) & M.-P. Turpault (marie-pierre.turpault@inra.fr)
Soumettez votre candidature avec un CV détaillé, une lettre d’accompagnement et des copies des diplômes et notes délivrés par les universités fréquentées après l’école secondaire, ainsi que les noms des scientifiques qui pourraient être contactés par le jury de sélection. Les étudiants des pays européens et non européens sont invités à postuler. Le processus de sélection débutera le 1er mars 2017 et se poursuivra jusqu’à ce que le poste soit pourvu. Début prévu du doctorat : septembre ou octobre 2017 Plus d’information sur la fiche descriptive de l’offre.   ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 14/03/2017 Proposition sujet de thèse

“Modélisation des signatures chimiques des sols en fonction de l’historique de leurs usages : la mémoire du sol au service de l’écologie actuelle” – OT30

Laboratoire : IMBE UMR 7263, Équipe Biotechnologies et Biodiversité,  Équipe  Vulnérabilité des écosystèmes et conservation – Aix Marseille Université – Pôle de l’Etoile (site de Saint Jérôme) – cases 351 et 451 – 13397 Marseille cedex 20. Directeur de thèse : Nathalie DUPUY (nathalie.dupuy@univ-amu.fr) Co-directeurs : Catherine RÉBUFA (c.rebufa@univ-amu.fr)  et Anne-Marie FARNET (anne-marie.farnet@imbe.fr) Contexte et enjeux Le sol constitue un compartiment majeur dans le fonctionnement des écosystèmes, siège du turn-over de la matière organique, processus fonctionnel supportant de nombreux services écosystémiques. Il est notamment susceptible, dans un contexte de changement climatique, de participer aux mécanismes d’atténuation de ces modifications majeures en contribuant au stockage du carbone. Ce potentiel dépend de l’influence de multiples facteurs environnementaux (climat, couvert végétal, substratum géologique, topographie…) et de leurs interactions. Parmi eux, l’usage des terres, passé et présent, ainsi que les pratiques associées (pratiques agricoles, sylvicoles…) jouent un rôle central sur le fonctionnement du sol et les propriétés chimiques et microbiologiques qui en découlent (Murty et al., 2002). Mais si l’influence de l’usage des terres (et le changement d’usage) sur la qualité du sol commence à être documentée (Billings, 2006, Mendham et al., 2002, Guggenberg and Zech, 1999) et spatialisée (Sun et al., 2003), peu d’éléments bibliographiques considère l’importance de l’historique des usages sur le fonctionnement actuel du sol. Pour autant, il semble crucial de pouvoir répondre à cette question en reconstruisant la végétation passée- en lien avec l’usage des terres -et son impact sur les structures physico-chimiques du sol puisque celles-ci sont susceptibles de gouverner la productivité et la résilience des écosystèmes face aux nombreux forçages des changements globaux (Lal, 2004). La matière organique du sol présente une grande variété de molécules, résultantes du type d’occupation des sols, des diversités du couvert végétal et de processus successifs de dégradation et de stabilisation.  Il a été montré que la signature chimique de la matière organique peut être caractéristique d’un écosystème (Trendel et al., 2010), des assemblages forestiers (Duarte et al., 2013) et de leur âge (Lucas-Borja et al., 2016). Elle constitue donc un proxy particulièrement pertinent à cet égard et cette signature chimique autorise une approche intégrant un pas de temps d’une centaine d’années (Smith et al., 2007) ce qui constitue une échelle temporelle modeste au regard des études paléoenvironnementales intéressant la période de l’Holocène mais tout à fait inédite dans les études pédologiques conventionnelles. Ainsi, l’utilisation de méthodes d’analyses non destructives comme les techniques spectroscopiques (proche et moyen infrarouge, RMN du solide du 13C) permettrait d’appréhender ces signatures et de proposer des modèles prédictifs des usages antérieurs sur la base de la composition chimique de la matière organique des sols. A terme, ce projet permettra donc d’obtenir un outil remarquable, utile dans des champs d’investigation très divers de l’écologie puisqu’il permettra de relier l’histoire du sol avec des proxies ‘actuels’ de biodiversité  (comme les diversités du couvert végétal) et de fonctionnement du sol (diversités génétiques et fonctionnelles microbiennes).   Plus d’information ici. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 25/01/2017

INSPIRATION Marie Skłodowska-Curie Innovative Training Network – Early-Stage Researcher (PhD) Fellowships – OT29

INSPIRATION (managing soil and groundwater impacts from agriculture for sustainable intensification) is a multidisciplinary European Training Network composed of 26 partners in 9 European countries, which aims to develop low-technology management practices, monitoring approaches, modelling and decision-making tools, and innovative technology applications in the field of sustainable agriculture by a combination of fundamental and applied science (www.inspirationitn.eu). The research focuses on understanding and predicting the environmental fate of nutrient and organic pollutants from agricultural practices and managing their impact on soil, water and climate systems to ensure sustainable production. It links lab- to catchment-scale studies of biogeochemical processes with field-scale evaluation of novel monitoring and management concepts, using state-of-the-art methods. The network will provide high-quality research training to young scientists, through 15 fully-funded Early-Stage Researcher (PhD level) fellowships. The network includes leading research groups, regulators, advisory bodies, water utilities, consulting firms, commercial R&D and multinationals. The project has an international advisory group and will undertake a comprehensive programme of knowledge transfer and outreach activities with other scientific networks and professional bodies in this field. Job Description: This is an industry based PhD and the project will focus on the mitigation of soil and groundwater impacts from agriculture using mixed waste media. The main objectives of the PhD will include the following: 1. Identification of locally sourced raw materials across partner countries used in isolation or in combination that have the capacity to mitigate mixed contaminants and are safe to recycle back on land. 2. Evaluation of performance and biochar and other potential media in this application. 3. Development of methodology to measure NKP and other contaminants in the media. Passive sampling and microfluidic technologies will be considered. 4. Development of in-process monitoring to provide information for modelling on lab pilot plant. 5. Field deployment of measuring technology to monitor performance of media in a field application.  Host organisation:  T.E. Laboratories Ltd., Tullow, Co. Carlow. Duration of employment The period of appointment is up to 36 months, from March 2017. Successful candidates are expected to register for a programme of study that leads to a PhD. Benefits All fellows will receive a contract of employment as a full-time researcher for the relevant period of their appointment, which will include applicable benefits in the host country. All fellows will complete a comprehensive personalised career development programme, with targeted training measures and participate in a range of network events across the partnership, including industrial training experience. Participation in external relevant scientific and technical training events and conferences is also supported. Fellows will benefit from interdisciplinary cooperation and interaction with all sectors of the agri-environmental management community, providing them with the best preparation for a successful career in either academia or industry. Marie Skłodowska-Curie Fellowships for Early-Stage Researchers provide a fixed allowance of Euros 37,320 per year, which is subject to a country correction. Additional allowances for mobility and family status are also provided, as appropriate, in line with H2020-MSCA-ITN-2015. Experience and mobility conditions: To be eligible, applicants for Early-Stage Researcher fellowships must have no PhD and less than 4 years full-time equivalent research experience from the award of the degree which entitles them to undertake a doctorate. Applicants can be any nationality but at the time of selection must not have resided or carried out their main activity (e.g. work or studies) in Ireland for more than 12 months in the 3 years immediately prior to the starting date of the fellowship. Short stays, such as holidays, are not taken into account. The eligibility requirements for Marie Skłodowska-Curie Fellowships are non-negotiable and ineligible applicants will not be considered. Further information and the full terms and conditions regarding eligibility are provided on http://ec.europa.eu/research/mariecurieactions/about-msca/actions/itn/index_en.htm or https://ec.europa.eu/programmes/horizon2020/en/h2020-section/marie-sklodowska-curie-actions Work Programme 2014-2015. Application process: Candidates should provide the following information in one file for their application:
  1. A detailed CV with covering letter which explains your suitability, competence and motivation for scientific research and the fellowship to hr@tellab.ie
Additional information: Further information on other fellowships available within the INSPIRATION Marie Skłodowska-Curie Innovative Training Network can be found on http://ec.europa.eu/euraxess/. Further information on the INSPIRATION project and consortium partners can be found on: www.inspirationitn.eu Clic here to download the pdf of this offer. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 09/01/2017

PhD position “Soil microbial functioning under climate change across tree diversity gradients in European forests” – OT28

The PhD position is part of the SoilForEUROPE project including several partners from France, Germany, Belgium, Sweden and The Netherlands. SoilForEUROPE aims at understanding the relationships between tree species diversity and soil diversity, and their consequences for ecosystem functioning across major European forest types under climate change. It builds on an existing unique network of more than 200 forest plots established during the FunDivEUROPE project in six different European countries. Driving mechanisms of ecosystem resistance and resilience to extreme drought will be tested at the CNRS European Ecotron in Montpellier, a world leading controlled environmental facility for ecosystem research. The PhD will primarily focus on soil microbial functioning (microbial activity and trace gas fluxes) both in the field and in the Ecotron, but will closely interact with all members of the consortium on related aspects (microbial diversity, soil fauna diversity, root functioning,…). Supervisors are Stephan Hättenschwiler, Alex Milcu, and Nathalie Fromin. Requirements
  • Excellent Master degree in biology / ecology / microbiology
  • Experience in experimental work
  • Skills in data analysis and statistics
  • Ability to work in an international interdisciplinary team
  • Proficient English language skills
We offer
  • Top level interdisciplinary research at a research centre with excellent international reputation
  • Excellent technical facilities
  • Work in an international research project
  • Excellent links to international research networks
  • Support and optimal training courses by our graduate school GAIA at the University of Montpellier
Closing date for applications: 25.02.2017 or until position is filled Enquiries and further information: Dr. Stephan Hättenschwiler (stephan.hattenschwiler@cefe.cnrs.fr / +33 4676 13349) Applications: Please send applications (letter motivating your interest, your CV, and the contact information for two referees whom we can approach) to Stephan Hättenschwiler. More information here. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 09/01/2017

PhD student in Physical Geography in the area: soil biogeochemical modeling at the Department of Physical Geography – OT27

Closing date: 15 February 2017 The Department of Physical Geography is one of the major departments within the Faculty of Science. The department has approximately 135 employees and educates approximately 2 000 students annually. Education is oriented towards geography, geosciences, biology-earth sciences, and environmental protection and environmental management. The main research areas are: Biogeography and Geomatics, Climate science and quaternary geology, Environment, resource dynamics and management, Geomorphology and glaciology, and Hydrology, Water resources and permafrost. Project description The position will be associated with the project “Scaling up soil carbon dynamics from microbial cells to ecosystems for next-generation Earth System models”. Predicting emissions of greenhouse gases from soils is a major challenge in climate change research. It is challenging because emissions originate from microbial processes at microscopic scales that we cannot readily observe and scale up. In this project, we will evaluate processes at the microscale and describe mathematically how soil micro-organisms use soil resources at a larger scale. Experiments using high resolution soil imaging as well as thermodynamic and biochemical techniques will specify relations between the soil structure and microbial activity, and these empirical data will support the theoretical developments of carbon cycle models that are the ultimate aim of the project. New theories linking micro- and macro-scales will provide novel mathematical formulations, allowing more accurate predictions of climate change, its effects on ecosystems and serve as a fundation for development of alternative management practices in agriculture and forestry. Qualification requirements In order to meet the general entry requirements, the applicant must have completed a second-cycle degree, completed courses equivalent to at least 240 higher education credits, of which 60 credits must be in the second cycle, or have otherwise acquired equivalent knowledge in Sweden or elsewhere. In order to meet the specific entry requirements, and to fulfil the general syllabus for doctoral studies in the field of physical geography, the candidate for this position should have acquired a total of 240 higher education credits (of which at least 60 at advanced level), or acquired in some alternative fashion, the equivalent knowledge in engineering science, applied mathematics, physics, geoscience, or environmental science. Only a person who will be or has already been admitted to a third-cycle programme may be appointed to a doctoral studentship. The primary assessment criteria in appointing a doctoral student should be the capacity to benefit from the training. Selection The selection among the eligible candidates will be based on their capacity to benefit from the training. The following criteria will be used to assess this capacity: the candidates’ documented knowledge in a relevant field of research, written and oral proficiency in English, the capacity for analytical thinking, the ability to collaborate, as well as creativity, initiative, and independence. The assessment will be based on previous experience and grades, the quality of the degree project, references, relevant experience, interviews, and the candidate’s written motivation for seeking the position. Specifically, the candidate should be interested in linking theory and experimental approaches in the context of the project, and is expected to lead part of the experimental activities with project collaboratorsat the Swedish University of Agricultural Sciences (SLU). The candidate should have experience in developing mathematical models (e.g., dynamical system theory, mass and energy balance equations), and working knowledge of Matlab, Mathematica, or other programming languages for model implementation. Admission Regulations for Doctoral Studies at Stockholm University are available at: www.regelboken.su.se. Terms of employment The term of the initial contract may not exceed one year. The employment may be extended for a maximum of two years at a time. However, the total period of employment may not exceed the equivalent of four years of full-time study. Doctoral students should primarily devote themselves to their own education, but may engage in teaching, research, and administration corresponding to a maximum of 20 % of a full-time position. Please note that admission decisions cannot be appealed. Stockholm University strives to be a workplace free from discrimination and with equal opportunities for all. Contact For more information, please contact senior lecturer Stefano Manzoni (telephone: +46 764960952 / stefano.manzoni@natgeo.su.se ) Union representatives Anqi Lindblom-Ahlm (Saco-S) and Lisbeth Häggberg (Fackförbundet ST and Lärarförbundet) (telephone: +46 8 16 20 00 (operator) / seko@seko.su.se ) (SEKO), and PhD student representative: fredrik.c.l@sus.su.se. Application Apply for the position at Stockholm University’s recruitment system by clicking the “Apply” button. It is the responsibility of the applicant to ensure that the application is complete in accordance with the instructions in the job advertisement, and that it is submitted before the deadline. Agricultural Sciences (SLU). The candidate should have experience in developing mathematical models (e.g., dynamical system theory, mass and energy balance equations), and working knowledge of Matlab, Mathematica, or other programming languages for model implementation. Admission Regulations for Doctoral Studies at Stockholm University are available at: www.regelboken.su.se. Terms of employment The term of the initial contract may not exceed one year. The employment may be extended for a maximum of two years at a time. However, the total period of employment may not exceed the equivalent of four years of full-time study. Doctoral students should primarily devote themselves to their own education, but may engage in teaching, research, and administration corresponding to a maximum of 20 % of a full-time position. Please note that admission decisions cannot be appealed. Stockholm University strives to be a workplace free from discrimination and with equal opportunities for all. Contact For more information, please contact senior lecturer Stefano Manzoni, (telephone: +46 764960952 / stefano.manzoni@natgeo.su.se ) Union representatives Anqi Lindblom-Ahlm (Saco-S) and Lisbeth Häggberg (Fackförbundet ST and Lärarförbundet), (telephone: +46 8 16 20 00 (operator) / seko@seko.su.se) (SEKO), and PhD student representative: fredrik.c.l@sus.su.se. Application Apply for the position at Stockholm University’s recruitment system by clicking the “Apply” button. It is the responsibility of the applicant to ensure that the application is complete in accordance with the instructions in the job advertisement, and that it is submitted before the deadline. Please include the following information with your application
  • Your contact details and personal data
  • Your highest degree
  • Your language skills
  • Contact details for 2–3 references
and, in addition, please include the following documents
  • Cover letter
  • CV – degrees and other completed courses, work experience and a list of degree projects/theses
  • Research proposal (no more than 3 pages) describing:
  • why you are interested in the field/project described in the advertisement
  • why and how you wish to complete the project
  • what makes you suitable for the project in question
  • Degree certificates and grades confirming that you meet the general and specific entry requirements (no more than 6 files)
  • Letters of recommendation (no more than 3 files)
  • Degree projects/theses (no more than 3 files).
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 09/01/2017

PhD Posistion Available PROXIMAL SENSING – OT26

Keywords: Proximal Sensing, Hydropedology, Pedometrics, VisNIR Spectroscopy, Announcement: A position for a PhD student at Texas A&M University in College Station, TX, USA is available for a student working in the fields of proximal soil sensing and pedometrics.  The PhD position is open in the Hydropedology research group within the Department of soil and Crop Science at Texas A&M University in College Station, Texas.  The Hydropedology Research Group focuses on cutting-edge research at the nexus of soil physics and hydrology, pedology, and pedometrics.  One of the main focuses of the hydropedology research group is understanding how spatio-temporal variability in soil properties influence soil physical processes.  An essential component of this task is the accurate and rapid quantification of soil physical properties across multiple spatial scales, which often required the development of novel tools for soil measurement. A PhD student is needed to participate in collaborative, USDA-AFRI funded research project in the development of a penetrometer-based multisensory system.  The system will combine multiple sensors including VisNIR spectroscopy, electrical conductivity, and penetration resistance into a single system for rapid, high-resolution, in situ measurement of soil properties.  The student will collaborate with fellow scientists at Texas A&M and the University of Nebraska-Lincoln on the design, construction, and testing of the multi-sensor system.  The major research duties of the student will focus on field-testing the multisensory system and developing algorithms and tools for soil property prediction form multisensory data. Qualifications: Eligible applicants should possess a master’s degree in soil science, environmental science, hydrology, agriculture engineering, or related fields. Successful candidates should posses good written and oral communication skills and have experience with soil sampling and field research.  Experience in GIS software and statistical programming (R, Matlab, Python, etc.) is preferred. Start Date: May 2017 Contact: Cristine Morgan  cmorgan@tamu.edu :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 16/12/2016

PhD Opportunity at Chair of Soil Science Technical University of Munich (TUM), Germany – OT25

As part of the research project Interaction between phosphorus heterogeneity patterns in silicate and calcareous soils and root architecture, P nutrition, and growth of European beech and Norway spruce,which contributes to the Priority Programme 1685 Ecosystem Nutrition – Forest strategies for limited phosphorus resources (www.ecosystem-nutrition.uni-freiburg.de) funded by the German Research Foundation (DFG), the Chair of Soil Science at the Technical University of Munich offers a 3-yr-doctoral position. Project description: We investigate heterogeneity patterns of different P fractions and P species in calcareous soils in the Bavarian Limestone Alps and the Swabian Alb at various spatial (sub-micron to profile) scales and relate them to heterogeneity patterns of other soil properties. Furthermore, we study interrelations/interactions between the P status of soils on silicate and calcareous bedrock and biotic systems (forest plants + associated microorganism communities) in laboratory and field experiments with tree seedlings grown on model soils. We use standard methods of soil and plant analysis, but focus on ground-breaking innovative technologies like synchrotron-based X-ray spectro(micro)scopy (XRF, XANES, µ-XRF, µ-XANES) and high-resolution Secondary Ion Mass Spectrometry (NanoSIMS). Candidate profile: We are looking for a highly motivated candidate, who should hold an MSc degree (or equivalent) in geo-ecology, biology, forestry, environmental chemistry, geology, agriculture or related natural sciences and have sound knowledge of soil science. Applicants should be able to work self-organized and in a team, have excellent management and communication skills, and should be committed to pursuing interdisciplinary research. Good computer and language skills (English) are necessary. Candidates with experience in synchrotron-based X-ray spectroscopy or X-ray microscopy or high-resolution Secondary Ion Mass Spectrometry (NanoSIMS) are highly welcome. The candidate is expected to present her/his results in highly-ranked international journals and at conferences. The Soil Science Group at TUM (http://www.soil-science.com) offers a vibrant academic environment with well-equipped facilities located nearby Munich in southern Germany. The framework of the Priority Programme 1685 provides the opportunity to interact and co-operate with excellent scientists in different fields of life and environmental sciences. The project is funded by the German Research Foundation (DFG) for three years and provides a salary of 65 % of German TVL E13 (approx. EUR 1400 per month/net) scheme together with health and social security benefits. The envisaged starting date is March 1, 2017. Interested candidates are asked to send a single pdf-file including letter of motivation, research experience, CV, and any publications by email to Prof. Dr. Jörg Prietzel (Phone: +49-8161-714734 / prietzel@wzw.tum.de). Application deadline is January 15, 2017. Apl. Prof. Dr. Jörg Prietzel, Lehrstuhl für Bodenkunde, Wissenschaftszentrum Weihenstephan für Ernährung, Landnutzung und Umwelt, TU München, D-85350 Freising-Weihenstephan, Germany. The job description is available here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 13/12/2016

PhD on the impacts of tree species composition on soil carbon storage and fractionation –OT24

Context and project description REFORM aims at developing silvicultural prescriptions for mixed species stands that are highly resistant and resilient to biotic and abiotic disturbances in the future. The project consortium consists of 12 partners from 10 European countries. The present sub-project will focus on the impacts of tree species composition on soil organic carbon storage for contrasting two-species mixtures and their corresponding monocultures along a gradient of site conditions across Europe. The soil organic carbon (C) pool is a key indicator of soil quality, contributing to various ecosystem services such as soil structure, nutrient cycling, water retention or C storage. Forest ecosystems have been reported to store 70% of the total terrestrial soil organic C, but their capacity to sequestrate C in the long-term is challenged by climate change. In that context, mixed species stands have been proposed as one important mitigation management strategy because of their expected reduced vulnerability. Whereas the possible effects of increased tree diversity on aboveground C storage are increasingly documented, very limited information is available regarding its outcome on the soil C storage compared to pure stands. In particular, the relative impact of tree species identity vs. species diversity is still under debate. A still less documented issue, yet essential in a changing environment, is how mixing tree species influences the partitioning of soil organic C among forms of contrasting decomposability and residence time. In addition to organic matter (OM) composition, tree species identity and diversity is indeed expected to affect the persistence of soil organic matter through various mechanisms such as physical protection / disconnection or soil microclimate. Using a combined triplet – transect approach across Europe for a set of contrasting two species mixtures, the specific objectives of the PhD will be:
  1. to compare the soil organic C stocks (forest floor and mineral soil down to 40 cm) under pure and mixed stands;
  2. to quantifiy the effects of species identity and mixing on the soil organic C partitioning;
  3. to test for a possible site effect or (site×mixing) interaction on the above processes.
Candidate profile
  • strong background in soil science, forest science, forest ecology, environmental science, or related fields;
  • strong background in statistics and data analysis, and experience with common statistical sofwares such as SAS or R;
  • ability to perform laboratory analyses and field sampling in soil /plant / forest science. Prolonged periods in the field at different sites in Europe are required;
  • ability to work in a team and independently;
  • ability to communicate/report clearly in English, both orally and in writing. Some knowledge of French or willingness to learn French language is expected;
  • experience in publishing in scientific journals is an added value.
Application Your application will consist of a letter of motivation, a CV, academic transcripts, and contact details of at least two academic references. Please send your application by email with the subject “REFORM_PhD position” by January 16, 2017 to Quentin Ponette (quentin.ponette@uclouvain.be). Based on this, a short list of candidates will be retained for an interview (video conference is possible for foreign candidates) in early February, 2017. Expected starting date is 20th March, 2017. For further information, please contact: quentin.ponette@uclouvain.be Working environment Founded in 1425, the University of Louvain (UCL) was one of the first universities to receive the ‘HR Excellence in Research’ award, associated with the European Commission’s Euraxess programme. It is the fourth-ranked comprehensive French-speaking university in the world, and is in the top 1.25% of universities worldwide, making it one of the ‘world class universities’. The candidate will be hosted at the Earth and Life Institute, that comprises more than 300 scientists working on the understanding and management of natural and anthropized systems, at various spatial and temporal scales. Within the Pole ‘Environmental Sciences’ of this institute, the candidate will be attached to a team working on the biogeochemistry of forest ecosystems. He will strongly interact with the other partners of the project, as well as with internal and external collaborators. More information here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 05/10/2016

Consommation de méthane par les sols forestiers : variabilité spatiale des processus physiques et biotiques impliqués en vue d’estimer le puits des forêts du Grand Est – OT23

Directeur de thèse : M. Daniel EPRON daniel.epron@univ-lorraine.fr Co-encadrant : Mme Caroline PLAIN caroline.plain@univ-lorraine.fr Unité de recherche : EEF – Écologie et Écophysiologie Forestières UMR_A 1137 Mots clés : méthane, sol forestier, modèle de transport Résume : L’atmosphère et le sol échangent trois gaz à effet de serre ayant une contribution majeure au forçage radiatif : le dioxyde de carbone, le méthane et l’oxyde nitreux. Une faible modification de l’intensité du flux net d’un de ces gaz peut avoir un impact important sur la composition de l’atmosphère, et donc un effet positif (atténuation) ou négatif (amplification) sur le réchauffement global. La production de N2O par les sols forestiers est marginale car ils sont en général pauvres en azote. La production de CO2 (respiration du sol) a fait l’objet d’un très grand nombre d’étude au cours des deux dernières décennies. Pour le méthane, beaucoup moins étudié que le CO2, les échanges nets résultent de deux processus biotiques aux effets antagonistes (méthanotrophie, méthanogenèse) et dépendent de processus physiques (diffusion, advection, dissolution, …), tous plus ou moins sensibles aux conditions microclimatiques et aux impacts anthropiques sur les propriétés physiques des sols.A l’échelle de la planète, les sols forestiers sont considérés comme le principal puits de méthane, absorbant une partie importante des émissions anthropiques et contribuant ainsi à l’atténuation du changement climatique. Les sols forestiers de la région Grand Est ont la double particularité de présenter un caractère hydromorphe plus ou moins marqué (luvisols) et d’avoir une texture limoneuse en surface les rendant particulièrement sensible au tassement résultant d’une mécanisation accrue des activités sylvicoles. Leur force de puits peut donc diminuer dans l’avenir si la diffusion du méthane atmosphérique vers les horizons de surface est réduite ou si une modification de la circulation de l’eau augmente la durée des épisodes anoxiques conduisant à une production de méthane dans les horizons profonds. L’objectif est d’établir un bilan global du puits de méthane forestier de la région Grand Est, et d’identifier les facteurs d’évolution à moyen terme et les leviers disponibles pour préserver ce service écosystémique. Le projet consistera à préciser la part des processus physiques et biologiques dans l’évolution du flux de CH4 sur deux sites lorrains fortement instrumentés (SOERE F-ORE-T) pour identifier les drivers de la dynamique de la production et de l’oxydation du méthane dans le sol (analyse de mesure en continu de flux et de profil de concentration à l’aide d’un modèle multicouche). Les proxies (méthanotrophie potentielle, porosité du sol) aisément mesurable sur un grand nombre de site permettant de simuler un bilan annuel de méthane à l’échelle des forêts de la région Grand-Est à partir de données climatiques disponibles seront dans un premier temps testés sur les deux sites puis mesurés sur l’ensemble des placettes forestières du réseau RENECOFOR. Le sujet se propose d’évaluer le rôle des sols forestiers dans le bilan d’un gaz à effet de serre à fort potentiel de réchauffement global, et l’impact de l’usage de ces sols sur ce bilan. Un des enjeux scientifiques concerne la modélisation du transport du méthane entre l’atmosphère et le sol et des zones de production dans les horizons saturés vers les horizons de surface et l’atmosphère. Si cette proposition vous intéresse, vous pouvez envoyer dès que possible un CV et une lettre de motivation à Caroline Plain (caroline.plain@univ-lorraine.fr) et Daniel Epron (daniel.epron@univ-lorraine.fr) Financement : Financement probable d’un Contrat doctoral Lorraine Université d’Excellence :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 02/10/2016

PhD Position: Rhizosphere as driver of subsoil organic matter dynamics – OT22

DESCRIPTION Root-derived organic carbon is a major source for the formation of soil organic matter. Roots provide carbon input via root litter and rhizdeposition and, therefore, play a key role in soil biogeochemical cycles. This is evidenced in the development of a soil-specific structure with emergent properties during pedogenesis. The main objective of the project is to better understand the influence of growing roots and their associated microbiome on the composition, distribution and the amount of soil organic carbon within the sub-soil and specifically in the subsoil rhizosphere. The project is part of the DFG research unit FOR 1806 – “The forgotten part of carbon cycling: Organic matter storage and turnover in subsoils (SUBSOM)”. THE CANDIDATE We seek a highly motivated candidate to work with us on a cascade of experiments with advanced complexity, using established state of the art methods (e.g. NMR spectroscopy, NanoSIMS). In addition we want to go a step beyond and develop new techniques to better understand the role of the rhizosphere for subsoil organic carbon dynamics. The Soil Science Group at TUM (http://www.soil-science.com) offers a vibrant academic environment with well-equipped facilities located nearby Munich in southern Germany. Applicants should have the ability to work self-organized and in a team, have excellent management and communication skills and should be highly motivated and committed to pursuing interdisciplinary research. Good computer and language skills (English) are necessary. The candidate will have the opportunity to present her/his results in international journals and conferences. The successful candidate should hold a MSc degree (or equivalent) in biology, geo-ecology, agriculture, forestry, geology or related natural sciences and have sound knowledge of soil science. Candidates with experience in microscopic techniques, scanning and/or transmission electron microscopy (SEM, TEM), or in plant physiology as well as microbiology are highly welcome. INFORMATION The project is funded by the German Research Foundation (DFG) for three years and provides a salary of 65 % of German TVL E13 (approx. EUR 1400 per month/net) scheme together with health and social security benefits. The starting date is 01.01.2017, or a later date to be decided upon. APPLICATION Application deadline is 20.10.2016. A single pdf-file including letter of motivation, research experience, CV, and publication list should be sent by email to PD. Dr. Carsten W. Mueller (bodenkunde@wzw.tum.de).   :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 28/09/2016

Ph.D. position Biogeochemistry and Terestrial Ecosystem – OT21

The Billings lab at the University of Kansas is seeking a Ph.D. student interested in investigating biogeochemical puzzles in terrestrial ecosystem ecology. We explore fundamental mechanisms governing elemental fluxes in boreal and temperate forests, and temperate grasslands. The successful applicant will have the opportunity to work at multiple research platforms:
  • The Calhoun Critical Zone Observatory (http://criticalzone.org/calhoun/), where we explore how historic land use and climate interact to drive above‐ and belowground ecosystem processes in intact forests and forests re‐growing on former agricultural land;
  • The Newfoundland and Labrador Boreal Ecosystem Latitudinal Transect (https://www.esd.mun.ca/nl‐belt/), where eastern Canadian boreal forests exposed to varying mean annual temperature grow in otherwise similar conditions (part of the Critical Zone Exploration Network); and
  • The KU Field Station (https://biosurvey.ku.edu/field‐station), where land holdings represent successional forest stages, native prairie, and restored grasslands.
We emphasize the importance of elucidating fundamental mechanisms driving patterns in terrestrial ecosystems as they regenerate following disturbance and respond to climate and land use change. The successful applicant will have the opportunity to interact with a diverse group of interdisciplinary researchers, assist with the development of CZ science (http://criticalzone.org/), and become part of an energetic and driven group of researchers working to understand interactions between life and its abiotic surroundings. For details, please contact Sharon Billings at sharon.billings@ku.edu, after visiting the lab’s web page (http://billingslab.faculty.ku.edu/) and reading instructions for great ways to express interest. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 24/09/2016

5 propositions de thèse sur les sols au Max Plank Insitute à Jena en Allemagne – OT20

Soils & Below Ground

Radiocarbon as a constraint for the soil carbon cycle (more info) Microbial processes in soil development at a former uranium mining site (more info) The dark side of primary production in soils (more info) Profile follows function – trace gas release and microbial processes at the interface soil and atmosphere (more info) Quantification of biotic and abiotic impacts on soil carbon dynamics (more info) :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Publié le 01/09/2016

Open PhD position – Department of Environmental Geosciences at the University of Vienna – OT19

The Department of Environmental Geosciences at the University of Vienna is a highly experienced and internationally visible team carrying out research on environmental contaminants, hydrogeology and nanogeosciences. We currently have an exciting opportunity to complete a PhD degree over a 3 years programme. The topic is related to the geochemical transformations of engineered nanoparticles in soils and sediments and funded by the EU. We do offer:
  • The support from internationally recognised senior researchers to develop all the skills
  • necessary to complete a PhD project + excellent laboratory facilities and funding for research.
  • An international working environment (working language is English) with many valuable opportunities for career development (networking, conferences, project meetings etc…).
  • Annual salary of approx. 27000€ gross, including health/pension scheme.
  • Vienna, a city second to none in quality of life worldwide (Mercer, 2016).
The researchers of the department lead the field of nanoparticle analysis, behavior and fate in the natural environment and develop methodologies for nanoparticle analysis in products (cosmetics, food). The department operates a unique infrastructure to investigate nanoparticulate processes and analyze nanoparticles in complex systems and has access to specialized instrumentation in-house or through intensive collaborations on all levels. The advertised position has a strong link to the European Horizon 2020 project NanoFASE with plenty of networking opportunities (http://nanofase.eu). Project: Geochemical transformations of engineered nanoparticles in soils and sediments Metal and metal oxide engineered nanoparticles (ENPs) are expected to undergo geochemical transformations in redox-sensitive environments. Sediments act as an mportant sink for ENPs released to the aquatic environment. However, the behaviour of ENPs in sediments and sediment pore waters is only poorly understood to date. In this project, we aim at improving our mechanistic understanding of ENP transformation and transport processes in function of specific hydrochemical characteristics of the sediment using specially designed laboratory microcosms experiments under anoxic conditions. Additionally, the fate of ENPs in soils will be investigated with soil column experiments. The final goal of this project is to identify the factors driving transformation and transport processes in sediment and soil compartments. Requirements:
  • Diploma/Master in  Geochemistry, Biogeochemistry, Environmental Sciences or Environmental Analytics (or related fields).
  • Lab experience, good knowledge of analytical chemistry and if possible experience
  • In working with nanoparticles, excellent understanding of geochemical transformations related to the project.
  • Fluent spoken and written English.
  • Good written and oral communication skills, as well as social skills.
  • Motivated, independent and reliable.
Please send a single pdf file including a letter of motivation, a CV with university grades, the contact details of two referees, a research vision (1-2 pages about the research you would like to carry out within the topic you are applying for), and if available, copies of research papers or the Master thesis. Applications should be addressed to environment@univie.ac.at. The University of Vienna is an equal opportunity employer and intends to increase the number of women on its faculty, particularly in high-level positions, and therefore pecifically invites applications by women. Among equally qualified applicants women will receive preferential consideration. Further information at http://umweltgeologie.univie.ac.at/home/ The description of this PhD offer is available here. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

Pratiques Agro-écologiques et Fonctionnement Hydrique du Sol

Caractérisation des processus de rétention et d’infiltration de l’eau et de pesticides par expérimentations et modélisation. – OT18

Formation et compétences/aptitudes requises :
  • Master 2 ou diplôme d’ingénieur en agronomie ou agro-écologie et bonnes connaissances en sciences du sol.
  • Goût et intérêt pour l’expérimentation de terrain (parcelles, laboratoire) et la modélisation (expérience en stage master 2 ou ingénieur souhaitée).
  • Bonne compréhension et maîtrise des protocoles expérimentaux sur le terrain et analytiques en laboratoire.
  • Maitrise de l’anglais et bonne aptitude à rédaction scientifique.
  • Bonne capacité d’observation. Bonne maîtrise de la manipulation de données et de l’analysestatistique.
  • Rigueur d’analyse.
  • Forte motivation pour la création de références scientifiques en interaction avec le développement de pratiques agro-écologiques.
  • Forte aptitude pour le travail d’équipe et pour les interactions avec les acteurs de terrain (agriculteurs et ingénieurs agricoles).
Période de réalisation de la thèse : Automne 2016 – Automne 2019 Encadrement :
  • Lionel ALLETTO, enseignant-chercheur en agronomie (INP-EI Purpan, UMR 1248 AGIR)
  • Valérie POT, chargée de recherche en science du sol (INRA UMR 1402 ECOSYS, AgroParisTech, Université Paris-Saclay)
Financement : ½ bourse financée par l’Agence de l’Eau Adour-Garonne (acquise) + ½ bourse financée par le Conseil Régional de la Région Occitanie (en cours d’acquisition). NB : si cette deuxième ½ bourse n’est pas obtenue en septembre 2016, le démarrage de ce travail de thèse sera différé. Candidature : CV détaillé + lettre de motivation à adresser par message électronique à Lionel ALLETTO (lionel.alletto@purpan.fr) et Valérie POT (vpot@grignon.inra.fr) avant le 15 septembre 2016. Dans la procédure de sélection, une courte synthèse bibliographique pourra être demandée aux candidatures retenues. Pour plus d’information veuillez consulter l’offre de thèse. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

PhD studentship at the Institute of Earth Sciences, University of Iceland – OT17

Field of work The project hosted at Institute of Earth Sciences, University of Iceland entitled “Retention of heavy metals by Fe oxides in peat areas”, will focus on the mobility of metals in soil, aquifer materials and long term behaviour using field work, laboratory experiments and modelling. The PhD student will characterise fluids and identify solids in Icelandic peats and the fluids leaching from them to determine the degree of metal uptake by Fe oxides formed in nature by oxidation. The PhD student will experimentally quantify metal release from peat Fe oxides during pH and salinity variation and phase transformation resulting from partial Fe reduction. This will define the role of Fe oxides in regulating heavy metal content in surface waters. Institute of Earth Sciences, University of Iceland (http://earthice.hi.is/) is the main site of academic research in earth sciences in Iceland. The candidate’s advisor will be Sigurdur Reynir Gíslason (https://notendur.hi.is/sigrg/) who will give further information if needed. Qualification requirements Applicants are required to have a BSc degree in geology or chemistry and background in geochemistry, modelling (PHREEQC), hydrogeology or mineralogy. Facility with English is required. There will be considerable travel for meetings and secondments. The candidate must have, or soon receive, a MSc-degree that permits entrance to a PhD program. The applicant must not have a PhD or more than 4 years research experience after receiving the MSc degree. The candidate must not have lived for more than 12 months during the past 3 years in Iceland. The position will start in September 2016. How to apply Applications must include: i) your CV (and if you have any publications, please include them), ii) names and contact information for 3 references, iii) a copy of your list of courses and grades from bachelor and masters; a copy is sufficient; an official translation is not necessary at this stage, iv) a half page about your research interests, and your strength, v) a half page (maximum) statement explaining why you would like to join us and what you have to offer the Metal-Aid Project. The application deadline is 11 July, 2016. Further information and application submission: https://ugla.hi.is/radningar/index.php?sid=2448&starf=60 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

Proposal of a thesis topic on Climate change with the COFUND DOC2AMU programme at Aix-Marseille University (AMU) – OT16

Keywords: Soil quality, land management, index, coastal area, Marseille, land use, sustainable development, climate change, urban area Thesis director(s), research units and doctoral schools : Thesis director: Dr. KELLER Catherine – CEREGE (Centre de Recherche et d’Enseignement de Géosciences de l’Environnement) – Environmental Sciences (ED 251) / keller@cerege.fr Thesis co-director: ROBERT Samuel – ESPACE (Étude des Structures, des Processus d’Adaptation et des Changements de l’Espace) – Espaces Cultures et Sociétés (ED 355) / samuel.robert@univ-amu.fr Description of the PHD thesis project:  Soils are considered as a major constituent of anthroposystems as well as a non-renewable resource. They are of utmost importance for the economical and social development of territories. They are a resource for food and energy production but they also fulfill various ecological functions, essential to human beings, such as support, filtering of water, or biodiversity tank. The so-called services that they offer are based on these intrinsic functions that have been listed in the former proposal Thematic Strategy for Soil Protection (COM (2006) 232). However soil quality (SSSA, S-581 in Karlen et al., 1997) is not protected by law either in Europe or in the United States. Because of urban sprawl, soil contaminations due to human activities, as well as urban waste land, soil management and soil conservation have emerged as a critical issue (Bone et al. 2011), which is part of the environmental challenge that human societies face today. Because the world population is going to live more and more in urban areas, it is necessary to know better urban and periurban soils. They are of utmost importance in the frame of urban renewal strategies and in the context of climatic change which encourages the design of a new kind of urbanism, especially in areas which concentrate human activities and where space is scarce. Therefore, conservation of the soil resource appears crucial for sustainable land management. To achieve this goal, there is a need for tools and dedicated approaches that would 1) raise awareness on the importance of soil quality in urban planning, and more specifically on soil variability, and 2) alert on early soil quality changes, especially given the additional constraint of climatic change, through the use of relevant indicators. Early-stage researchers and Master degree holders, you have until June 24th, 2016 to submit your application to undertake a doctoral thesis with the COFUND DOC2AMU programme at Aix-Marseille University (AMU). More information on the program at: http://doc2amu.univ-amu.fr/ More information on the PhD subject at: http://doc2amu.univ-amu.fr/en/soil-quality-assessment-and-urban-changes-in-a-mediterranean-city-marseille-france ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

Objet : proposition de sujet de thèse (2016-2019) – 0T15

Mots clés : métaux, spéciation, environnement, uranium, biodisponibilité Elle porte sur la gestion des sites contaminés par des métaux. L’impact environnemental de ces derniers est fortement dépendant de la forme chimique du métal et donc des conditions physico-chimiques du milieu et sa caractérisation. Le travail portera plus particulièrement sur l’uranium en lien avec la gestion post-exploitation des anciennes mines, la zone atelier « territoire uranifère » (zatu.org) et le projet POLLUSOLS. Contexte : Le sujet de thèse  s’intéresse à  la gestion des sites contaminés par des métaux. L’impact environnemental  de ces derniers est fortement dépendent de la forme chimique du métal et donc des conditions physico -chimiques du  milieu  et  sa  caractérisation.  Le  travail  portera  plus  particulièrement  sur  l’uranium  en  lien  avec  la  gestion post-exploitation  des  anciennes  mines,  la  zone  atelier  « territoire  uranifère »  (zatu.org)  et  le  projet  Pollusols (http://www.osuna.univ-nantes.fr/06792742/0/fiche___pagelibre/&RH=1224595780987). Contenu de la thèse : Trois objectifs sont liés au travail de thèse. A  partir  d’échantillons  de  sols/sédiments  prélevés  sur  site,  il  s’agira  dans  un  premier  temps  de  décrire  la répartition de l’uranium dans les différents compartiments d’intérêt (eau/sol, distribution de  l’uranium entre les  phases…).  Pour  cela,  on  se  basera  sur  une  caractérisation  des  échantillons  (DRX  ;  analyse thermogravimétrique,  MEB…),  les  paramètres  physico-chimique  de  l’eau  (pH,  Eh…)    et  sur  des  expériences d’extraction  séquentielle.  Les  résultats  seront  confrontés  à  une  analyse  à  l’échelle  moléculaire  par spectroscopie  (Infra  rouge,  spectroscopie  de  fluorescence,  spectroscopie  d’absorption  X,…).  Un  travail  de modélisation  géochimique  complètera  l’étude  pour  évaluer  la  pertinence  des  bases  de  données thermodynamique existantes. Le deuxième objectif est d’évaluer la réversibilité des processus  qui décrivent l’interaction de l’uranium avec le milieu. Il s’agit d’un point primordial lorsque l’on s’intéresse à la notion de  labilité/biodisponibilité. Pour cela, un protocole sera mis en place afin d’évaluer ce paramètre, sur des échantillons bruts ou des fractions isolées dopées ou non  en uranium. Ce travail sera également complété par des expériences de spectroscopie afin de faciliter  l’interprétation  des  données  macroscopiques.  L’ensemble  de  ses  résultats  sera  confronté  à  des expériences  in-situ  réalisées avec des capteurs passifs de type DGT qui  « permettent »  de remonter à la part labile/biodisponible des métaux. La  dernière  partie  de  la  thèse  s’intéressera  à  la  biodisponibilité  de  l’uranium  dans  un  système  sol/plante reconstitué au laboratoire. Les résultats de ce travail permettront d’estimer la pertinence des données issues de la 2ème partie de la thèse et seront comparés à des études terrain réalisées par des écologues. Localisation : Le  candidat  sera  localisé  à  Nantes  au  laboratoire  SUBATECH.  Ce  travail  sera  réalisé  en  collaboration  avec  le BRGM et  l’ «Institute of Ressource Ecology » (Dresden, Allemagne). Des missions sont donc à prévoir. Profil du candidat : Le candidat doit avoir une compétence solide en chimie avec un intérêt pour le domaine environnemental. Le projet  dans  son  ensemble  est  pluridisciplinaire  et  le  candidat sera  amené  à  interagir  avec  d’autres thésards/post-doctorants  pour récupérer/transmettre  des  données.  La  capacité  du  candidat  à  travailler  en équipe est donc primordiale. Enfin, des séjours en Allemagne sont prévus. Il devra donc bien maîtriser l’anglais, à minima. Financement : Bourse de l’Université de Nantes Contact : Gilles Montavon  gilles.montavon@subatech.in2p3.fr ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

 Consommation de méthane par les sols forestiers : variabilité spatiale des processus physiques et biotiques impliqués en vue d’estimer le puits des forêts du Grand Est – OT14

Directeur de thèseM. Daniel EPRON daniel.epron@univ-lorraine.fr
Co-encadrantMme Caroline PLAIN caroline.plain@univ-lorraine.fr
Unité de rechercheEEF – Écologie et Écophysiologie Forestières UMR_A 1137
Mots clésméthane sol forestier modèle de transport
Présentation détailléePartenariat : ONF – RDI (N. Pousse) Collaboration au sein du GT : Laboratoire Sols & Environnement, UMR 1120 UL -INRA, GISFI (C. Schwartz, S.Leguédois, F. Darboux, G. Séré), Biogéochimie des Ecosystèmes Forestiers (J. Ranger) Collaboration internationale : Université de Freiburg (M.Maier) L’atmosphère et le sol échangent trois gaz à effet de serre ayant une contribution majeure au forçage radiatif : le dioxyde de carbone, le méthane et l’oxyde nitreux. Une faible modification de l’intensité du flux net d’un de ces gaz peut avoir un impact important sur la composition de l’atmosphère, et donc un effet positif (atténuation) ou négatif (amplification) sur le réchauffement global. La production de N2O par les sols forestiers est marginale car ils sont en général pauvres en azote. La production de CO2 (respiration du sol) a fait l’objet d’un très grand nombre d’étude au cours des deux dernières décennies. Pour le méthane, beaucoup moins étudié que le CO2, les échanges nets résultent de deux processus biotiques aux effets antagonistes (méthanotrophie, méthanogenèse) et dépendent de processus physiques (diffusion, advection, dissolution, …), tous plus ou moins sensibles aux conditions microclimatiques et aux impacts anthropiques sur les propriétés physiques des sols.A l’échelle de la planète, les sols forestiers sont considérés comme le principal puits de méthane, absorbant une partie importante des émissions anthropiques et contribuant ainsi à l’atténuation du changement climatique. Les sols forestiers de la région Grand Est ont la double particularité de présenter un caractère hydromorphe plus ou moins marqué (luvisols) et d’avoir une texture limoneuse en surface les rendant particulièrement sensible au tassement résultant d’une mécanisation accrue des activités sylvicoles. Leur force de puits peut donc diminuer dans l’avenir si la diffusion du méthane atmosphérique vers les horizons de surface est réduite ou si une modification de la circulation de l’eau augmente la durée des épisodes anoxiques conduisant à une production de méthane dans les horizons profonds. L’objectif est d’établir un bilan global du puits de méthane forestier de la région Grand Est, et d’identifier les facteurs d’évolution à moyen terme et les leviers disponibles pour préserver ce service écosystémiques. Le projet consistera à préciser la part des processus physiques et biologiques dans l’évolution du flux de CH4 sur deux sites lorrains fortement instrumentés (SOERE F-ORE-T) pour identifier les drivers de la dynamique de la production et de l’oxydation du méthane dans le sol (analyse de mesure en continu de flux et de profil de concentration à l’aide d’un modèle multicouche). Les proxies (méthanotrophie potentielle, porosité du sol) aisément mesurable sur un grand nombre de site permettant de simuler un bilan annuel de méthane à l’échelle des forêts de la région Grand-Est à partir de données climatiques disponibles seront dans un premier temps testés sur les deux sites puis mesurés sur l’ensemble des placettes forestières du réseau RENECOFOR. Le sujet s’inscrit pleinement dans le projet du groupe de travail Deepsurf en se proposant d’évaluer le rôle des sols forestiers dans le bilan d’un gaz à effet de serre à fort potentiel de réchauffement global, et l’impact de l’usage de ces sols sur ce bilan. Un des enjeux scientifiques concerne la modélisation du transport du méthane entre l’atmosphère et le sol et des zones de production dans les horizons saturés vers les horizons de surface et l’atmosphère.Bien que le sujet soit centré sur les sols forestiers pour des raisons de faisabilité (durée limitée d’une thèse, disponibilité des équipements de monitoring, validation de la généricité du modèle de transport pour son emploi sur d’autres types de sols), il est d’ores et déjà envisagé d’étendre cette approche à d’autres types de sol de peu anthropisés (prairie…) à très anthropisés (cultures, sols urbains, friches industrielles), au travers notamment d’un partenariat avec le LSE (Laboratoire Sols et Environnement – GISFI), qui sera associé au comité de pilotage de cette thèse.
Financement labélisation acquiseFinancement d’un Etablissement d’enseignement supérieur Contrat doctoral LORRAINE UNIVERSITÉ D’EXCELLENCE
Début de la thèse : 1 octobre 2016 Date limite de candidature : 24 juin 2016 sur le site WEB de l’ecole doctorale : http://rp2e.univ-lorraine.fr/ ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

Proposons sujet de thèse 2016/2017 – géochimie du fer en lien avec la matière organique dans les zones humides – OT13

Il s’agit d’une candidature pour une bourse MRT, nécessitant un concours au sein du laboratoire. Nous contacter directement. Date limite de candidature: 20 juin 2016, Contacts : Anne-Catherine Pierson-Wickmann : anne-catherine.pierson-wickmann@univ-rennes1.fr / 02 23 23 32 27 – Mélanie Davranche: melanie.davranche@univ-rennes1.fr / 02 23 23 57 69 Adresse du laboratoire : UMR 6118 – Géosciences Rennes – Campus de Beaulieu – 35042 Rennes Cedex Site web : http://www.geosciences.univ-rennes1.fr Financement acquis : Allocation IUF, Defis Emergents UR1 Financement à demander : Appel d’offre BioHefect-EC2CO-CNRS Cette étude peut s’adresser à des étudiants en Science de la Terre (profil géochimie) ainsi qu’à des chimistes. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

Proposition de thèse en écologie du sol – Impact de la biodiversité du sol sur les écoulements préférentiels de l’eau à l’échelle d’un bassin versant au Nord Vietnam – OT13

Recherche d’un très bon candidat pour se positionner sur le  sujet de thèse sélectionné par l’École doctorale 129. Nom du Laboratoire d’accueil : UMR iEES  N° UMR : 242 Nom du Directeur du laboratoire : Luc Abbadie Contexte et objectif : La  variabilité  des  transferts  d’eau  à  la surface  des  sols  détermine  la partition  des  eaux  de  pluie :  celle  qui ruisselle à la surface du sol, celle qui s’infiltre le long du pédon et celle qui est stockée dans le sol. Une forte variabilité dans les transferts résulte en partie du transfert rapide le long de certains chemins préférentiels. A cause  de  la  très  forte  variabilité  spatiale  et  temporelle  qui  caractérise  les  bassins  versants,  les  transferts préférentiels sont difficilement quantifiables et par conséquent la paramétrisation des modèles portant sur ces écoulements  reste  à  ce  jour  très  difficile.  L’infiltration  préférentielle  prend  souvent  place  le  long  des macropores biologiques, comme ceux des galeries des vers de terre et des racines. De ce fait la distribution spatiale  et  temporelle  des  activités  de  bioturbation  des  vers  de  terre  pourrait  fournir  des  informations intéressantes sur la paramétrisation des écoulements préférentiels à grande échelle. Les vers de terre sont des ingénieurs du sol ; c’est à dire qu’ils régulent leur propre environnement physique par leurs  activités  de  bioturbation.  Cette  action  de  bioturbation  génère  des  galeries  qui  peuvent  influencer significativement les transferts d’eau dans les sols. A ce jour, l’impact des vers de terre sur les écoulements préférentiels,  à  l’échelle  de  la  parcelle,  a  presque  exclusivement  été  étudié  à  travers  la  composition  et  la structure des communautés de vers de terre. L’activité de bioturbation bien plus difficile à quantifier reste à ce jour  très  peu  étudiée  et  cela  est  d’autant  plus  vrai  en  milieu  tropical.  Au  Vietnam,  les  travaux  réalisés  par l’institut de recherche pour le développement (IRD) on montré que la forte activité de surface du ver de terre Amynthas  Khamy augmente  la  résistance  des  sols  face  à  l’agressivité  des  fortes  pluies  tropicales,  diminuant ainsi l’érosion des sols. Ces travaux s’étant focalisés seulement sur l’activité de surface des vers de terre, il reste à déterminer si cette activité de bioturbation influence également les écoulements de l’eau dans les sols. L’objectif  général  de  la  thèse  vise  donc  à  mieux comprendre l’impact  des  vers  de  terre,  en  particulier à l’échelle  d’un  bassin  versant  et sous  l’effet  d’un  gradient  d’usage  de  sol  sur  les  transferts  rapides  d’eau.  Ce projet repose sur l’hypothèse que la forte activité de surface des vers de terre est révélatrice de l’activité de subsurface, laquelle influence les écoulements préférentiels au sein du bassin versant. Il pose aussi la question du devenir des galeries produites par les vers de terre et des liens entre leurs évolutions et la dynamique de l’eau dans les sols. Originalité du sujet : Interdisciplinarité / travail en laboratoire et in situ / couplage de mesures physiques innovantes / peu de travaux sur la dynamique des biostructures dans les sols. Travail entrant dans le cadre du réseau MSEC où l’écologie est très peu prise en compte. Voir document de présentation de l’offre. Clôture des candidatures le 6 juin 2016 !! Merci de joindre un CV, notes du Master et une lettre de motivation à nicolas.bottinelli@ird.fr et pascal.jouquet@ird.fr. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

PhD in Proximal Soil Sensing – OT11

PhD assistantship available to work on proximal soil sensing for Precision Orchard Management. Position requires an aptitude for statistics, strong background in soil and/or environmental science, stamina to conduct extensive field campaigns, demonstrated writing skills, and ability to work effectively as part of a multi-disciplinary team. Desired:  MS in a soil science, environmental science, statistics or related field. Start date August, 2016 or as negotiated.  For more information, contact Dr. David Brown, Washington State University, Pullman, WA, dave.brown@wsu.edu. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

Proposition de thèse Région Réunion 2016

Utilisation d’un modèle de simulation des biotransformations de la matière organique pour prédire les émissions gazeuses en cours de compostage et les caractéristiques agronomiques de composts d’effluents d’élevage en situations variées – OT10

Résumé : Le compostage est une voie intéressante de recyclage et de valorisation des matières organiques issues de l’élevage. Les biotransformations lors du compostage entrainent cependant des émissions gazeuses (pertes de nutriments et de carbone). L’objectif de cette thèse est donc, en utilisant un modèle prometteur (Oudart, 2013) des biotransformations, de prédire conjointement les émissions gazeuses lors du compostage et les caractéristiques des composts d’effluents d’élevage. Un enjeu fort du travail réside dans la caractérisation initiale des déchets à composter et des conditions de compostage pour paramétrer ce modèle afin de le rendre prédictif. L’utilisation du modèle nécessite de développer des connaissances spécifiques pour pouvoir (i) l’adapter rapidement à des situations variées, (ii) prédire les indicateurs pertinents pour l’usage agronomique, (iii) valider les prédictions dans des situations contrastées de terrain. Ce projet de thèse vise le soutien au développement économique du territoire par une contribution à la mise en place d’une filière de valorisation des déchets d’élevage, la substitution des engrais importés, le stockage de carbone dans les sols. En optimisant le recyclage du premier gisement de matières organiques, il participe activement à la promotion d’une économie circulaire à la Réunion. Nous recherchons un(e) très bon(ne) candidat(e) en fin de Master II Recherche ou dernière année d’Ingénieur(e) dans les domaines de l’agronomie ou de l’environnement, ayant des facilités pour le travail de laboratoire et le calcul scientifique (une première expérience en modélisation serait appréciée) pour le sujet de thèse que nous proposons (Cf. PJ). Merci d’envoyer CV, notes en M1 + M2 (dernières connues) ou dernière année Ingénieur(e) et lettre de motivation aux personnes ressources suivantes : paul@insa-toulouse.fr ; jean-marie.paillat@cirad.fr ; Paul.Robin@rennes.inra.fr ; laurent.thuries@cirad.fr ; houot@grignon.inra.fr. Coordonnées et/ou lettre de recommandation de la part du (de la) responsable de Master/Ingénieur serai(en)t appréciée(s). Clôture des candidatures le 15/06/2016. Plus d’information ici. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

 Appel à candidatures –  sujet de thèse Perchl’EauRigine Perchlorates dans les Eaux souterraines de Champagne- Ardenne : Origine et Devenir -OT9

Le profil recherché est à la fois géochimie et hydrogéologie. La thèse se déroulera au GEGENAA (Université de Reims Champagne-Ardenne) en partenariat avec le BRGM. Même si le profil recherché s’éloigne quelques peu des thématiques de l’AFES, la diffusion sur ce site permettrait de toucher un public plus large. Cette  thèse  se  déroulera  au  GEGENAA  (EA  3795  de  l’Université  de  Reims  Champagne-Ardenne, Reims), en collaboration étroite avec le BRGM.  Le GEGENAA dirige en parallèle un programme de recherche sur 4 ans (2015  –  2018) sur l’impact environnemental de la Grande Guerre.  Le BRGM  a capitalisé  une  longue  expertise  sur  les  composés  d’origine  pyrotechnique  et  leurs  transferts  dans l’environnement  et d’autres projets  sur cette thématique  y sont menés conjointement. Le ministère en charge  de  l’environnement  a  par  ailleurs  missionné  le  BRGM  afin  de  piloter  la  thématique  de  la contamination des sols et des eaux par les perchlorates et autres produits d’origine pyrotechnique sur le territoire national. De nombreux déplacements seront nécessaires, sur le terrain ainsi qu’au laboratoire de recherche du BRGM à Orléans. Plus de détail ici. Contacts   : Porteur du projet / responsable scientifique / Co-encadrement BRGM : Jessy JAUNAT, Université de Reims Champagne-Ardenne EA 3795 – GEGENAA CREA, 2 esplanade Roland Garros 51100 Reims Tel: 03.26.77.36.89 /Mail: jessy.jaunat@univ-reims.fr   Patrick OLLIVIER, BRGM, D3E/BGE 3 Avenue Claude Guillemin 45060 Orléans cedex 2 Tel. 02.38.64.46.28 / e-mail : p.ollivier@brgm.fr   Procédure : La date limite de candidature est le Vendredi 10 juin 2016 La prise de fonction est envisagée pour Octobre 2016 Candidature par mail  à l’adresse suivante :  jessy.jaunat@univ-reims.fr  –  CV + lettre de motivation  + tout document susceptible d’attester de la qualité du candidat (lettres de recommandation…) . Les modalités de candidature auprès de l’école doctorale « Sciences Technologie Santé » de l’Université de Reims Champagne-Ardenne seront précisées dans un second temps  (sujet de thèse prochainement disponible sur le site www.univ-reims.fr/edsts; rubrique « propositions de thèses »). Poste proposé sous réserve de financements (décision d’attribution définitive prévue courant  juin 2016). :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

Proposition de sujet de thèse : « Impact des cultures céréalières sur la biodisponibilité du silicium dans les sols » – OT8

Objet de la proposition : Recherche d’un (e) candidat (e) pour une demande de contrat doctoral auprès de Aix-Marseille-Université, Ecole Doctorale « Sciences de l’Environnement ». Lieu : CEREGE UM 34 AIX-MARSEILLE UNIVERSITE  – CNRS  ( UMR 7330)  – IRD ( UMR 161) TECHNOPOLE ENVIRONNEMENT ARBOIS-MEDITERRANEE BP80, 13545 AIX en PROVENCE, CEDEX 04, FRANCE Les compétences requises pour le sujet sont une formation de base en sciences du sol, sciences de l’environnement ou de géosciences, des aptitudes pour le travail au laboratoire, des « mains vertes » et une capacité à travailler en équipe. Programme finançant la recherche : ANR BIOSiSOL Directeurs de thèse : Meunier Jean-Dominique, DR CNRS, meunier@cerege.fr et Catherine Keller, PR AMU, keller@cerege.fr Plus de détails ici :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

DETERMINANTS BIOGEOCHIMIQUES DES EFFETS ECOTOXICOLOGIQUES LIES A LA CONTAMINATION SUR LE LONG-TERME DES SOLS AGRICOLES PAR LES ELEMENTS TRACES – APPLICATION AU RECYCLAGE DE PRODUITS RESIDUAIRES ORGANIQUES A LA REUNION – OT7

Thèse en écotoxicologie terrestre à pourvoir pour la rentrée universitaire 2016. Le financement (Cirad) est acquis. La thèse se déroulera à La Réunion avec des missions annuelles en métropole. Pour candidater, merci d’envoyer votre CV accompagné d’une lettre de motivations à matthieu.bravin@cirad.fr, d’ici le 20 mai. Les candidats pré-sélectionnés se verront proposer un entretien début juin. Le candidat sélectionné se verra notifié d’ici la fin juin pour un démarrage de la thèse au 1er octobre. Objectifs Le premier objectif de la thèse sera d’évaluer la capacité de biotests récemment développés à discriminer les effets toxiques liés à la présence d’éléments  traces issus de la contamination historique de sols agricoles par l’apport de PRO sur le long-terme. Le deuxième objectif de la thèse sera de caractériser les déterminants biogéochimiques (effets sol et organisme) des réponses écotoxicologiques mesurées. Originalités méthodologiques La problématique  de la thèse  sera appliquée au contexte agronomique de l’île de La Réunion . La Réunion est  un laboratoire à ciel ouvert pour les recherches de l’unité Recyclage et risque depuis une quinzaine d’années. La Réunion présente une diversité climatique (pluviométrie de 0,5 à 10 m/an et température moyenne annuelle de 10 à 28 °C), pédologique et agricole (canne-à-sucre, prairies, et horticulture) unique pour un territoire  agricole de moins de 50 000 ha. La Réunion présente également des contraintes géographique (fortes pentes), socio -économique (pression foncière, prix  des  intrants),  et  réglementaire  (législations  française  et  européenne)  qui  exacerbe  la  nécessité  d’une  gestion durable des PRO. A ce titre, La Réunion est un territoire particulièrement pertinent pour la mise en œuvre en milieu tropical de recherches génériques sur le recyclage des PRO dans les agro-écosystèmes. Les échantillons de sol proviendront de quatre essais de terrain mis en place et suivis   par le Cirad depuis 2 à 11 ans et qui sont représentatifs de la diversité agricole, pédologique et climatique présente à La Réunion. Ces essais sont inclus dans le SOERE (Systèmes d’observation et d’expérimentation au long terme pour la recherche en envir onnement) ou  le  Réseau  (réseau  national  d’essais  au  champ)  dédié  à  l’étude  des  intérêts  agronomiques  et  des  impacts environnementaux  de  l’épandage  des  PRO  sur  les  sols  agricoles.  Ces  quatre  essais  donneront  accès  à  plus  de  320 échantillons de sol conservés  en pédothèque depuis le démarrage des essais. Les travaux préliminaires menés sur ces quatre essais ont montré que l’apport de PRO a progressivement contaminé les sols en cuivre (Cu) et zinc (Zn) et a également augmenté le pH et /ou la teneur en matière organique des sols (Oustrière et al. 2013). Trois niveaux d’organismes du sol seront ciblés, comprenant une plante supérieure, un invertébré   (ver  de terre) et les micro-organismes. Les biotests qui seront mis en œuvre sont actuellement utilisés  et  développés  par  les  deux équipes (Cirad, UR Recyclage et risque, pour la plante ; Inra, UMR Ecosys  pour le ver de terre et les micro-organismes) qui participeront à l’encadrement de la thèse.  Pour les micro-organismes, la réponse écotoxicologique sera estimée à partir de la mesure de l’adaptation des micro-organismes à la présence d’éléments traces, telle que la quantification moléculaire des gènes de résistances et l’acquisition de résistances fonctionnelles chez les communautés à partir d’une approche  PICT  (Pollution  Inducing  Community  Tolerance)  (Merlin  et  al.  2014).  Pour  le  ver  de  terre,  la  réponse écotoxicologique sera estimée à partir de la mesure de la bioaccumulation globale ou par fractionnement subcellulaire ainsi que par la mesure de biomarqueurs de stress tels que le niveau de réserve énergétique (glycogène et protéique) et l’expression de gènes à l’origine de la production de métallothionéines  (Beaumelle et al. 2015 ; Pelosi et al. 2015). Pour la plante supérieure, la réponse écotoxicologique sera estimée à l’aide de la technique RHIZOtest par la mesure du flux de prélèvement net de chaque élément trace dans la plante entière (parties racinaires et aériennes) (Bravin et al. 2010 ; NF EN ISO 16198). La thèse se focalisera sur deux éléments traces,  Cu et Zn, particulièrement préoccupants du point de vue du risque écotoxicologique lié à l’apport à long-terme de PRO sur les sols agricoles. Les apports annuels moyens de Cu et Zn sur les sols agricoles  français  liés  à l’épandage  de PRO sont en effet 5 et  25 fois  supérieurs aux apports de tous les autres éléments traces. Par ailleurs, Cu et Zn présentent des caractéristiques chimiques et écotoxicologiques très différentes. Le cuivre présente une affinité pour les phases réactives du sol (comme les matières organiques notamment) beaucoup plus  importante  que  Zn,  ce qui se traduit par une disponibilité (composante « exposition » du risque) de Cu généralement plus faible que celle de Zn. A l’inverse, la très forte affinité de Cu pour les surfaces biologiques se traduit par  une  toxicité  beaucoup  plus  forte  (composante  « danger »  du  risque)  de  Cu  pour  les  organismes du sol que Zn. L’étude de ces deux éléments traces est  donc  particulièrement  pertinente dans l’optique d’une évaluation du  risque écotoxicologique. Au-delà de Cu et Zn, d’autres métaux traces divalents (i.e. cadmium, nickel, et plomb) seront suivis de manière à tenir compte des éventuels effets de mélange dans le déterminisme des effets écotoxicologiques de Cu et Zn. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

Emissions de pesticides dans l’atmosphère à partir de sols agricoles : Processus et impact environnemental – OT6

– Dates limites de réponses : sélection des candidats fin juin sur entretien. RÉSUMÉ : L’épandage  de  produits  phytosanitaires  et  en  particulier  de  pesticides  sur  les  cultures  agricoles  constitue aujourd’hui  une  préoccupation  majeure  aussi  bien  au niveau  local  qu’au  niveau  national  pour  le  risque sanitaire  associé  et  pour  la  protection  des  milieux (sol,  eau  et  air).  Les  modes  de  dissémination  dans l’environnement de ces composées sont multiples. Plus particulièrement, leur présence dans le compartiment atmosphérique  est  due  en  grande  part  au  phénomène  de  dérive  se  produisant  lors  de  leur  épandage. Cependant les processus de volatilisation et de réémission ont également été mis en évidence comme facteur important de la contamination de l’atmosphère. Ces  processus expliquent l’identification de molécules  dans nos atmosphères actuelles de composés interdits d’utilisation depuis plusieurs années. Le  sol  étant  le  compartiment  récepteur  initial  des  pesticides,  il  est  donc  primordial  d’évaluer  et  de comprendre les mécanismes conduisant à la distribution de ces composés dans les différents compartiments de  l’environnement  sous  l’influence  des  conditions  climatiques  et  de  la  nature  des  sols  exposés.  Cette partition  permet  de  pouvoir  évaluer  à  long  terme  l’impact  des  pesticides  sur  la  qualité  des  sols  et  de l’atmosphère. Le  travail  proposé  se focalisera  donc  sur  l’étude  des transferts  à  l’interface  sol-air  de  pesticides  à caractère volatil ou semi-volatil et sur l’établissement de flux d’émission à partir des sols, avec un travail en Laboratoire sur  des  microcosmes  permettant  le  contrôle  de  paramètres  physicochimiques  (température,  humidité), parallèlement  à  un  travail  de  terrain  mené  sur  des  sites  agricoles  différents  par  leur  texture  et  le  type  de cultures. L’objectif final sera de comprendre dans  quelles conditions les sols agricoles jouent le rôle de puits pour les pesticides ou au contraire de source secondaire pour leur réémission dans l’atmosphère. CANDIDAT : Le sujet est la croisée de plusieurs disciplines et imposera un travail collaboratif. Des compétences en sciences du sol et de l’atmosphère sont requises associées aux méthodes d’analyse des sols et/ou des gaz par HPLC, GC/MS, spectroscopie IR. Des connaissances en modélisation seraient un plus. FINANCEMENT  DE  LA  THESE : Rémunérations de la fonction publique : depuis le 1er juillet 2010, elle s’élève à 1684,73 euros  bruts mensuels pour une activité de recherche seule et 2024,70 euros bruts en cas d’activités complémentaires. Elle peut être augmentée au-delà du montant plancher (http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid20185/doctorat.html). CONTACT : Nom prénom : Bernard DAVID et Jean-Luc BESOMBES Tél : 04-79-75-88-03 et 04-79-75-81-09 Email : bernard.david@univ-smb.fr et jean-luc.besombes@univ-smb.fr Le détail de l’offre est à consulté ici :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

Qualité, quantité et vulnérabilité des stocks de carbone du sol de prairies selon leur mode de gestion et leur environnent – OT5

Dans le cadre d’un projet international avec la Nouvelle-Zélande (Landcare Research, Plant and Food Research and the University of Waikato, résumé ci-dessous), je suis à la recherche d’un candidat pour effectuer une thèse sur la qualité, quantité et vulnérabilité des stocks de C du sol de prairies selon leur mode de gestion et leur environnement. L’analyse isotopique et moléculaire seront les approches de base de cette thèse. La thèse proposée s’inscrit dans le cadre d’un projet international entre l’INRA et LandcareResearch (Nouvelle-Zélande) qui a commencé le 1er Juillet 2015. L’objectif de ce projet international est d’évaluer l’impact de l’intensification des prairies sur la dynamique des matières organiques du sol (MOS) dans différents contextes pédoclimatiques. La thèse contribuera à ce projet par l’étude des transformations moléculaires impliquées dans les processus de dégradation et de stabilisation des MOS. La démarche consistera à évaluer la dégradation/formation des MOS à l’échelle du terrain (e.g. les sites SOERE-ACBB de Lusignan et Laqueuille et un site de longue-durée en Nouvelle-Zélande) en utilisant des techniques de marquage en 13C des MOS. Les résultats de cette thèse seront mobilisés pour développer et valider un modèle de cycle biogéochimique (CenW) basé sur les processus, et permettant d’évaluer les implications à long-terme des modes de gestion des prairies sur le stockage de carbone dans le sol, la dynamique et la résilience au changement climatique dans un large éventail de systèmes de pâturage. Cette thèse offre l’opportunité d’approfondir ces questions en dépassant la notion de stock global de C et en analysant de manière plus fine la nature et la stabilité des pools de matière organique, ce qui constitue ainsi une avancée importante pour les recherches conduites dans ce domaine, et au-delà pour les travaux de modélisation en cours qui en dérivent. Le/la candidat(e)
  1. devra avoir une bonne formation en chimie analytique et en sciences de l’environnement. Des connaissances en spectrométrie de masse seraient un atout supplémentaire.
  2. Une excellente maitrise de l’anglais
Toute candidature, comportant CV et lettre de motivation, doit être adressée par mail à : Abad Chabbi (Abad.chabbi@lusignan.inra.fr) ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

« La modélisation dynamique de la disponibilité du césium dans le continuum sol-solution-plante » – OT4

Lieu de déroulement des la thèse : Laboratoire de Biogéochimie, Biodisponibilité et Transferts des radionucléides (L2BT).  IRSN de Cadarache (Bouches du Rhône). Le financement de la thèse : assuré conjointement par l’IRSN et la région PACA. La sélection des candidats doit se faire pour la mi-mai…donc nous cherchons urgemment des candidats motivés (les candidatures sont ouvertes jusqu’au 1er mai) Date limite de candidature : 1 mai 2016 Résumé du sujet : Le sujet proposé s’inscrit dans un contexte d’amélioration des outils de prédiction de la distribution et des flux de radionucléides dans et entre les différents compartiments des écosystèmes terrestres et de leurs évolutions en fonction du temps. Le travail proposé se focalise sur le césium, élément au centre d’un grand nombre de préoccupations, à Tchernobyl et Fukushima notamment, où l’essentiel de la contamination déposée suite aux accidents est toujours présente au sol. Le travail consiste en particulier à comparer différentes approches de modélisations mécanistes, phénoménologiques ou empiriques permettant de décrire les processus et les facteurs-clefs gouvernant le transfert des ions entre le sol, la solution du sol et le système racinaire des végétaux. Le but est de déterminer, pour différentes échelles de temps, les domaines de validité et les contraintes qui sont associés à ces différentes approches de modélisation plus ou moins complexes. Les objectifs du travail seront, d’une part, de constituer un jeu de données expérimentales à l’aide d’une série d’essais réalisés en milieux contrôlés et sur des systèmes simples de laboratoire à partir de différents types de sols; d’autre part, de réaliser un ensemble de simulations numériques à l’aide de modèles disponibles pour décrire le continuum sol/solution/plante. Finalement, il s’agira de confronter ces simulations au jeu de données expérimentales constitué. Dans le cadre de ce travail, un focus particulier sera mis sur la détermination expérimentale et sur la modélisation de la dynamique des processus de désorption du césium (i.e. passage de cet élément de la phase solide vers la phase liquide, également dénommé ‘disponibilité physicochimique’) qui contrôle la réalimentation de la solution du sol à partir d’un sol contaminé. Pour ce faire le thésard pourra s’appuyer sur les résultats des travaux déjà initiés au laboratoire concernant la modélisation dynamique de la (bio)disponibilité du Cs et du Sr dans la zone non saturée et les mécanismes physiologiques responsables du transfert de Cs aux plantes en lien avec l’homéostasie du K. Profil et compétence recherché : Le candidat devra être titulaire d’un Master 2 Recherche ou d’un diplôme lui permettant d’obtenir une équivalence de M2 préalable à l’inscription en thèse ; avec des compétences en sciences de l’environnement, chimie de l’environnement, biogéochimie, sciences agronomiques ou modélisation. Une première expérience en laboratoire serait un plus indéniable. Pour plus de détail voir le document. Contact pour envoi des candidatures : Mme Laureline FEVRIER IRSN/PRP-ENV/SERIS/L2BT– bat 183 Ce Cadarache B.P. 3 13 115 Saint Paul-lez-Durance Cedex Tel : 04.42.19.95.17 Mail : laureline.fevrier@irsn.fr ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

Agroécologie des cultures intermédiaires – Effet des traits fonctionnels et de leur agrégation sur la disponibilité du phosphore dans les sols cultivés du nord – est de la France – OT3

Offre de thèse de doctorat – appel à candidature pour dépôt d’une thèse CIFRE ANRT Objectifs : Le présent projet ambitionne d’étudier l’effet des traits fonctionnels aériens et souterrains et leur agrégation sur la dynamique du phosphore au sein d’une culture intermédiaire dans un système – colza – blé – orge de printemps. Il aura pour objectif initial d’identifier les traits fonctionnels influençant la disponibilité du P dans les sols cultivés du nord – est de la France chez les onze principales espèces de cultures intermédiaires (cultures intermédiaires non récoltées). Deux approches expérimentales seront développées sur deux types de sol représentatif du territoire d’étude, une en condition contrôlée en ésocosme et une en champ. Informations : Durée du projet : trois ans, 1er octobre 2016 au 31 septembre 2019 Salaire brut mensuel = 1957 euros Profil recherché : Master 2 ou ingénieur agri ou agro qui s’est initié aux recherches en écologie fonctionnelle végétale, sciences du sol, en biogéochimie et en agroécologie. Compétences demandées : rigueur, curiosité scientifique, bonne organisation de son temps, mise en place et suivi d’une expérimentation, bon niveau d’anglais écrit et parlé, maîtrise des statistiques appliquées et du logiciel R. Le dossier de candidature sera constitué d’un CV, de vos relevés de notes de Master ou 4ème et 5ème année post – bac ingénieur et d’une lettre de motivation, est à envoyer par email avant le 2 mai 2016. Unité de recherche : L’équipe HydrISE de l’Institut Polytechnique LaSalle-ESITPA est une Unité Propre de Recherche du Ministère de l’agriculture (UP.2012.10.102). […]. VIVESCIA : VIVESCIA est un groupe coopératif agricole et agroalimentaire spécialiste des céréales. Organisé autour de ses deux grands métiers de l’agriculture et de l’industrie, il est impliqué tout au long de la chaîne de valeur allant des champs jusqu’aux consommateurs. […]. Encadrement et renseignements : Michel – Pierre Faucon (directeur de la thèse, HDR) enseignant – chercheur en écologie végétale et agroécologie, David Houben (co-directeur) enseignant-chercheur en sciences du sol et biogéochimie, Hans Lambers (co-directeur), Professeur en biologie végétale (University of Western Australia). E-mails : michel-pierre.faucon@lasalle-beauvais.fr Tél. : + 33 (0)3 44 06 38 03 Institut Polytechnique LaSalle Beauvais 19 rue Pierre Waguet – BP 30313 – F-60026 BEAUVAIS Cedex www.lasalle-beauvais.fr Pour plus de détails lire le document de présentation de l’offre. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

“Préparation du sol lors de la phase de plantation et fonction de stockage du C dans les sols forestiers” – OT2

Cette thèse se déroulera au laboratoire ECODIV EA1293/URA IRSTEA de l’Université de Rouen. Elle s’adosse au projet de recherche CAPSOL « Dynamique du CArbone et de la croissance après Préparation du SOL dans les plantations forestières », coordonné par le Dr C. COLLET (LERFoB, INRA, Nancy) et financé par l’ADEME dans le cadre de l’APR REACCTIF 3. Une description plus détaillée du sujet ainsi que les éléments relatifs à la constitution du dossier de candidature sont précisés dans le fichier PDF. Le dossier de candidature doit parvenir au plus tard le 13 mai 2016 par mail à : Michaël AUBERT (michael.aubert@univ-rouen.fr) et Fabrice BUREAU (fabrice.bureau@univ-rouen.fr). ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

Mieux gérer la ressource en eau en ville pour optimiser les services écosystémiques rendus par les espaces verts -OT1

Réf. : VégétEauVille Mots clés Eau, sol, agronomie, végétal, ville, service écosystémique, modélisation Démarrage de la thèse : Octobre 2016, dossier de financement en cours d’instruction Problématique Les végétaux en ville concourent notamment au rafraichissement de l’atmosphère tout en améliorant le cadre de vie des usagers. Dans un contexte de raréfaction des ressources en eau, la question est de savoir comment maintenir le rafraichissement de l’atmosphère par les végétaux tout en limitant les apports d’eau. Dépôt des candidatures  Envoyer CV et lettre de motivation à : Pr Pierre-Emmanuel BOURNET, Directeur de l’unité de recherche EPHor Agrocampus Ouest  (n°SIRET 130 005 127 00027) 2, rue Le Nôtre 49045 Angers Pierre-Emmanuel.Bournet@agrocampus-ouest.fr Tél : 02 41 22 55 04 Pour plus de détails voir la présentation de l’offre.