En fonction des thématiques et questionnements émergents en lien avec les sciences du sol, l'AFES impulse la création et anime des commissions thématiques. Ces commissions constituent des espaces de discussions et d’échanges pour des questions relatives à la recherche, l’enseignement, la diffusion des connaissances, et les interactions avec la société ou entre différents champs thématiques des sciences du sol. Ils peuvent impulser l'organisation de rencontres nationales, en plénière ou sur le terrain entre scientifiques du champ thématique.