Centre de ressources

De la microbiologie moléculaire au diagnostic environnemental

• 20/12/2017
• AFES / Ressource technique et scientifique / Webinaires
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Ce webinaire expose les dernières avancées techniques de la microbiologie moléculaire et de la génomique environnementale ainsi que ses récentes applications en termes d’outils de bioindication (et de référentiels associés) dans le domaine du diagnostic de la qualité biologique des sols agricoles et d’environnements naturels. P. Cuny est professeur à Aix-Marseille Université et membre de l’Institut méditerranéen d’Océanologie. Pierre-Alain Maron et Lionel Ranjard sont directeurs de recherche à l’INRA au sein de l’UMR Agroécologie de...

La microbiologie moléculaire au service du diagnostique environnemental

• 15/09/2017
• Articles EGS / Ressource technique et scientifique
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Dans une société où il devient urgent de réduire l’empreinte environnementale des activités humaines, la première étape est de pouvoir faire un diagnostic de la qualité de notre environnement et des différentes matrices qui le constituent (eau, sol, atmosphère). Les micro-organismes, de par leur réponse rapide aux perturbations, leur énorme diversité taxonomique et génétique et leur implication forte dans les cycles biogéochimiques, sont des c, idats sérieux pour élaborer ce diagnostic environnemental. Dans cet article, nous passons en revue les techniques moléculaires...

Interactions entre microbiologie anaérobie et géochimie du sol. Description des dynamiques microbiennes

• 01/12/2005
• Articles EGS / Ressource technique et scientifique
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L’anaérobiose dans le sol peut avoir des impacts néfastes sur le sol, la zone non saturée profonde, la nappe, et l’atmosphère. Dans ces conditions, les activités microbiennes sont en étroite interaction avec les transformations géochimiques abiotiques tant au niveau de la solution que des phases solides. Quelques modèles combinent la description des processus microbiens et des transformations géochimiques dans le sol. Jusqu’à présent, les évolutions quantitatives et qualitatives des populations microbiennes n’ont pas été mesurées simultanément pour attester de la...

MicroSol database© le Premier Système d’Information Environnemental sur la Microbiologie des Sols

• 01/12/2013
• Articles EGS / Ressource technique et scientifique
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Un effort scientifique considérable est déployé à l’heure actuelle pour parvenir à améliorer la description et la compréhension du fonctionnement des agro-écosystèmes. Cet effort est motivé par une question centrale : l’action de l’Homme et les modifications climatiques risquent-elles d’engendrer des modifications du fonctionnement de ces systèmes de nature à compromettre leur rôle vis-à-vis des sociétés humaines ? Dans ce contexte la mise au point de descripteurs permettant de rendre compte de l’état biologique et du fonctionnement des sols constitue un enjeu...

Impact des digestats de méthanisation sur la qualité microbiologique des sols agricoles : état des connaissances

• 01/02/2023
• Articles EGS / Ressource technique et scientifique
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Au cours des deux dernières décennies, la production mondiale de biogaz a triplé avec pour objectif de remplacer une partie des combustibles fossiles. Cette production réalisée par digestion anaérobie génère d’importants volumes de sous-produits appelés digestats. Ces derniers peuvent être recyclés dans les sols afin de fertiliser les cultures et de séquestrer du carbone. Leurs répercussions sur la biologie du sol restent toutefois méconnues. Nous proposons une synthèse des connaissances scientifiques actuelles concernant l’impact des digestats de méthanisation...

Impact dámendements organiques sur la structure des communautés microbiennes des sols : Choix des méthodes, validation et résultats

• 01/12/2009
• Articles EGS / Ressource technique et scientifique
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L’analyse des communautés microbiennes, bactériennes et fongiques présentes dans un sol peut permettre d’évaluer la capacité des écosystèmes à répondre à des changements de conditions environnementales. L’étude présentée ici a pour objectif d’estimer l’impact de produits résiduaires organiques (PRO) de nature différentes sur la structure des communautés microbiennes dans les sols (bactériennes et fongiques, incluant les champignons mycorhiziens) en utilisant deux techniques d’analyse de l’ADN extrait des sols : la PCR-TTGE et la PCR-RFLP. Des échantillons de...

Atlas Français des bactéries du sol

• 01/01/2018
• Ressource technique et scientifique
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Les chercheurs spécialistes de l’écologie microbienne de l’unité mixte de recherche « Agroécologie », rattachée à l’Inra Bourgogne-Franche-Comté, ont réalisé un inventaire des communautés bactériennes des sols de France. Basé sur les techniques les plus en pointe de séquençage d’ADN, ce travail a débouché sur la réalisation de cet atlas qui nous offre un panorama de ces communautés bactériennes, nous sensibilisant à leur importance dans la qualité et la fertilité des sols.

Cet ouvrage est destiné aux chercheurs, étudiants,...

Introduction à  la science du sol

• 23/01/2001
• Ressource pédagogique
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Cet ouvrage est une référence pour les étudiants qui découvrent la pédologie  et souhaitent connaître les clés de la discipline pour se confronter rapidement à  la réalité du terrain. Il   montre les relations qui existent entre le sol, son environnement et la végétation en s’appuyant aussi bien sur la biologie, la géomorphologie, la physique et la chimie que sur la pédogenèse et les propriétés du sol. Cette  7e édition a été entièrement actualisée  en prenant notamment en compte les progrès de la chimie des humus, les apports récents de la biologie...

Analyse de la diversité des sols et des micro-organismes telluriques à l’échelle d’un paysage : approche par cartographie numérique

• 01/12/2016
• Articles EGS / Ressource technique et scientifique
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L’Observatoire pérenne de l’environnement (OPE) de l’, RA a mis en œuvre depuis 2007 un réseau d’inventaires et d’observations à long terme des différents milieux de l’environnement sur un territoire de 240 km2 dans les départements de la Meuse et de la Haute-Marne. Un réseau de suivi et d’observation de la qualité des sols a ainsi été mis en place selon un maillage systématique en suivant un protocole d’échantillonnage et d’analyse de type « RMQS » conduit à l’échelle du paysage sur une grille de 1, 5 km x 1, 5 km. Des prélèvements d’échantillons...

ECOMIC-RMQS : biogéographie microbienne à l’échelle de la France – Etat d’avancement et premiers résultats

• 01/12/2009
• Articles EGS / Ressource technique et scientifique
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Le Réseau de Mesures de la Qualité des Sols (RMQS = réseau de surveillance français de la qualité des sols coordonné par l’unité InfoSol de l’INRA d’Orléans – GISSOL) repose sur une grille d’échantillonnage systématique (16×16 km) couvrant l’ensemble du territoire français soit un total de 2 200 échantillons de sols prélevés sous différentes conditions environnementales (caractéristiques pédo-climatiques mode d’occupation des sols…). Ce réseau constitue un bon outil d’évaluation et de suivi de la qualité des sols et de caractérisation des niveaux...

Nouvelles avancées vers la compréhension des données biologiques

• 01/12/2009
• Articles EGS / Ressource technique et scientifique
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S’il est indispensable de maîtriser la qualité des sols, les connaissances sur son fonctionnement demeurent lacunaires, notamment parce que la composante biologique à l’origine de l’ensemble des processus de transformation de la matière organique reste à décrire. Dans cet essai, l’objectif est de montrer l’intérêt d’une approche multiparamétrique pour envisager d’utiliser les microorganismes comme indicateurs de l’état des sols. Des marqueurs cellulaire, moléculaires et membranaires des communautés microbiennes (bactéries et champignons) ont été proposées...

Développement de biomarqueurs déxposition aux métaux basés sur Développement de biomarqueurs déxposition aux métaux basés sur

• 01/12/2009
• Articles EGS / Ressource technique et scientifique
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Les activités métallurgiques entraînent l’accumulation d’éléments traces métalliques dans les couches superficielles des solsAndoù l’on peut observer des concentrations largement supérieures au fond pédogéochimqiue et aux normes en vigueur. La contamination des sols est une menace pour la santé publique et la présence de granes quantités d’éléments traces métalliques peut générer un stress susceptible d’affecter les organismes exposés à des sols pollués. Les Annélides Oligochètes vivent en contact étroit avec ces sols pollués et sont les organismes vivant...

Effet du séchage d’échantillons d’un sol ferrugineux tropical sur la détermination de la biomasse microbienne. Comparaison de deux méthodes biocidales de référence

• 01/12/2000
• Articles EGS / Ressource technique et scientifique
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La détermination de la biomasse microbienne (BM) est un outil indispensable à l’étude du fonctionnement microbiologie des sols. Les méthodes couramment utilisées imposent des mesures sur sol frais. Cette contrainte est souvent difficile à surmonter lors d’études de terrain. Cette étude a pour objectif de préciser les effets d’un séchage préalable de l’échantillon suivi d’une réhumectation avant la mesure de biomasse microbienne par rapport à une mesure faite sur échantillon frais et d’apporter quelques commentaires comparatifs sur deux techniques biocidales...

Déterminants biologiques du système poral de Vertisols cultivés (Petites Antilles). Conséquences sur la disponibilité de l’eau des sols pour les plantes.

• 01/12/2000
• Articles EGS / Ressource technique et scientifique
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Cet article sáttache à déterminer le rôle de láctivité biologique dans la dynamique et le fonctionnement du système de porosité de Vertisols des Antilles. Les Vertisols comportent un système de porosité que lón peut schématiser en trois compartiments, différentiant par leur géométrie que par leur mode de formation, et tous trois déformables:
(i) la porosité matricielle (taille 0, 1 à 1 µm), toujours saturée par de léau par ailleurs peu disponible pour les plantes, dont le volume suit la déformation du réseau des argiles,
(ii) la porosité...

Le sol vivant. Bases de pédologie – Biologie des sols

• 29/06/2010
• Ressource technique et scientifique
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La science des sols intègre de plus en plus l’action des organismes vivants à son champ d’activité. Les rôles irremplaçables de la racine, des bactéries, des champignons et des animaux dans la formation et le fonctionnement des sols sont de mieux en mieux connus. L’ouvrage est conçu en trois parties: la première fournit les connaissances essentielles de pédologie générale, avec un accent particulier sur les aspects biologiques du sol. Elle présente successivement les constituants et les propriétés du sol, puis leurs effets sur les processus de formation et...

Les sols et la vie souterraine. Des enjeux majeurs en agroécologie

• 11/05/2017
• Ressource technique et scientifique
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Cet ouvrage regroupe seize chapitres qui présentent et discutent les découvertes récentes sur les sols et les interactions entre plantes et organismes telluriques. L’étude physico-chimique des sols permet de comprendre comment certains de leurs horizons favorisent l’implantation de la faune souterraine (vers de terre, collemboles, acariens…) et, corollairement, comment celle-ci crée de nouveaux espaces, qui seront colonisés par d’autres organismes telluriques, notamment microbiens. La caractérisation des microorganismes des sols par des approches métagénomiques révèle...

Structure et ultrastructure de sols et de organismes vivants

• 01/07/1999
• Ressource technique et scientifique
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De la microscopie électronique conventionnelle aux dernières évolutions technologiques, ce recueil de travaux présente un éventail d’applications à des sujets d’environnement (qualité des sols, pollutions, microbiologie). La microscopie analytique alliée aux traitements quantitatifs statistiques permet de représenter la complexité du milieu vivant en respectant son état initial et en intégrant les changements d’échelle.

Atlas français des bactéries des sols

• 19/04/2019
• AFES / Ressource technique et scientifique / Webinaires
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Battle KARIMI est post-doctorante à l’UMR Agroécologie, équipe Biocom, INRA Dijon

Résumé : Depuis le début des années 2000, l’équipe Biocom de l’INRA de Dijon étudie les communautés microbiennes des sols français via le RMQS. Quinze ans plus tard, cet Atlas des bactéries du sol (Editions Biotope, 2018), unique au monde, dresse un bilan de l’état microbiologique des sols de France. Ce webinaire a pour but de présenter les résultats majeurs sur les bactéries de nos sols et les moyens mis en oeuvre pour produire un tel ouvrage.

Ce...

Les sols au cœur de la zone critique. Volume 6 : Ecologie

• 01/06/2018
• Ressource technique et scientifique
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Les sols sont des milieux où évolue une myriade d’organismes différents, déterminant une série de fonctions, qui se traduisent en services écosystémiques essentiels pour l’humanité. Mieux connaitre ces organismes, leur biodiversité, leurs interactions, ainsi que celles avec l’environnement, représente donc un enjeu majeur.

L’écologie des sols plonge ses racines dans l’histoire naturelle. Cette vision écologique appliquée aux sols a la particularité d’intégrer au moins partiellement les apports des sciences du sol (physique, chimie, biochimie). Par le...

Apprentissage par la recherche à l’Université de Montpellier : Etude de la biodiversité microbienne du sol de la réserve naturelle du Lunaret.

• 30/04/2022
• Articles EGS / Ressource technique et scientifique
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Le sol constitue un écosystème extrêmement riche et abondant en termes d’organismes microscopiques jouant un rôle majeur dans les cycles biogéochimiques. De nombreux facteurs peuvent perturber la composition de ces écosystèmes, entraînant des conséquences sur l’environnement, voire sur la santé humaine et animale. Cet article présente le travail réalisé par des étudiants du master Interactions Microorganismes Hôtes Environnement (IMHE) de l’Université de Montpellieran dans le cadre d’une approche de formation par la recherche encadrée par leurs enseignantes. Le...