ECOMIC-RMQS : biogéographie microbienne à l’échelle de la France – Etat d’avancement et premiers résultats

Résumé :

Le Réseau de Mesures de la Qualité des Sols (RMQS = réseau de surveillance français de la qualité des sols coordonné par l’unité InfoSol de l’INRA d’Orléans – GISSOL) repose sur une grille d’échantillonnage systématique (16×16 km) couvrant l’ensemble du territoire français soit un total de 2 200 échantillons de sols prélevés sous différentes conditions environnementales (caractéristiques pédo-climatiques mode d’occupation des sols…). Ce réseau constitue un bon outil d’évaluation et de suivi de la qualité des sols et de caractérisation des niveaux de contamination. Le but du programme ECOMIC-RMQS est de faire l’inventaire et d’étudier la diversité bactériene à l’échelle du territoire français dans les sols du RMQS. Des outils d’écologie microbienne moléculaire sont appliqués à partir de l’ADN extrait directement dans les sols. Le rendement d’extraction de l’ADN est quantifié et la structure génétique des communautés microbiennes est approchée par la méthode ARISA (= empreinte moléculaire). En parallèle des outils statistiques et mathématiques sot développés afin d’évaluer et de déterminer les relations entre la diversité microbienne et les paramètres pédologiques le mode d’occupation des terres les pratiques agricoles le climat la diversité végétale… L’utilisation des techniques de géostatistiques permet également de dresser des cartes de répartition des paramètres étudiés et d’aborder les profils de distribution géographique. L’analyse des premiers résultats montre l’influence des caractéristiques des sols sur le densité microbienne ainsi qu’une structuration dans l’espace de la structure génétique de communautés bactériennes.